明崇禎帝共有七個兒子，其中四個早殤，至明亡時，僅存周皇后所生太子慈烺、定王慈燦（或作慈炯）和田妃所生永王慈炤（或作慈煥）。崇禎臨死之前，命令后妃等自盡，又親手斬殺女兒昭仁公主，之後讓三子出宮逃生。經過國變時的動亂，三子下落不明。但到後來，崇禎三子又不斷反覆出現，難辨真假。南明弘光和順治、康熙三朝都為崇禎太子案，殺戮株連了許多人。這一風波，直到康熙四十七年（1780年）才平息。
順治元年（1644年）十二月，一個男青年自稱是崇禎太子，來到北京城內原周皇后之父周奎家。周奎開始相認，後來覺得事關重大，不敢隱瞞，就向清朝當局報告。於是朝廷派人將此太子帶去，召集有關大臣和原來明官中內監審查。刑部主事錢鳳覽和御史趙開心等人認為太子是真的，而舊侍講謝升等人以為假。攝政王多爾袞親自審問，又經法司復勘，斷定此太子為假冒，將其處死，同時被殺者有錢鳳覽等15人。
與北京出現崇禎太子幾乎同時，南京亦有一少年自稱為崇禎太子。福王召集馬土英等大臣對他進行盤問。此人從容講述故宮之事，並能叫出詢問他的有些大臣的名字，從北京逃到江南的原宮中小內監也認為是真太子。而左御史楊維垣認為他是駙馬王昺之侄孫王之明所假冒，少年反問說：「為何不叫我明之王？」諸大臣對他進行刑訊，少年堅不改口。南明在外地的一些將領得知此事，紛紛上疏要求保全「太子」，左良玉發起兵變欲攻打南京，據說也是為了擁立此太子。福王為了自己已得的帝位，堅決不認太子為真，有言太子為真者皆處死。不久，清兵攻下南京，豫王多鐸把這個太子帶回北京，之後不知所終，很可能也被清廷殺害。
清初汪鈍翁《堯峰文鈔》中有《書張縉始未》一文，記載了這樣一件事：順治十六年六月，有一個男子戴纓笠、著汗褲，騎馬經過河南柘城，與旅店主人發生糾紛，被當地居民扭住，從其囊中搜出一枚銅印，並將他送至縣官處。此男子在縣衙立而不跪，自雲是明崇禎第四子朱慈英，母是周皇后，並說出他自當初離開宮中之後的生活經歷。縣官大驚，將他送至巡撫處，巡撫又將他送至北京，朝廷命兵部查勘，很快得結論說：此男子姓張名縉，浙江金華府人，假冒崇禎太子，應當處死。
《清宗室王公傳》記載，康熙十二年（1673年）冬，吳三桂在雲南起兵反清的消息傳到北京，京中有一個人自稱是崇禎三太子朱慈璊糾集一幫黨徒於京城內外舉火作亂，但很快就被清政府擒獲於鼓樓西街及燈市口等處。同時，又有一人自稱是崇禎太子朱慈燦，在兩廣一帶聯絡人員，欲招兵響應吳三桂。康熙十八年十二月，清安親王岳樂在湖南新化縣僧寺中將此朱慈燦擒獲，械送京師。清廷將他與前所捕朱慈璊對質，二人並不相識，於是皆被凌遲處死。康熙十九年秋，又有一人自稱是朱慈璊，在陝西煽動叛亂，被清軍擒獲於漢中三河口，也被械送京師，磔於市。
據《東華錄》記載，自康熙十二年以後清廷破獲的謀反大案，許多次都有朱三太子牽連在內，這裡不一一列舉。除上兩起外，再舉出一次重要的大案是：康熙四十七年，浙江大嵐山一帶有人聚眾謀反抗清，被鎮壓後，其首領張念一供出他們所擁戴的人物是朱三太子朱慈煥。於是清朝官員循跡緝捕，很快拿獲了在山東汶上縣一個退職縣令李朋來家教書的王老先生及其子王孟發與另一子張珽.清政府派戶部侍郎穆丹前往浙江查處此案。審問時，75歲的王老先生承認自己是崇禎第四子，名慈煥。幾十年來東躲西藏，在浙江時化名王士元，到山東化名張用觀。王孟發是其長子，原名朱和兟，張珽是其第四子，原名朱和壬。此時王老先生家屬在浙江湖州府長興縣，聞知事發，一妻一妾及三個女兒皆投繯自盡。清官兵拿獲了他的四個兒子，和王老先生一起解赴京師。是年六月，清政府九卿議決，說崇禎第四子早已身故，此系假冒，擬定將朱三（即王士元）等29人凌遲處死，朱三之子王孟發等42人俱擬立斬。此案被牽連的李朋來（即李方遠）被流放寧古塔，他後來寫了《張先生傳》一篇（見魏聲和《雞林舊聞錄》），記述了他所瞭解的朱三太子的始末。
清初60年間多次出現的崇禎太子，哪為真，哪一人為假，實難考證清楚，清朝當局是異族統治者，他們深知崇禎太子的存在對於眷念明朝故國的漢民族有一種維繫人心的作用和一定的號召力，而對清朝的統治則是一種潛在的隱患。因此，他們一旦發現崇禎太子的蹤影，不論真假皆指為假冒並加以剪除。有關記載也多有相互矛盾和差異之處，使崇禎太子的真假問題變得非常複雜。近代學者孟森著《烈皇殉國後紀》一篇，列舉了大量豐富的史料對崇禎太子的來龍去脈作了詳細考證，然而有些問題依然置疑，後人對此有興趣者還可繼續探討。
（王永寬）