馬仙鴘字靈馥，扶風縣人。父親馬伯鸞，是宋朝的冠軍司馬。馬仙鴘少年時期以果敢聞名，父親去世，他哀傷瘦損超過禮儀，自己背土成墳，親手種上松柏。在齊朝做官位至豫州刺史。
梁武帝起兵，讓他的舊友姚仲賓去勸說他歸降，馬仙鴘先為他設了酒宴，然後就在軍門把他斬首以殉其職。武帝又派他的族叔馬懷遠去勸說他，馬仙鴘說：「大義滅親。」又下令把他斬首。馬懷遠大聲哭喊，軍中眾人為他請求才得以赦免。
武帝到了新林，馬仙鴘還在江西每天抄錄水路運糧情況。建康城被平定，馬仙鴘舉行哀悼對眾人說：「我受別人的信任委託，道義不容投降，現在眾寡不敵，其形勢必然被屠殺滅絕。各位雖然沒有二心，可是對父母老人怎麼辦呢？我為忠臣，君為孝子，各盡其道，不是也可以的嗎？」於是把城內的兵士全部遣送出城去投降，餘下壯士數十人，閉門獨自守衛。很快敵兵就進來了，把他們包圍了幾十層。馬仙鴘讓士兵都把弓拉滿，敵兵不敢接近。天晚的時候才把弓扔在地上說：「諸君只管來抓，我義不投降。」於是便用囚車把他送往建康，到了石頭城而從車中放出來。武帝讓等袁昂到了一起進城，說：「讓天下人見見這兩位義士。」武帝慰勞他說：「射中衣勾、斬斷袖口的舊怨，古人就不忌諱，卿不要因為殺死使者、抗拒天命的事而記著舊怨，不肯和解。」他感謝道：「小人像失去主人的犬，後來的主人飼養，便又為所用。」武帝笑著加以稱讚。不久他母親去世，武帝知道他很貧窮，贈送了很多東西。馬仙鴘大哭著對弟弟馬仲艾說：「承蒙再生的大恩，還沒有報答，現在又受到了特殊的恩惠，應當和你以忠心和全力好好效勞。」
天監四年(505)，出師侵伐魏國。馬仙鴘每次作戰，總是勇冠三軍，和諸將議論，口中不曾談起自己的功勞。別人問是什麼緣故，他說：「大丈夫為時代所知曉，應當進不求名，退不逃罪，這就是平生的志願，有什麼功可論呢？」他做南義陽太守，屢次打敗山蠻，本郡境內秩序清平。因功封為含..縣伯。升任司州刺史，晉陞封號為貞威將軍。
魏國的豫州人白早生派人送上懸瓠這個地方來投降。武帝派馬仙鴘前往接收，又派直閣將軍武會超、馬廣率軍援助。馬仙鴘進駐楚王城，派副將齊苟兒幫助守衛懸瓠。魏國的中山王元英攻懸磚瓠，捉住了齊苟兒，又進軍擒了馬廣送往洛陽，馬仙鴘無力救他。武會超等人也相繼退散，魏軍進佔了三關，馬仙鴘因此而被徵調回去擔任雲騎將軍。
天監十年，朐山人殺死了琅笽太守劉晰，帶著縣城投降了魏國，詔令授予馬仙鴘節杖前往討伐。魏國的徐州刺史盧昶率領軍隊十幾萬開往那裡，馬仙鴘多次作戰把他打敗趕走。受封晉陞爵位為侯，調為豫州刺史，加任都督。
馬仙鴘自從當了將軍和做了州郡長官，能和士卒同勞共逸，身上穿的不過是布帛衣服，所住的地方沒有帷幕屏障，行動飲食和最下等的雜役相同。他在邊境上，常常單身潛入敵境，偵察掌握壁壘村落的險要處所，攻擊戰鬥多能打勝，士卒也甘心為他所用，武帝對他十分喜愛和依賴。他死在豫州，追贈為左衛將軍，謚號為剛。起初，仙鴘幼名叫仙婢，長大後認為婢的名字不典雅，便以玉字旁代替了女字旁。他的兒子馬巖夫承襲了爵位。