孔琳之，字叫彥琳，會稽山陰縣人。曾祖孔群，是晉朝的御史中丞。祖父孔沈，是丞相掾。父親孔貵，是光祿大夫。
孔琳之堅強正直有志向，少年時代喜愛文章，懂音律，能下棋，善於寫一筆極妙的草隸。桓玄輔佐朝政擔任太尉，任用他為西閣祭酒。桓玄當時議論打算廢除錢幣而用谷帛代替，孔琳之發表議論說：
「《洪範》中講八政，把財貨僅次於食物，難道不是因為交易所用的手段，是一種極重要的實用物品麼？所以聖王製造出無用的貨幣，用來流通有用的財物，既沒有毀壞的耗費，又省去了難以運輸的苦處，這正是錢之所以能繼承龜甲貝殼的地位，歷代都不廢棄的原因。谷帛成為寶貝，本來是因為它可以做為衣食，現在再分出一個功能作貨幣，則帶來很多損害，又煩瑣地經由商販的手，在割截使用之中耗費拋捨，這些弊端，自古時候就是很明顯的。所以鍾繇說：『取巧偽詐的人，競相弄濕穀物以撈取好處，織造稀薄的帛以充當貨幣。』魏朝的時候曾用嚴厲的刑罰加以管制，也不能夠禁止。所以司馬芝認為『用錢貿易不僅可以富國，也是減少刑罰的方法』。現有已經用了而又廢除它，則老百姓馬上就要失去用它的利益，這樣有錢無糧的人，都會因此而飢餓窘困，這是截斷它的弊端。魏明帝的時候，廢除錢幣而使用穀物實行了四十年，因為對人們不方便，於是整個朝廷議論大起，精通經濟明達政治的士人，莫不認為應該重新使用錢幣進行貿易。他們尚且捨棄谷帛而使用錢幣，足以證明使用谷帛的弊端在過去的試驗中已經很顯著了。」桓玄又談論恢復肉刑，孔琳之認為：
「唐堯虞舜時代以特異的服飾象徵五刑，夏禹時代建立刑法是因為世風淳厚澆薄的不同，導致教化手段的不同。《尚書》中說「要根據世道來定刑罰輕重」，是說要隨著時代而變化。夏商週三代風俗淳厚、事情簡單，所以很少觸犯刑法。末代風俗機巧而事務繁多，所以常常陷入法網。如果孔門的三千弟子處在亂世，必然會有用刑太多的指責，這正是五帝不互相因循傚法，肉刑不可全部恢復的原因。漢文帝發了仁慈惻隱之心，感傷犯人沒有自新的道路，改革古代的辦法，創立新制度，號稱刑措；然而名義上輕而實際上重，反而更加傷害人。所以孝景帝繼承皇位，用寬緩的措施來減輕它，寬緩則人們怠慢，又不能禁止邪惡。當時希望能找到適中的刑法，因而受到過去人們的稱讚，歷代詳加討論而沒有獲得適當的措施。兵亂發生以後，遇到的刑法更多，棄市的刑法，本來是截斷右腳的腳趾，漢文帝發生謬誤，後世繼承而不加以改革，以前的賢者因此十分遺憾，進行了議論而沒有深入辨析。鍾繇、陳群的意思雖然小有不同，都是企圖以截斷右趾代替棄市。如果依照他們的話去辦，那麼所救活的人就多了。降低死罪讓犯人能夠生存，的確是較輕的刑法，可以保全他的生命，增加他的產育，仁慈既可以對人生有利，功勞也可以有益於大眾。又現在所憂慮的，罪犯逃亡是第一項，屢次逃跑而不悔改的，應該讓他們無處可逃，也以此警誡沒有犯罪的人，永遠根絕罪惡的根源。至於其餘各條，應該仍然依據過去的法律。」
桓玄喜歡別人附和逢迎，而孔琳之不能順從他的意旨，所以不被賞識。逐步調任尚書左丞、揚州中從事史，所在之處都有顯著的政績。
當時責成各級官吏獻計提出應該辦理的事情。有人提議應該修繕地方學校，減緩國家刑法，審察官員表現，明確升降標準，舉薦隱逸，提拔人才，加強農業，減輕稅收。孔琳之在眾人的議論之外，另有提議說：
「印璽，是用來辨別官爵，提供憑信依據的。官職沒有大於皇帝的，爵位沒有高於公侯的，而傳國的印璽，歷代順次使用，世襲封號的印章，代代相傳。可貴處在於保持舊貌，不另外改作。現在世上只有尉這一官職各自單獨使用一種印章，以至朝內外的眾官吏們，每次調任都要改換，追尋其中的含義，自己還沒有弄懂。如果說是因為官吏各自姓氏不一，與傳璽不同，則這還不如不同的時代差別更大；如果論物品有名，它雖然有公卿的尊貴，卻沒有帝王的重大；如果是因為有的居此職位的大臣受過誅殺，忌諱它的不吉利和晦氣，那麼漢朝用了秦國的印璽，傳位四百年，沒有聽說因為子嬰自身被殺國家滅亡而拋棄不佩。以帝王公侯的尊貴，並不懷疑傳璽，而以大臣眾官的卑下，為什麼卻要嫌棄印章呢？書籍記載中沒有聽到過這種說法，引用例證自己違背了準則，而終年不斷地在刻鑄，費工費料，金銀銅炭的消耗，不去說它，關鍵在於這並不是遵循舊軌、力求簡易的做法。在下請求眾位官員都用同一枚印章，不要再費事去改制。如果是新設置的官員，而又官多印少，或者有的文字損毀，然後再鑄，那麼這對於皇家府庫，將補益不小。」他又說：
「喪事牌樓，並不出自關於禮的典籍，而是起自衰亡的末代，習慣積累，產生常規，於是成為舊的風俗，起自天子直到百姓。如果的確這樣實行很有道理，突然改掉必然引起震驚；然而如果是與人情無關，而又違背禮度，保存它也沒有什麼好處，去掉它也沒有什麼損失，當然就應該遵守從前的典籍，革除後世的謬誤，況且又有許多虛浮的花費，實在是成為人們的一種憂患啊！凡是人們的喪葬儀式，大多出在民間，經常都有這種需要，常常要花十幾萬，損耗人們的財力，而在意義上並無什麼可取。至於貧寒的平民人家，則人人都想竭盡自己的能力，即使是房室好像倒懸的鐘磬一樣空空，也無不傾盡自己的家產和微薄的錢財，所謂「按禮埋葬」，難道就是像這樣的嗎？我認為應該完全罷免喪事牌樓的儀式。」
後來調他擔任尚書吏部郎。義熙十一年(415)，任命他為宋武帝平北、征西長史，調任侍中。宋台剛剛建立的時候，任命他為宋國侍中。永初二年(421)，擔任御史中丞，光明正直維護法令，絕不屈從任何壓力，曾奏表彈劾尚書令徐羨之違背法典。當時徐羨之兼任揚州刺史，孔琳之的弟弟孔璩之為中從事，徐羨之讓孔璩之勸解孔琳之，讓他放棄彈劾此事。孔琳之不答應，說：「我觸犯了宰相，應當是僅只我一人獲罪。你必定不應該跟著連坐，哪裡需要這樣辛勤遊說呢？」從這件事百官受到了震驚，沒人再敢違犯禁令。武帝非常稱讚他，路過蘭台時，親自去看望他。後來調任祠部尚書，不營辦財產，家中特別貧寒。景平元年(423)逝世，追贈為太常。
他的兒子孔邈具有他父親的風格，官職升至揚州中從事。