蕭會理字長才，從小聰明靈慧，喜愛文史。十一歲時，蕭會理成了孤兒，因此特別受到梁武帝的寵愛，給他的衣服、禮儀和品爵都和正王待遇相同。十五歲時被任命湘州刺史，他總是相信他身邊的人所出的主意，行事劉納因此而經常限制他的行動。蕭會理心裡很不高興，他設法找到劉納收取賄賂的證據，將他拘禁起來送往建鄴。劉納歎息著說：「我一見到天子，就會讓你們知道後果。」蕭會理厚送給劉納錢糧，幾次派人前往安慰。同時卻讓心腹到青草湖扮成強盜，將劉納全家百口人全部殺光。後蕭會理累升而擔任都督、南兗州刺史。太清元年(547)，蕭會理總督眾軍北侵魏國，到彭城時，被魏軍打敗，退回本鎮。
太清二年，侯景包圍了京城，蕭會理領兵入京救援。正值北徐州刺史封山侯蕭正表準備接應他的哥哥蕭正德，表面上聲稱前往救援，實際上準備偷襲廣陵。蕭會理打敗了蕭正表，這才得以沿著道路進軍。台城陷落以後，蕭會理回到本鎮。侯景派遣前臨江太守董紹先帶著梁武帝親筆手書來召回蕭會理。蕭會理的幕僚們說：「董紹先的書信哪裡是皇帝的本意！」都勸蕭會理拒絕接納。蕭會理採納了典簽范子鸞的計謀，便說：「皇上年紀大了，受制於賊寇，如今既然有親筆信召我入朝，臣子之心，怎麼能夠違背呢？況且如今身居江北，功業也難以成就，不如親自前往京都，在天子身邊再作圖謀。」於是接納了董紹先。
董紹先進城之後，用一桿黑旗指揮眾軍，將蕭會理單騎送回京都。侯景讓蕭會理任司空兼尚書令。蕭會理雖然在賊寇的控制之中，總是想著恢復朝廷的大計，他和西鄉侯蕭勸等人暗中佈置了許多心腹，交結壯士。當時范陽人祖皓斬了董紹先，佔領廣陵城起義，打算以蕭會理作為內應。祖皓失敗，供辭中提到蕭會理。侯景假傳詔書免去蕭會理的官位，但仍讓他以白衣的身份擔任尚書令。
當年冬天，侯景前往晉熙，京都兵力虛弱，蕭會理又和柳敬禮以及北兗州司馬成欽謀議。柳敬禮說：「要辦大事時必定要有資本，如今身邊沒有寸兵，怎麼能夠行動？」蕭會理說：「湖熟有我的故友舊人三千多人，昨天前來告知，準備確定日期響應集合起來。合計敵人的守軍也不過一千人，如果有大兵從外部進攻，我們在內部接應，直接拿下王偉，事情必定成功。即使侯景知道後歸來，也無能為力了。」柳敬禮說：「好！」當時京城的百姓都厭惡賊軍，很想為朝廷效命。但建安侯蕭賁把這項計謀報告了王偉，王偉便把蕭會理和他的弟弟通理抓住必了起來。
當時有位錢塘人叫褚冕，是蕭會理的舊交，也被關押在京城監獄中，賊寇審問他有關事情的起因，拷打他數以千次之多，但他始終沒有說出。蕭會理在隔壁聽到聲音，遠遠地說：「褚郎，你不就因為我而致於此嗎？但你一定不要說話。」王偉殺了蕭會理等人，而褚冕到底不服罪，王偉便放了他。
蕭會理的弟弟通理字仲宣，任太子洗馬，受封為祈陽侯，到這時也同時遇害。