鄧元起字仲居，南郡當陽人。少年時就有膽略才幹，具俠義之氣，在齊朝官作到武寧太守。梁武帝起兵時，蕭穎胄寫信徵召他，他當天就起身上路，率兵和武帝在夏口會合。齊和帝即位，委任他為廣州刺史。齊中興元年(501)，任益州刺史，仍為伐齊的前軍將軍。平定建康後，進官號為征虜將軍。天監初年，封為當陽縣侯，才開始到益州去上任。
當初，梁武帝起兵時，益州刺史劉季連態度曖昧。等聽說元起到任，便出兵抗拒。元起到巴西，巴西太守朱士略開城門迎降。先前蜀地人民為避兵多逃亡山中，這時都爭相出山投奔元起，都說是起義響應朝廷。元起軍隊在路上日子長了，軍糧快要斷絕，有人向元起進言說：「蜀郡的政令廢弛。戶口不實，如果檢查巴西一郡的戶籍，對隱瞞戶籍的人課以重罰，一定會收穫不小。」元起認為不錯。涪縣令李膺勸諫說：「使君前有嚴陣以待之敵，後面沒有後繼援兵，山中人剛剛歸附，對我們還處於觀察階段，如果措施太苛刻，他們一定不能忍受。眾心一旦離散，後悔就來不及了。請讓我另想辦法，不怕軍資糧草不足。」元起說：「好哇，這事就全委託你了。」李膺退出，率領富戶捐獻軍糧，很快得到三萬斛。
元起進兵屯駐西平，季連才開始佈置軍隊環城守衛。當時益州久遭兵禍，農耕荒廢，城內外的都受飢餓威脅，以至人吃人，路斷人稀。劉季連走投無路，正好第二年武帝使人來赦免季連之罪，並准予投降，於是季連當日便開城迎元起入城，元起派人把他送往建康。
元起任用同鄉庾黔婁為錄事參軍，又得荊州刺史蕭遙欣的舊客蔣光濟，都給予厚待，把州里的政務交他們辦理。黔婁很廉潔，光濟多計謀，都勸助元起行施仁政。元起克服劉季連時，城內的財寶不據為私有，勤政愛民，從不談論財物女色。他很能喝酒，飲一斛也不醉，到這時也把酒戒了，受到蜀地人士的稱頌。元起舅舅的兒子梁矜孫性情輕浮，和庾黔婁的志向行事不合，於是就對元起挑撥說：「城裡頭人們都說有三個刺史，您怎麼能受得了呢？」元起因此而疏遠黔婁而政績漸不如前。
在益州任上二年後，因母親年老請求回家奉養，武帝下詔准許。徵召他為右衛將軍，用西昌侯蕭淵藻代替他。當時梁州長史夏侯道遷佔據南鄭叛亂，招引北魏將領王景胤、孔陵攻打東、西晉壽郡，兩郡派人告急，眾人勸元起趕快救援，元起說：「朝廷距此萬里之遙，軍隊如不能馬上到達，一旦賊寇勢力蔓延，那時需要用兵討伐，統領軍隊的責任，不是我還有誰呢？為什麼現在這樣著急催促我？」黔婁等人苦苦勸說，他一概不聽。等梁武帝下詔授以他兵符，令他統率各路軍馬救援漢中，這時，北魏已攻佔了兩晉壽郡。
蕭淵藻將要到來前，元起大肆收拾行裝，把儲備的糧食器械都準備帶走。蕭淵藻入城後，向元起要匹好馬，他說：「小毛孩子，要馬幹什麼。」淵藻惱恨，乘他醉酒把他殺死。元起部下包圍成都，大哭並追問原因，淵藻害怕，謊稱：「天子有詔令。」眾人才散去。於是他向朝廷假報元起謀反，武帝對此懷疑。有官員追加彈劾，要求取消他的爵位封地，武帝下詔減去一半封邑，封為松滋縣侯。元起舊時部下廣漢人羅研到朝廷上為他訴冤，武帝說：「果然與我料想的一樣。」於是派人去責備蕭淵藻說：「元起平益州是為你報仇，你殺他卻是為仇人報仇，忠孝之道哪裡去了？」貶蕭淵藻官號為冠軍將軍。追贈元起為征西將軍，賜鼓吹儀仗一部，謚為忠侯。
當初，元起在荊州時，刺史隨郡王蕭子隆上奏齊帝薦他作從事別駕，荊州別駕庾蓽堅決不同意，元起很惱恨他。後來梁武帝的軍隊到建康城下，庾蓽在城裡很害怕。平定建康後，元起先派人把庾蓽接出來，對別人說：「庾別駕要是被亂兵殺了，我就沒法說清楚了。」於是贈送庾蓽許多錢財。少年時有一次到他家在西沮的田舍，碰上有和尚登門乞討，他有稻米近二十斛，全都施捨給和尚。當時人們稱讚他這兩件事辦得有氣量。元起剛被委任為益州刺史時，路過江陵接他的母親，他母親信奉佛教，正在家裡頭做佛事，不肯離去。元起拜請她和自己同行。他母親說：「你貧賤家的孩子忽然得到了富貴，怎麼會保持長久？我寧可死在這裡，也不能和你一起陷進災禍。」元起行至巴東，聽到蜀地動亂，讓蔣光濟卜筮，碰上《蹇》卦，長歎道：「我難道是鄧艾而碰上這種事了嗎？」後來果然應了卜筮的結果。