蕭摩訶字元胤，蘭陵人。父親蕭諒，在梁朝為始興王郡丞。摩訶隨父親到始興郡，幾歲父親就死了，他姐夫蔡路養當時在南康，就收養了他。年歲稍長後，果敢堅毅而有勇力。
侯景作亂時，陳武帝赴建康救援，蔡路養起兵抗拒武帝。摩訶當時才十三歲，就單騎出戰，敵軍中無人能夠抵擋。及路養戰敗，摩訶歸順侯安都，經常跟從他征討，安都待他很好。任約、徐嗣徽勾引北齊侵犯陳朝，武帝派侯安都在鍾山龍尾和北郊壇抵禦齊軍。安都對摩訶說：「聽說你以驍勇聞名，千聞不如一見。」摩訶回答說：「今天讓明公見一見。」交戰中，安都墜馬被圍，摩訶單騎大呼，直衝齊軍，齊軍漸退，安都才倖免於難。摩訶以平留異、歐陽紇的戰功，漸次陞遷為巴山太守。
太建五年(573)，大軍北伐，摩訶跟隨都督吳明徹過江攻秦郡。當時齊派大將尉破胡等率兵十萬來援，前隊有「蒼頭」、「犀角」、「大力」的名號，其人都身長八尺，膂力過人，銳不可當。又有個西域胡人，善射，箭無虛發，眾軍尤其怕他。當要交戰時，明徹對摩訶說：「如果能消滅這胡人，就滅了敵軍的銳氣，君有關、張之名，應該斬顏良了。」摩訶說：「我要知道他的模樣。」明徹便把認識這胡人的投降者叫來，說這胡人穿紅衣服，弓上裹有樺樹皮，兩端有骨珥。明徹派人去窺探，知道這胡人在陣中，於是親自為摩訶斟酒。摩訶飲罷，縱馬直衝齊軍。那胡人挺身出陣上前十餘步，拉滿弓還未及射擊，摩訶遙擲銑見，正中他額頭，仆倒在地。齊軍「大力」十餘人出戰，摩訶又斬了他們，於是齊軍敗退。他因功封為廉平縣伯。不久晉陞為侯，官作到太僕卿。又隨吳明徹進兵圍宿預，打退齊將王康德，因功被封為晉熙太守。
太建九年(577)，明徹進軍呂梁，與齊軍大戰，摩訶率領七騎首先衝入敵陣，親手奪取齊軍大旗，齊軍大潰。因功被授予譙州刺史。
周武帝滅齊，派其大將宇文忻爭奪呂梁。宇文忻當時有精稅騎兵數千，摩訶率十二騎深入周軍，縱橫奮擊，殺傷敵軍很多。後來周朝派大將王軌來援，在呂梁下游結連營水柵，斷絕陳軍歸路。摩訶對明徹說：「聽說王軌開始封鎖下游，並在封鎖線兩頭築成，現在還沒有築好，你如果派我去攻打，他一定不敢抗拒而放棄；如果等城築成，我們就得成為他的俘虜了。」明徹一揮鬍鬚說：「拔旗陷陣，是你的事；深謀遠慮，是老夫的事。」摩訶變了臉色退出。十天之內，水路被切斷，周朝援兵到的更多。摩訶又請求說：「如今求戰不能，進退無路，如果偷偷突圍出去，也不算恥辱。希望明公率步兵乘坐車馬慢慢走。我前後奔走照應，一定讓明公平安回到京都。」明徹說：「老弟的計劃真是好主意。然而老夫受君王重托率兵出征，如今被圍困逼迫，慚愧無地。況且我們既然是步兵多，我作為總督，必須親自殿後，督促軍隊趕路。老弟率馬軍應該走在前邊。」摩訶於是在夜間出發，挑選八千精騎，率先突圍，眾騎緊隨其後。天亮時，到達淮南。陳宣帝徵召他還京，授予右衛將軍之職。
宣帝駕崩，始興王陳叔陵在殿內用刀砍傷後主，又逃到東府城。摩訶入朝領受敕令，率馬步軍數百人趕到東府城，斬了陳叔陵。因功授予車騎大將軍，封綏建郡公。叔陵平時聚斂的金帛成千累萬，後主把它們都賞了摩訶。後又改授侍中、驃騎大將軍、左光祿大夫。依照舊制，三公官署的廳堂屋脊兩端都有鴟尾裝飾。後主特別下詔准許摩訶依照三公將其官署稱黃閣，門外放置阻止人馬通行的行馬。其廳堂和寢堂，都設置鴟尾。並把他的女兒立為皇太子妃。
當時隋朝總管賀若弼鎮守廣陵，後主委任摩訶抵禦他，官作南徐州刺史。禎明三年(589)元旦皇帝接見群臣，徵召摩訶還朝，賀若弼乘虛渡江，襲擊京口。摩訶請求率兵迎戰，後主不許。等到賀若弼兵進到鍾山，摩訶又請求說：「賀若弼孤軍深入，陣地還不穩固，現在出兵襲擊，一定能戰勝他。」後主又不答應。等到後來要出戰時，後主對他說：「先生可為我拚死一戰。」摩訶回答：「從來作戰，都是為國家為自己，今日之事，就要兼顧妻子了。」後主拿出許多金帛給予眾軍，作為賞賜。令中領軍魯廣達陳兵白土岡，居眾軍南面，鎮東大將軍任忠在他後邊，護軍將軍樊毅、都官尚書孔范又居其後，摩訶率軍居於最北面，眾軍南北連綿二十里，首尾進退互不瞭解。
賀若弼起初沒有主動出戰，帶領輕騎登山，觀察了陳軍形勢，於是奔下山來佈陣。後主和摩訶的妻子私通，所以摩訶雖率領八千精銳，卻沒有一點兒鬥志，只有魯廣達、田端帶領他們的部下奮力作戰。賀若弼和他部下行軍七總管楊牙、韓洪、員明、黃昕、張默言、達奚隆、張辯等甲士共八千人，各列陣以待。賀若弼親自與魯廣達對陣，部下戰死的有二百七十三人，賀若弼燒煙火作掩護，先是敗退，後又振作起來。陳兵砍得隋兵人頭，都跑回去交給後主，以求賞賜金銀。賀若弼又揮兵衝擊孔范，孔范兵剛一交手便敗逃。陳軍全部潰敗，死了五千人。各處門衛都已逃跑，黃昕縱馬焚燒北掖門而入。員明擒獲摩訶送交賀若弼，賀若弼把刀架在他脖子上，見他神色不變，語調不軟，於是便給他鬆綁並以禮相待。
等到建康被平定，賀若弼把陳後主關在德教殿裡，令兵士守衛。摩訶向賀若弼請求說：「如今我已成囚徒，命在旦夕，願意見一見舊主，死而無憾。」賀若弼心生憐憫而答應了他。摩訶入殿內見後主，伏地號泣，並到舊日廚房去給後主拿來吃的，然後訣別而出，守衛的隋兵見了都低頭下淚。隋文帝聽說摩訶的嚴辭不屈，讚歎說：「壯士啊，這也是人難以做到的。」入隋朝後，官授開府儀同三司。不久跟隨漢王楊諒到并州，和楊諒一同謀反，被殺，年七十三歲。
蕭摩訶拙於言辭，是個志誠長者。可是臨陣對敵時，卻勇氣勃發，所向無前。不到二十歲時，在京口跟隨侯安都，生性愛打獵，沒有一天不去遊獵的。安都出兵征伐，摩訶立功最多。