楊子崇是高祖的族弟。
父親楊盆生，被追贈為荊州刺史。
子崇小時候就喜歡學習，博覽群書，有風度，喜歡結交賢士。
開皇年間(581～601)，被授為儀同，以車騎將軍的身份一直掌管值宿警衛，後來作了司門侍郎。
煬帝繼位後，子崇累功升到候門將軍，後因事牽連而被免官。
不久，又出任檢校將軍，跟從煬帝巡幸汾陽宮，子崇預見到突厥必定侵犯邊關，多次請求煬帝早回京師，煬帝沒有採納他的意見。
不久煬帝在雁門被圍，等到敵軍被擊退，煬帝發怒道：「子崇膽小怕事，沒有根據就胡亂上表，驚擾我軍心，不能做大臣。」於是就貶子崇為離石郡太守。
因為治理有方，而遠近聞名。
這以後，突厥多次侵犯邊塞，胡人劉六兒又帶兵搶掠州郡，子崇上表請求朝廷派兵鎮守遏制敵軍。
煬帝又大怒，下詔書令子崇率兵巡行視察長城，子崇帶人走出一百多里後，四面就沒路可走，無法前進而返回。
當時正鬧饑荒，百姓聚在一起做了土匪，子崇先後捕殺了幾千人。
這年年末，朔方的梁師都、馬邑的劉武周等各自起兵作亂，離石郡的各部胡人又相互呼應並聚集在一起。
子崇很擔憂，聲言要回京師去，於是和心腹幾百人從孟門關回京師，車馬行到半路，正趕上河西各縣叛兵殺死長吏，反叛後歸附師都，因此前進的道路被隔絕。
子崇只好退回離石郡，所帶的幾百人得知太原起兵了，就不再進城，紛紛叛離了子崇。
子崇就把背叛士兵的父兄殺死了。
幾天後，義軍在夜裡打到城下，城中的豪傑也出來接應，離石郡失陷了，子崇被仇人所殺。