拓跋雲的長子元澄，字道鎮，從小愛好學習。任城王拓跋雲死後，元澄在居喪期間以孝聞名。繼承王位後，被加封為征北大將軍。高祖孝文帝元宏時，柔然國進犯邊境，任命元澄為使持節、都督北討諸軍事，率軍征討。柔然退走，又因氐羌反叛，任命元澄為都督梁益荊三州諸軍事、征南大將軍、梁州刺史。馮太后接見元澄，對他進行了一番嚴厲的訓誡，當著他的面對中書令李沖說：「這小伙子意氣風發，神態、談吐優雅，一定會成為宗室的領袖。此行一定要讓他使我稱心如意。你記著，我對別人從不妄加評論。」梁州氐族酋長楊仲顯、婆羅、楊卜兄弟及符叱盤等人，自以為盤踞在邊遠險峻之地，世代佔山為王。元澄抵達梁州後，依照他們的風俗習慣，誘導他們歸順朝廷。向朝廷舉薦婆羅，任命楊仲顯為循城鎮副將、楊卜為廣業太守、符叱盤為固道鎮副將，其餘頭目，各自量才錄用，歸順者賞，違抗者殺，於是仇洩地區風平浪靜，西南安定。因此元澄被加封為侍中，賜給御衣一件、御馬一匹，以示表彰。
後來，元澄轉任征東大將軍、開府、徐州刺史，很有政績，聲望日高。入京朝見時，孝文帝在皇信堂召見了他。孝文帝問元澄：「昔時鄭國的子產鑄刑書，而晉國的叔向頗有非議。這二人都是賢士，究竟誰對誰錯？」元澄答道：「鄭國弱小，受到強大鄰國的威脅，民心的背向，不借助刑罰就無法控制，所以鑄刑書以顯示威嚴。雖然背離古制，卻符合當時的政治需要，因此就順時濟世而言，子產是對的。叔向對此的諷刺非議，表示他不忘古制，可以與他論道，卻不能與他討論權變之術。」孝文帝說：「你是想當咱們魏國的子產嘍。」元澄說：「子產順應時代潮流，名垂青史。臣目光短淺，庸碌無能，怎敢與子產相提並論。如今陛下以四海為家，廣宣道德教化以安撫天下，但長江以南尚被敵國佔據，天下還未統一，亂世之民，易被威勢懾服，難用禮制治理。臣愚蠢地認為，子產的方法還是應暫時採用，統一天下之後，再從根本上用道德禮樂教化百姓。」孝文帝當時正在考慮改革，對元澄的回答深為讚許，笑著說：「非任城王不識變化發展的大體。朕正要改革國家體制，當與你共創這萬世的功業。」
後來，元澄升任中書令，又改任尚書令。南齊武帝蕭賾派庾蓽出使北魏，庾蓽見元澄聲音洪亮，談吐優雅，風姿秀逸，對主客郎張彝說：「往日魏國的任城王以勇武著稱，今日的任城王則以風度氣質取勝。」當時，孝文帝曾下詔，在皇信堂宴請四座皇家祖廟的子孫，不按爵位官品，而是按輩分年齡的大小確定座次，互相間只行家人之禮。孝文帝說：「行禮已畢，想要宗室兄弟各言其志，大家可以盡情地賦詩言志。」特命元澄作七言連韻體詩，與孝文帝你來我往相互唱和，以比個輸贏，大家玩得極為盡興，至深夜才散。
不久，孝文帝以征討南齊為名，意在商議遷都之事，召集群臣在明堂左室齋戒，命太常卿王諶親自占卜，卜問南征之事，得到「革」卦。孝文帝說：「這是湯武革命，應天命順人心之卦。」群臣都不敢開口。元澄挺身而出，說道：「《周易》說，革，是變更的意思。預示變革君臣之道的應天命順人心，所以商湯、周武王得到這個卦象是大吉大利。陛下君臨天下，繼承弘揚先代的業績，如今既是占卜征伐，得到的卦象只說明可以討伐敵人，並不意味著改革可以取得成功。這並非預示統治穩固的卦象，不能算十分吉利。」孝文帝厲聲說道：「《象辭》說：『大人虎變』，怎麼能說不吉利！」元澄說：「陛下登基已久，怎麼才像老虎一樣脫胎變骨呢！」孝文帝勃然大怒：「國家，是我的國家，任城王你想蠱惑人心嗎？」元澄說：「國家確實是陛下的國家，然而我是國家的大臣，參與重大決策，怎敢不盡心竭力。」孝文帝銳意革新，志在必行，對元澄的言論大為不滿，過了很久怒氣方消，說道：「各言其志，也沒什麼不好。」回宮之後，馬上召見元澄。元澄還未登上台階，隔著很遠孝文帝便說：「剛才『革卦』的事，現在還想與你辯論。我在明堂上發怒，是怕大家齊聲附和，阻礙我的改革大計，所以疾言厲色以震懾群臣，你應該瞭解朕的用意。」於是擯退左右，對元澄說：「朕知道今天要做的這件事，確實很不容易。我國興起於北方，遷都平城之後，雖幅員遼闊，但遠未統一天下，平城只適合指揮征戰，並不利於推行文治，要移風易俗實行政治文化體制的改革，確實非常困難。崤函、河洛之地，才是真正的帝王之都，因此我才打算大舉南遷，遷都中原，你認為如何？」元澄說：「伊、洛地處中原，均為天下必爭之地，陛下統治華夏，蕩平九夷，人民得知陛下遷都中原，定會大加慶賀。」孝文帝說：「北方人留戀故土，忽然得知將要南遷，不能不驚恐騷動。」元澄說：「這既是非同尋常之事，當然不會被常人所理解，只要陛下作出決斷，他們又能怎麼辦。」孝文帝說：「任城王，你就是我的張子房。」於是加封元澄為撫軍大將軍、太子少保，兼尚書左僕射。孝文帝駕臨洛陽，作出遷都的決定，下詔說：「遷都之事，必須徵求大家的意見。當派任城王返回平城，徵詢文武百官的意見，討論可否施行。近日討論過『革』，今天才真稱得上是『革』哩，任城王你可要勉力而行。」元澄回到平城之後，眾人聽了遷都的詔書，莫不驚駭異常。元澄談古論今，引經據典，徐徐開導，眾人才疑雲漸消，茅塞頓開。於是元澄南馳回報孝文帝，在滑台與孝文帝相遇。孝文帝大喜道：「要不是任城王，朕的事業就不能成功。」元澄跟隨孝文帝抵達鄴宮，被任命為吏部尚書。
孝文帝抵達平城後，繼續向北巡視，留元澄在平城考核舊有官吏。當初，北魏自公、侯以下至於候補官員的總人數，數以萬計，冗員充斥，無所事事。元澄按照品德才幹將官吏分為三等，考核他們的優劣，量才任用，大家都毫無怨言。孝文帝回到洛陽後，命元澄兼任尚書右僕射。
孝文帝抵達北邙後，駕臨洪池，命元澄與他同乘龍舟，賦詩抒懷。孝文帝說：「朕昨夜夢見一老翁，鬢髮雪白，正冠整衣，拜立路旁。朕十分奇怪，問他是什麼人，他自稱是晉朝侍中嵇紹，在此迎候。神色侷促不安，似有所求。」元澄答道：「晉末大亂，嵇紹以身衛主，死在皇帝身旁，是晉朝的忠臣；比干遭逢凶殘暴虐的商紂，因忠心進諫而被開胸剖心，可謂商朝的賢士。二人都是為國盡忠而死，墳墓都在陛下路過的地方。然而陛下前往鏶洛路經殷墟時，憑弔祭祀了比干，到了洛陽之後，卻忘記去憑弔嵇紹，當是嵇紹希望陛下的恩典而托夢給陛下。」孝文帝說：「朕有什麼德行，居然能在冥冥之中感動賢達人士。然而就追禮先賢、弘揚忠義而言，比干、嵇紹都是古時的忠臣義士，而朕卻厚待比干，忽略了嵇紹，心中確實有愧。既然做了此夢，大概正如你所言。」於是尋訪嵇紹的墳墓，派人前去憑弔祭祀。
蕭鸞殺死蕭昭業自立為帝后，南齊雍州刺史曹虎請求投降北魏，獻出襄陽城。孝文帝調兵遣將，準備親率大軍南征。可豫州又上報朝廷，說曹虎接洽投降的使節沒有再來。孝文帝召集元澄及咸陽王元禧、彭城王元勰、司徒馮誕、司空穆亮、鎮南將軍李沖等人，商討對策。孝文帝說：「得到邊境州縣的報告，說襄陽請求歸降，所以朕準備進軍江、沔，大造聲勢，加以接應。如今又報告說，這件事沒了下文，大軍是行還是留，究竟如何？」元禧等人有的主張應該繼續進軍，有的認為應停止進軍。孝文帝說：「眾說紛紜，意見不一，朕不知聽誰的才好。若要詳盡闡述行、留的利弊得失，使之言之成理令人信服，應分為正、反兩方，互相辯駁。任城王元澄與鎮南將軍李沖陳述停止進軍的理由，朕論述繼續進軍的道理，諸位坐在一邊判斷得失，看誰說得更為有理，就聽誰的。」於是孝文帝說：「二位賢臣，請陳述停止進軍的理由吧。」李沖說道：「臣等認為，遷都時間過短，人心思安，而內應曹虎的情況不明，不宜輕舉妄動。」孝文帝說：「襄陽歸順之事，不知是虛是實。朕也知道剛剛經過遷徙的民眾，不宜服勞役。如果曹虎投降是真，自應乘民心歸附之機，遠可進逼會稽，近可平定長江以北地區。如果曹虎投降是假，朕也可巡視江淮地區，訪問民間疾苦，使那裡的百姓感受到君主的關懷，怎能因其投降是假而吝惜這一舉動？如果曹虎歸順是真，我們停止不前不加接應安撫，無異會斷絕歸順之心，破壞朕統一天下的大計。」元澄說：「如果歸降是真，應送來人質。而曹虎的使節一去之後，竟毫無音訊，可見其中有詐。如今自平城南遷的民眾，人人懷念故土，他們扶老攜幼，剛剛來到洛陽，棲身無所，家無擔石之糧，讓他們懷著怨苦出征，含著眼淚戰鬥，恐怕不是獲勝之師。如今國家剛剛安定，春耕即將開始，正是百姓興建家園之日，農夫努力耕作之時，應減輕民眾的戰爭負擔，以造福百姓。而且聲援曹虎的部隊已經出發，並非未作接應。如果曹虎投降是真，出動的兵力足以應付，等到平定了襄、沔，再聖駕親征不遲。如今憑空出動大軍，若勞而無功，恐怕會損害陛下的天威，徒增敵國的聲勢，願陛下上觀盤庚遷都初期的艱難，下吟詩人《由庚》的至真詠歎，安定新都，造福億萬黎民百姓。」而司空穆亮認為應繼續進軍，其餘的公卿大臣也都一致贊同。元澄對穆亮說：「你在外面看見大軍整裝待發，面有憂色，平時的言論也是不希望大軍南征的，為什麼當著陛下的面卻說出這樣的話。當面一套，背後一套，有欺君諂媚之嫌，不是討論問題應有的態度，更有失國家大臣的風範，此行若有不測，你們這些諂媚之臣難逃其責。」李沖說：「任城王可謂忠於社稷，他的話應引起陛下的深思。臣等在朝外都對南征深懷憂慮，因為地位貴賤的不同，看法也會不同，願陛下作出最後的裁決。」孝文帝說：「任城王剛才因為公卿大臣都附合朕的主張，而發了這一番議論。不贊成朕的，並不一定都忠心耿耿而能洞察國家的安危。小忠是大忠的敵人，不就是像這樣嗎？」元澄說：「臣愚昧昏庸，不識大理，所說的一切雖屬小忠，但確實是竭忠盡智，不知道究竟什麼才算是大忠？」孝文帝說：「任城王大概是想擔當宰輔的重任，因而才要使自己具有大忠吧。」元澄說：「臣並非宰輔之才，且缺乏宰輔所需的智慧，若能濫竽充數身居宰輔之位，定會在其位而謀其政，鞠躬盡瘁。」孝文帝大笑。元澄又對穆亮說：「昔日汲黯曾在漢武帝面前指責公孫吃小米飯、蓋粗布被子，是欺世盜名。於是公孫自願位居汲黯之下，以示謙讓。漢武帝因此感歎汲黯忠誠至極、公孫是忠厚長者，二人都被稱為賢士。您既然具有與昔人同樣的品德，但願能想起漢武帝稱讚公孫為長者的話。」孝文帝笑著說：「任城王想要自比為汲黯吧。話說的雖然在理，但還不知道得失究竟如何，怎麼便先向司空謝起罪來了呢。」於是孝文帝便親率大軍南征。
按五等爵位分封土地之後，元澄食邑一千戶。元澄跟隨孝文帝南征大軍抵達懸瓠後，因病重返回洛陽。孝文帝在汝賁為他餞行，君臣二人賦詩而別。孝文帝返回京城洛陽後，在清徽堂召見王公大臣。孝文帝說：「清徽堂建成以來，還未與王公大臣在此舉行過宴會。東閣的廊廡廳堂已基本修建完畢，所以今天朕與大家要無高不登、無小不入。」於是來到流化渠。孝文帝說：「這彎曲的水流也有它的含義，取天道曲成、萬物無滯之意。」隨後到了洗煩池。孝文帝說：「此池中也有好魚。」元澄道：「正所謂『魚在藻，有頒其首』。」孝文帝說：「不如說『王在靈沼，於离魚躍』。」然後來到觀德殿。孝文帝說：「由射箭可以觀察人的品德，所以命名為『觀德殿』。」隨後又去了凝閒堂。孝文帝說：「名字要有意義，這是取夫子閒居之義。不可以放縱奢侈而忘掉節儉，處身安樂而忘掉危險，所以在此堂後面興建了茅茨堂。」又對李沖說：「東面的叫步元廡，西面的叫游凱廡。這凝閒堂中雖無唐堯那樣的君主，你們卻無愧於元、凱。」李沖答道：「臣等既然遇到了唐堯那樣的賢明君主，自然不敢推辭與元、凱相提並論的榮譽。」孝文帝說：「夕陽西下，天色已晚，皇族宗室自然留宴宮中，卿等就要離去，為什麼沉默不語，一言不發？」於是命黃門侍郎崔光、郭祚，通直郎邢巒、崔休等人賦詩言志。掌燈之後，公卿大臣告退。李沖再三拜別，並祝孝文帝萬壽無疆。孝文帝說：「你剛剛因掌燈已拜辭過了，又祝朕萬壽無疆，朕用《南山》這首詩來回報吧。」孝文帝說：「宮中掌燈，外臣告退，這是庶姓的禮節；在宮中設夜宴款待皇親國戚，則是盡宗族之義。你們回去吧，朕要與諸王宗室乘興夜飲。」
元澄又曾隨孝文帝巡視鄴城，回到洛陽後，因隨同出巡有功，增加食邑五百戶。後因公事被免去官職，不久兼任吏部尚書。恆州刺史穆泰在恆州謀反，推舉朔州刺史、陽平王元頤為盟主。元頤向朝廷密報穆泰的罪狀。孝文帝在凝閒堂召見元澄，說道：「剛剛得到陽平王的報告，穆泰圖謀不軌，引誘皇族宗室叛亂。如果真是這樣，遷都剛剛不久，北方人留戀故土，南北之間動盪紛擾，朕在洛陽就不能立足了。處理此事非你莫屬，可為朕帶病去北方一趟。如果他們力量薄弱，就直接加以擒獲、剷除；如果他們勢力強大，可代朕征發並、肆二州的兵馬加以剿滅。朕雖然知道你正在患病，既然是國家大事，當然義不容辭。」元澄說：「穆泰等人愚昧昏憒，只因留戀故土，才有此一舉，並無深謀遠慮。臣雖怯懦無能，但足以對付他們，雖身患疾病，豈敢推辭！定當盡心竭力，死而後已，願陛下不要憂慮。」孝文帝笑道：「任城王肯去一趟，朕還有什麼可憂慮的呢？」於是賜給元澄節杖、銅製虎符、竹使符及皇帝的儀仗與御前侍衛，任命元澄為行恆州事。元澄行至雁門，雁門太守深夜報告說，穆泰已率領部眾向西投奔陽平王去了，恆州城下只剩下一堆弓箭甲仗。元澄聞訊，便命令加速前進。當時，右丞孟斌說：「事態的發展難以預料，應遵照陛下的吩咐，徵調並、肆二州的軍隊，然後再徐徐推進。」元澄說：「穆泰既然舉兵謀反，理應據守堅城，而如今卻去迎接陽平王，從他的所做所為推測，似乎力量薄弱。穆泰既然沒有公開舉兵抗拒朝廷，我們無故徵調大軍，並不合適。只要迅速前往鎮壓，民心自會安定。」於是加緊趕路，以出其不意，攻其無備。又派治書侍御史李煥先行一步，一到平城便擒獲了穆泰，人心安定、平靜。追查穆泰的黨羽，將其一網打盡，鉅鹿公陸睿、安樂侯元隆等一百多人全都被捕入獄。元澄將整個過程上奏朝廷，孝文帝看了奏章極為高興，召集公卿以下文武百官，讓他們傳閱元澄的奏章，說道：「朕的任城王堪稱是國家棟樑之臣，看他審理罪案，就是皋陶斷案，又豈能超過他。」轉過頭對咸陽王等人說：「你們如果身當此任，就辦不成這個樣子。」不久，孝文帝抵達平城，慰勞元澄說：「任城王此行，深孚重望。」元澄答道：「陛下威鎮四方，罪犯無處逃避，臣何功之有。」孝文帝審問罪犯時，並無一人喊冤，世人莫不讚歎元澄的明察秋毫。孝文帝回過頭，對左右的人說：「昔日孔子說：『審理訴訟，我與別人差不多，一定要使訴訟完全消滅才好。』然而聖人審理案件，大概非平常人可比，完全消滅訴訟，朕今天算是看到了。」於是任命元澄為尚書。
孝文帝再次率軍南征，命元澄留守洛陽，兼任右僕射。元澄上書朝廷，請求捐獻封地內一年的租稅布帛作為軍用物資，孝文帝下詔表示只接受一半。孝文帝抵達鄴城時，正逢高車、樹者部落叛亂，孝文帝準備親率大軍征討，元澄上書勸阻御駕親征，剛好江陽王元繼平息了叛亂，孝文帝才未成行。孝文帝返回洛陽後，召見公卿大臣，說道：「治國之本，禮教是首位的。朕離開京城以來，禮教的推行是否天天都有進展？」元澄答道：「臣認為是天天都有進展。」孝文帝說：「朕昨日入城，看見車上的婦女仍頭戴帽子、身穿小襖，出現這樣的情況，尚書為什麼不糾察？」元澄說：「穿鮮卑服裝的還是少於不穿的。」孝文帝說：「真是奇怪！任城王想讓全部的人都穿上鮮卑服裝嗎？一句話可以讓國家滅亡，難道說的不就是這種情況嗎？可命史官將這件事載入史冊。」又說道：「君主不能期望天降輔佐之臣，都是選拔人才加以任用。朕在選拔人才時犯了錯誤，任用了一批具有婦人之見的人擔當重任，應當重新選拔才行。任城王任職，是建立天下的法度呢，還是僅僅應付各種事務而已？」元澄答道：「臣只是處理事務而已。」孝文帝說：「如果是這樣，要一位令、史級的官員就足夠了，還要你任城王幹什麼呢？」又說道：「我派舍人宣讀的詔書的內容，為什麼要讓小人知道？」元澄答道：「世上雖有能幹的官吏，但與文告相比，他們的作用還差得遠。」孝文帝說：「遠了則不知道，知道了就不算遠。既然知道了詔書的內容，其中的道理也就明白了。」於是留守洛陽的大臣們全都摘下官帽，向孝文帝謝罪。不久，任命元澄為尚書右僕射。
南齊皇帝蕭寶卷派太尉陳顯達率軍入侵漢水以北地區。當時孝文帝患病在身，在清徽堂召見元澄，下詔說：「陳顯達侵擾邊境，沔陽地區動盪不安，朕不親率大軍征討，就無法消除賊患。朕患病已達一年之久，氣力疲憊困乏，如有意外，一切由任城王作主。這段時間任城王必須跟隨朕的左右。」元澄痛哭流涕地說：「臣定當竭盡全力輔佐陛下，以死相報。」於是隨從孝文帝南征。孝文帝駕崩，元澄受命輔政。
世宗宣武帝元恪即位之初，有個南齊投降北魏的名叫嚴叔懋的人，控告尚書令王肅派孔思達暗中勾結蕭寶卷，陰謀叛亂，說蕭寶卷派俞公喜送信給王肅，俞公喜南歸時，王肅還讓他帶回南齊豫州刺史裴叔業的坐騎作為信物。元澄對此深信不疑，於是上書指控王肅謀反，立刻下令囚禁王肅。結果咸陽王、北海王聯名上書，彈劾元澄擅自囚禁宰輔首相，於是元澄被免除官職，歸家閒居。
不久，任命元澄為平西將軍、梁州刺史。元澄以母親年邁為由加以拒絕。朝廷又任命元澄為安東將軍、相州刺史，又被元澄堅決拒絕。朝廷只好改授他為安西將軍、雍州刺史。不久，調他前去主持秋季軍事演習。任命他為都督淮南諸軍事、鎮南大將軍、開府、揚州刺史。到任之後，修整孫叔敖的墳墓，搗毀了蔣子文的廟。頻頻上書請求南征，宣武帝元恪卻不允許。元澄又以母親年邁為由，請求解除揚州刺史的職務，然而辭呈卻被壓下，並未上報皇帝。不久，加授元澄為散騎常侍。
南梁將領張囂之攻陷北魏夷陵戍，元澄派輔國將軍成興率步騎兵前往征討，大破南梁軍，收復夷陵戍，張囂之逃走。元澄又派長風守將奇道顯攻打南梁的陰山戍，攻破陰山戍，斬南梁守將龍驤將軍、都亭侯梅興祖。隨機又攻克白槁戍，斬守將寧朔將軍、關內侯吳道爽。元澄上表說：「梁武帝蕭衍頻頻封鎖東關，想讓巢湖之水氾濫。巢湖方圓四百餘里，東關與長江相距不過數十步，若敵人的陰謀得逞，湖水氾濫，則淮南地區的邊防堡壘定會像春秋時的晉陽城一樣，成為水島澤國。而且吳楚地區水路交通便利，南梁軍一面水灌一面艦攻，則淮南地區將不再屬於我國所有。壽陽距長江五百餘里，現已人心惶惶，深恐遭受水淹之災。若順從民眾的心願，趁敵人毫無防備時發動進攻，預先命令各州調集兵馬，在初秋時大規模集結軍隊，那麼南方的河流就會成為我們飲馬的渡口，霍嶺定會成為我們流連忘返的遊玩之所，行事貴在隨機應變，各項工作須及早進行。即使達不到統一天下的目的，至少可以確保長江以西地區的安全。若猶豫拖延，不及時征討，敵人布好防線，決堤放水，平原地區的軍民定會成為水中的魚鱉。」於是宣武帝下詔，征發冀、定、瀛、相、並、濟六州的二萬士兵、一千五百匹戰馬，命令他們於中秋節齊集淮南地區，連同壽陽已有的三萬兵馬，全部歸元澄指揮。
先前，朝中的輿論已有南征之意，於是朝廷任命蕭寶夤為東揚州刺史，據守東城，任命陳伯之為江州刺史，駐守陽石，命元澄總督二鎮，節制蕭、陳二人。至此，北魏開始出兵南征。因為東關是水路要衝，大峴地勢險要，若從東關決堤放水，則陽石、合肥首當其衝；若不佔領大峴，則歷陽可據險固守以待援軍；淮陵是陸路樞紐，九山是水路樞紐，都應搶先控制。於是元澄派統軍傅豎眼、王神念等進擊大峴、東關、九山、淮陵，分別部署諸將，日夜兼程搶佔各自的目標，而自己則統率大軍主力相繼進發。王神念連克關要、穎川二城，斬南梁軍守將費尼。而南梁的寧朔將軍韋惠、龍驤將軍李伯由仍固守大峴。元澄派統軍黨法宗、傅豎眼等率軍攻克大峴，進圍白塔、牽城，數日之間，守軍潰散。南梁清溪戍守軍也望風而逃。南梁徐州刺史司馬明素率三千人馬馳援九山；徐州長史潘伯鄰增援淮陵；寧朔將軍王燮據險固守焦城。黨法宗進克焦城，攻破淮陵，生擒司馬明素，斬殺潘伯鄰。南梁濟陰太守王厚強、廬江太守裴邃隨即棄城潰逃。宣武帝下詔給元澄說：「將軍文德內顯，武功外揚，奮力施展鴻圖偉略，將蕩平長江流域、吳越地區。大旗剛剛舒展，敵人便聞風喪膽，勁旅剛剛奔馳，便席捲了東關。料想江湖風平浪靜，只在旦夕之間。所送被俘的敵軍將領一事，大家都已知曉。」
先前，元澄率大軍出征之後，南梁將領姜慶真向壽陽發動襲擊，攻佔壽陽外城，齊王蕭寶夤將其擊退。長史韋纘因此被撤職，元澄因領兵在外，沒有受到牽連，於是率軍進攻鍾離。宣武帝元恪下詔說：「鍾離如果絕糧，三月份以前本可攻克。若到了四月，淮河水位上漲，舟船暢通無阻，就應對此妥善考慮了。先前取得的勝利，全靠將軍指揮有方，然而怎能戰無不勝？如果因為水勢盛大難以進取，也可施行萬全之策，不要貪利冒進以致一事無成，追悔莫及。」南梁冠軍將軍張惠紹、游擊將軍殷暹、驍騎將軍趙景悅、龍驤將軍張景仁等率兵五千，向鍾離運送糧食。元澄派統軍王足、劉思祖等截擊張惠紹等人所率援軍，大破南梁軍，生擒張惠紹、殷暹、張景仁及其屯騎校尉史文淵等二十七位將領。隨後遇到大雨，淮河河水暴漲，元澄率領大軍撤回壽春。撤退時狼狽不堪，損失兵力四千餘人。元澄頻頻上書，請求解除揚州刺史的職務，宣武帝沒有答應。有關部門指責元澄指揮不當，致使大軍在撤退途中迷路，於是將元澄免去開府，連降三級。其時，梁武帝蕭衍遣送被俘的北魏將士，請求換回張惠紹。元澄奏請朝廷加以拒絕，宣武帝元恪下詔，將此事交由八座會議商議。尚書令、廣陽王元嘉等人奏請應予放還，於是宣武帝下詔允許張惠紹南返。後來，張惠紹果然再次率軍侵犯北魏邊疆。
朝廷改授元澄為鎮北大將軍、定州刺史。當初，定州民間有許多苛捐雜稅，百姓苦不堪言，先後幾任刺史均無法免除，元澄則多方減免百姓的捐稅負擔，得到定州民眾的衷心擁戴。同時元澄又公佈升降賞罰的施行辦法；上表朝廷減少官府園林的佔地面積，將所得土地分給無地的貧苦農民；禁止用布絹製作衣服以外的其他物品。元澄的母親孟太妃逝世，在守喪期間元澄哀傷過度，損害了身體健康，世人對此十分讚歎。服喪期滿後，元澄被任命為太子太保。
當時，高肇把持朝政，猜忌賢能的皇族成員。元澄被高肇誣陷中傷，常恐性命難保，於是整日都喝得昏天黑地，以顯示自己的頹廢消沉、委靡不振。所作所為驚世駭俗，當時都稱他為狂人。
世宗宣武帝元恪深夜駕崩，事情發生得十分倉猝，高肇擁兵在外，肅宗孝明帝元詡年齡幼小，朝野深為不安。元澄當時雖遭排斥而沒有參預國家機要，但在朝中仍是眾望所歸，領軍於忠、侍中崔光等人保舉元澄為尚書令，於是眾人心悅誠服。又加封元澄為散騎常侍、驃騎大將軍，不久升任司空，加授侍中，隨即又下詔命他兼任尚書令。
元澄獻上《皇誥宗制》與《訓詁》各一卷，想讓皇太后御覽，起到勸誡的作用。又上奏利國救民所應倡導、推行的十條措施：第一條，度、量、衡的計算標準，官府與民間有所不同，應該統一；第二條，應興辦學校，以宣傳升降賞罰的規章制度；第三條，應恢復、延續已遭覆滅命運的名門望族的香火，各自推薦遇到的賢才；第四條，五種捐稅之外，不應再向百姓加收任何一種捐稅；百姓服勞役，不要超過三日；第五條，直接管理百姓的地方官吏，都必須按照政績加以升降任免，以示賞罰分明；第六條，因躲避賦稅徭役而逃亡的百姓，若年代已久，且非從事技術性工作的，聽任他們在逃亡地居住；第七條，邊防士兵開小差逃跑的，或確實被俘失蹤的，必須一律加以細緻地核實；三長及士兵的近親若隱瞞實情，隱藏不報，則徵調其代服兵役；若無隱瞞，則不加追究；第八條，世代從事工商業的民戶，還要向他們徵收田租與以紡織品為內容的戶調，他們已不堪負擔，如今請求免征他們的租、調，使他們能夠專心從事自己的行業；第九條，三長維護治安不得使轄區範圍交叉重疊，戶口數目不滿的轄區，就近與相鄰的轄區合併；第十條，羽林、虎賁等禁衛軍在邊境爆發戰爭時，可暫時調他們參加戰鬥，其禁衛任務應派蕃兵代理。胡太后將元澄的建議交付文武百官討論，有的通過了，有的則被否決。
當時，四位中郎將所統轄的軍隊人數很少，不足以擔負拱衛京師的重任，元澄奏請皇上，以東中郎將統管滎陽郡，南中郎將統管魯陽郡，西中郎將統管恆農郡，北中郎將統管河內郡，選拔二、三品官中的親信賢能者充任，為應付非常事件的發生，配備強大的兵力，如此一來，可達到深根固本、強幹弱枝的目的。胡太后最初準備接受元澄的建議，後來有人提出異議，便未實行。元澄再次上奏道：「根本應該鞏固強大，要防微杜漸，所以雖有文治，仍不能忘掉武功。況且如今南梁仍很強大，北方的賊人又頻頻集結，未來的事態很難預料，如同以往的變化一樣。若有危急事變突然暴發，震動威脅京畿地區，四周府郡的老弱殘兵怎能加以防範？太平之世，雖可以保持安定的局面，但從長遠的利益來看，恐非良策。依臣愚見，郎將統領軍隊兼管民政，簡員務實，正在於此。請求依照先前的建議，增加兵員，擴大中郎將的職權範圍，將領的權位加重，則盡忠報國之心隨之加深，軍隊與郡府攜手相依，則表裡融為一體，朝廷無四顧之憂，奸賊絕覬覦之心。」但元澄的建議最終未被採納。又因流民初到邊鎮，衣食無著，很多人因此死亡，元澄奏請朝廷發給流民及其妻子兒女一年的口糧，朝廷採納了這一建議。不久，因身患疾病，元澄請求解除職務，沒有獲准。
梁武帝蕭衍在浮山修築大壩截斷淮河水流，想以淮河之水灌入壽春。於是北魏朝廷任命元澄為使持節、大將軍、大都督、南討諸軍事，統帥十萬大軍，將由彭宋出擊淮河大壩，不久淮河大壩自行崩潰，大軍也就沒有出動。
元澄因為對北方邊鎮將領的選拔任用日益輕率，深恐賊寇侵犯邊境，使皇室祖墓受到威脅，上書請求對邊鎮將領的選拔慎重對待，建議加強邊防戰備，胡太后下詔不予採納。後來賊寇入侵，直抵舊都平城，邊鎮將領大多任非其人，轄區內又暴發叛亂，使皇家陵墓受到侵犯與損害，一切正如元澄所憂慮的那樣。元澄上奏說，京城的府邸寺廟還未修築完畢，如今戰爭剛剛結束，不宜興師動眾，請向該服勞役的人及司州郡縣犯有該責罰十杖以上一百鞭以下的罪犯收取絹一匹、磚二百塊，作為交換，用以資助建設工程。胡太后下詔批准。太傅、清河王元懌上書議論此事，於是便沒有實行。
元澄任職期間秉公行事，無所迴避。曾上書陳述墾田授受的八條規章制度，很有見地，既有利於國家又大大方便了百姓。以前尚書省的檔案文件在各部門需要時便可隨意借出，當公車署以審理冤案事關重大為由，奏請調閱檔案原件時，元澄上奏說，尚書省是國家政治中樞，應特別謹慎，所以公車署所奏之事，雖經最高機構批准，但因涉及到國家機密，應謹防洩露，怎能古代制度所重視的，今天反而輕率從事；內部戒備森嚴，對外卻不加限制？只能摘錄檔案中的有關內容，將其交付公車署。胡太后下詔批准。西域口厭噠、波斯等國各派使臣入朝覲見，送給元澄駿馬一匹。元澄請求將駿馬交給太僕，充為國有。胡太后下詔說：「任城王清正廉潔的品德，超過了楚相孫叔敖，可將此馬交付國家馬廄，以成全君子宏大的美德。」
後來，元澄升任司徒公，侍中、尚書令的職務不變。胡太后大興土木，在京城興建永寧、太上公等佛寺，花費了大量人力物力，並命各州修造五層高的佛塔。又多次舉辦大型齋會，施捨給佛寺的財物動輒數以萬計。因大肆興修寺廟，廣做佛事，使得百姓疲憊不堪，金銀的兌換價格急劇上漲，連文武百官的俸祿也被削減，國家的財力大為損耗；修寺廟做佛事，連同對左右侍從的賞賜，每日的開支達數千兩白銀。因此元澄上書加以勸諫，胡太后雖終未接受他的勸阻，卻常用嘉許的態度婉言拒絕，以示優待。政事無論大小，都與元澄一道商議決定。元澄也盡心輔佐，遇有不利於民眾的事情，必定直言勸諫，雖然不被採納，卻仍一如既往，朝廷內外都對他十分敬畏。
孝明帝神龜二年(519)，元澄逝世，終年五十三歲。朝廷拿出布一千二百匹、錢六十萬、蠟四百斤，作為喪禮的費用，並賜給東園製作的葬器、棺材及朝服一套、御衣一件；由大鴻臚監辦喪事，下詔命文武百官參加喪禮；贈授元澄為假黃鉞、使持節、都督中外諸軍事、太傅，兼太尉公；給予元澄以特殊的禮遇，依照西晉大司馬、齊王司馬攸的先例，賜給九錫；謚號稱「文宣王」。元澄下葬時，儀式極為盛大隆重，胡太后親自送葬到郊外，停下車子痛哭流涕，其悲哀的程度深深打動了左右的侍從。文武百官參加葬禮的達一千餘人，莫不唏噓不已。當時認為元澄葬禮之隆重，達到了做臣子的極點。元澄的第四個兒子元彝繼承了爵位。