穆崇,平城人。他的祖先在神元帝、桓帝、穆帝時效力於拓跋氏。穆崇機敏果斷,善於逢迎,年少時以盜竊為業。太祖道武帝拓跋皂流落獨孤部時,穆崇常常往來供給他生活的必需品,盡心盡力無人能比。後來劉顯陰謀叛亂,平文帝拓跋鬱律的外孫梁眷得知後,暗中派遣穆崇密報拓跋皂。梁眷對穆崇說:「劉顯如果得知此事而拷問你,大丈夫當捨身取義,雖刀割劍剮,也不要洩露。」於是將愛妻及所乘良馬托付給穆崇,說:「事情洩露,我就靠這來洗刷自己了。」穆崇將劉顯的陰謀密報拓跋皂後,拓跋皂逃奔賀蘭部,劉顯果然懷疑是梁眷洩露了他的陰謀,打算囚禁梁眷。穆崇故意放風說:「梁眷不顧恩義,與劉顯狼狽為奸,如今我搶了他的愛妻和寶馬,足以雪恨。」劉顯聞知,便不再懷疑梁眷。劉顯迎立拓跋皂的叔父拓跋窟咄,向拓跋皂發難時,穆崇的外甥穆桓等人陰謀推翻拓跋皂與之裡應外合,勸穆崇說:「如今拓跋窟咄已被迎立為王,眾人紛紛歸附,到手的富貴不可以失掉,願舅父能與我們共圖大事。」然而穆崇卻將他們的陰謀連夜報告了拓跋皂。拓跋皂誅殺了穆桓等人,向北越過陰山,再次投奔賀蘭部。穆崇因此日益受到拓跋皂的寵信。
拓跋皂為魏王時,拜穆崇為征虜將軍。跟隨拓跋皂平定中原後,被封為歷陽公,任散騎常侍。後升任太尉,兼任侍中,遷封安邑公。後又跟隨拓跋皂征討高車諸部落,大勝而歸。後秦皇帝姚興圍攻洛陽,東晉洛陽守將辛恭靖向北魏求救,拓跋皂派穆崇率六千騎兵赴援。援軍未至,辛恭靖戰敗,拓跋皂下詔命穆崇鎮守野王,任豫州刺史,統轄所率兵馬。後又調回朝中任太尉,遷封宜都公。道武帝天賜三年(406),穆崇逝世。先前,衛王拓跋儀謀反,穆崇曾參與其事,道武帝拓跋皂念及穆崇勞苦功高,替他隱瞞遮掩了過去。等到有關部門奏議穆崇的謚號,拓跋皂親自查閱授予謚號的方法,看到稱不能有始有終地堅守節義為「丁」,拓跋皂說:「這個就很恰當。」於是確定穆崇的謚號為「丁鮑」。
當初,拓跋皂躲避窟咄之難時,曾派穆崇回去訪察民情。穆崇夜至民間,將坐騎留給隨從,微服潛入營地。恰巧營地中生有篝火,藉著火光被舂米的婦人認出,賊兵全被驚起。穆崇尋隨從不到,只好躲藏在土坑中,等到機會才偷了匹馬逃走。宿營於大澤岸邊,遇到一隻白狼向他嚎叫,穆崇頓時醒悟,騎馬隨白狼而去。剛剛離去,賊人追兵就已到達,於是倖免於難。道武帝拓跋皂十分驚異,命穆崇為白狼設立神位,子孫世代供奉。孝文帝太和年間,追封功臣,以穆崇的靈位配祭太廟。