司馬休之，字季豫，本來是河內溫人，是晉宣帝司馬懿最小的弟弟譙王遜的後代。司馬睿在江南稱帝，又讓司馬遜的子孫承襲其封授，直到司馬休之的父親司馬恬，任司馬昌明的鎮北將軍、青兗二州刺史。
天興五年(402)，司馬休之任司馬德宗的平西將軍、荊州刺史。司馬休之被桓玄逼迫，就投奔了慕容德。劉裕殺掉桓玄以後，司馬休之回到建鄴，劉裕又任他為荊州刺史。司馬休之頗得長江、漢水一帶的人心，劉裕懷疑他有背逆之心。司馬休之的兒子司馬文思繼承司馬休之之兄司馬尚之的爵位為譙王，圖謀除掉劉裕，劉裕捉住了他，將其送給司馬休之，令他自己進行處置。司馬休之給朝廷上表請求廢黜司馬文思，並寫信給劉裕謝罪。神瑞年間，劉裕逮捕了司馬休之的兒子司馬文寶、侄子司馬文祖，並把他們殺掉，於是率軍討伐司馬休之。司馬休之上表給司馬德宗陳述自己的事，並同司馬德宗的鎮北將軍魯宗之、魯宗之的兒子竟陵太守魯軌等人起兵討伐劉裕。劉裕的軍隊進至江陵，司馬休之不能抵擋，就與魯軌一道奔往襄陽。劉裕又進軍征討襄陽。太宗派遣長孫嵩在河東駐軍，準備作為司馬休之的援軍。當時姚興的征虜將軍姚成王、冠軍將軍司馬國..也率軍前往援救，還沒有到達就退了回去。司馬休之只得與其子司馬文思和魯宗之等人投奔姚興。
劉裕消滅了姚泓之後，司馬休之與司馬文思以及司馬德宗的河間王之子司馬道賜，輔國將軍溫楷，竟陵內史魯軌，荊州治中韓延之、殷約，平西參軍桓謐、桓遂及桓溫之孫桓道度、桓道子，渤海人刁雍，陳郡人袁式等數百人，都帶著妻子兒女到長孫嵩那裡歸降。一個多月之後，司馬休之死於長孫嵩軍中。太宗下達詔令說：「司馬休之率領與他義氣相同的人，不遠萬里前來歸誠，其美好的節操未能實現，中年殞喪，朕甚感憐惜。現追贈他為征西大將軍、右光祿大夫，謚號為始平聲公。」
司馬文思與淮南公司馬國..、池陽子司馬道賜不和，但表面上卻裝得非常友好，請他們一同飲宴。司馬國..性情粗疏率直，因為喝醉了酒，就告訴司馬文思，說自己準備同溫楷以及三城胡人頭領王珍、曹栗等人反叛朝廷，並說出京師中的豪強可以參與、為其同謀的數十個人。司馬文思告發了他們，這些人全部被殺。世祖任司馬文思為廷尉卿，賜爵位為鬱林公。司馬文思能很好地履行自己的職責，處理訴訟判斷案子，百姓不敢再隱匿他們的實情。劉義隆派部將裴方明在仇池攻擊楊難當，世祖任司馬文思為假節、征南大將軍，晉爵為譙王，督率洛、豫諸軍向南直指襄陽，阻截裴方明的歸路。司馬文思回京之後，被任為懷朔鎮將。司馬文思死於興安初年(452)。
司馬文思的兒子司馬彌陀，承襲父親的爵位。他被皇帝選中要將臨涇公主嫁給他，但他因為事先娶了毗陵公竇瑾之女而加以謝絕。後來他和竇瑾一起因祈訴鬼神降禍於人而獲罪被殺。