蕭寶夤，字智亮，蕭鸞的第六個兒子，蕭寶卷的同母弟弟。蕭鸞竊居皇位之後，封蕭寶夤為建安王。寶卷繼位後，任命他為車騎將軍、開府，領石頭城戍守軍事。寶卷昏憒狂虐，其直後劉靈運等人謀求奉立蕭寶夤，秘密派人報告寶夤，寶夤答應了這件事。於是迎接蕭寶夤率領石頭城文武官員兵卒向寶卷所居的台城進發，號稱清理君側，百姓隨從的有數百人。當時正好是傍晚，城門關閉，寶夤於是焚燒三尚以及建鄴城，城上射下的箭矢殺死了數人，大家於是奔散而去。蕭寶夤棄車奔逃，被部尉捉拿送到寶卷那裡，寶夤自己申述是被人所逼，寶卷也就不再怪罪他。寶卷弟弟寶融繼立，任命寶夤為衛將軍、南徐州刺史，改封鄱陽王。
蕭衍攻克建業，殺其兄弟，準備加害蕭寶夤，以兵守候他，但攻迫不太緊急。他家太監顏文智與左右麻拱、黃神密謀，穿破牆壁，讓寶夤在夜裡逃了出去。在江岸邊準備好小船，脫下原來衣服，穿上烏布襦衣，腰間繫上千文左右的錢，偷偷溜到江邊，脫掉鞋子，光腳行走，腳上的皮都走掉了。防守的人到天亮時才發現，追到江邊，寶夤裝扮成釣魚的，隨流漂浮上下十餘里，追趕的人沒有懷疑，等到他們散去，才渡到長江西岸。於是寶夤委命投奔華文榮。文榮與其養子天龍、惠連等三人，棄家把蕭寶夤藏在山澗之中，租來驢子讓他坐上，晝伏夜行，景明二年(501)到了皇魏壽春的東城戍。戍主杜元倫查尋一番，知其確實是蕭氏之子，便以禮相待，馳馬稟告揚州刺史、任城王元澄，元澄以車馬侍衛迎接他。當時寶夤十六歲，長時的徒步行走，使他形容憔悴，見到的人都以為他是被掠奪出賣的奴隸。元澄以客禮待他。寶夤請求元澄給他服喪的衣服，元澄派人曉示情禮，按喪兄的禮制，給他齊衰喪制的衣服，寶夤從命。元澄率領官僚前去弔唁，寶夤居處有禮，不飲酒不吃肉，不笑寡言，全同極哀的禮節。壽春城有許多故舊，都受其慰唁，只是不見夏侯一族，因為夏侯苟同於蕭衍的緣故。改日蕭寶夤到元澄那裡，元澄深深地器重他。
景明三年(502)閏四月，帝下詔曰：「蕭寶夤深識大理，歸誠我魏，實屬有道之舉，他冒險履艱，投命朝廷，微子、陳、韓也不能超過他。可派遣羽林監、領主書劉桃符到任城王那裡迎接。其資生所需之物，以及衣冠、車馬、在京的住房，交尚書都把它們準備好。」等蕭寶夤到了京城，魏世宗很優厚地對待他。寶夤伏訴皇闕之下，請兵向南征伐，雖遇暴風大雨，他始終不移動。
這年冬天，蕭衍江州刺史陳伯之與其長史褚胄等自壽春前來投降，蕭寶夤請軍立即前去受降。魏世宗以寶夤所述十分誠懇以及伯之所述，覺得時不可失，景明四年(503)二月，世宗於是召集高級官員到宮內討論部署兵力的方法。四月，除蕭寶夤為使持節，都督東揚、南徐、兗三州諸軍事，鎮東將軍，東揚州刺史，丹陽郡開國公，齊王，配置兵力一萬人。任命文智等三人為積駑將軍，文榮等三人為強駑將軍，都為軍主。蕭寶夤雖然少被流俗所羈，但他志性雅重，過了喪服之期他仍然不食酒肉，慘形悴色，蔬食粗衣，從不嬉笑。等到受命南伐，貴臣顯要多前來憑托，他府上門庭賓客若市，掌管書寫記錄的官員也相尋而來，蕭寶夤接對應答，分毫不失其理。
正始元年(504)三月，蕭寶夤到了汝陰，東城已被攻陷，於是停駐在壽春棲賢寺。這時，正逢敵姜慶真侵犯國境，老百姓紛紛歸附，敵人圍逼壽春，攻佔據守在外城。寶夤親穿戰甲，率領部下打擊敵人，兩軍自四更交戰，戰鬥持續到第二天晚上申時，敵人越來越多。蕭寶夤因兵少無援，退兵入金城。然後，又率軍出相國東門，督軍力戰，才把敵人打退。蕭寶夤壽春一戰，勇冠諸軍，聞見之人無不覺得他非常英勇。七月，還軍京師，朝廷改封其為梁郡開國公，食邑八百戶。
等到中山王元英南伐，蕭寶夤又上表請征。於是朝廷任命他為使持節、鎮東將軍、別將以繼元英，配備羽林、虎賁五百人。與元英一起頻頻破敗蕭衍部隊，乘勝又攻打鍾離。可正逢淮河洪水氾濫，蕭寶夤與元英狼狽引退，士兵被淹死的十成有四五成。有關部門啟奏蕭寶夤據守東橋不力，才導致軍敗，理應處之以極刑。帝詔曰：「蕭寶夤因難投誠，宜假以寬貸，可免死，免官削爵放還歸家。」
不久，蕭寶夤娶南陽公主，帝賜帛一千匹，並賜給禮具。公主有婦德，侍奉蕭寶夤竭盡夫婦之禮，雖然二人成親多年，而她仍恭敬如初。蕭寶夤每每回家入室，公主必定站在門口等著他，相遇如賓，不是太妃病重，她從來沒有回娘家去過。寶夤性情溫順，待妻以禮，奉敬公主，夫妻和和睦睦，清河王元懌看在眼裡，親近而看重他。
永平四年(511)，盧昶攻克蕭衍朐山戍，讓琅笽戍主傅文驥駐守那裡。蕭衍派兵攻打傅文驥，盧昶督軍救助，皇帝下詔讓蕭寶夤為使持節、假安南將軍、別將，長驅救戰，聽從盧昶調遣。帝賜給帛三百匹，世宗在東堂與他餞別。詔書曰：「蕭衍送死，連兵再犯我境，卿忠規內樹，孝誠外亮，此番前去，必欲鞭屍吳墓，戮衍江陰，因此授卿以總統之職，朕完全依仗卿而靜候喜報，卿應勉力征戰。」蕭寶夤回答說：「仇恥未報，枕戈待旦，為臣雖無申包之志，但臣不敢忘伍子胥報仇之心。而今仰仗陛下神謀，為臣督促將帥，誓必摧敵氣勢，完成君王重托。陛下親為臣餞行，為臣不勝感泣。」說著淚如雨下，哽咽良久。後來，盧昶軍隊慘敗，只有蕭寶夤全師而還。
延昌初年，朝廷提拔他為安東將軍、瀛州刺史，復其齊王爵位。延昌四年(515)，遷任撫軍將軍、冀州刺史。等到大乘發生叛亂，蕭寶夤派兵討伐，屢屢被敵人戰敗。大軍到後，滅了敵人。靈太后臨朝，蕭寶夤大軍還歸京師。
蕭衍派他的將領康絢在浮山攔起堤壩，蓄淮河水準備灌淹揚州、徐州。朝廷提升蕭寶夤為使持節、都督東討諸軍事、鎮東將軍以討伐康絢。不久又封他為梁郡開國公，封邑在濟州濮陽。熙平初年(516～517)，敵人修成水壩，淮河水亂流，眼看就要危及揚州、徐州，蕭寶夤在堰壩上游，更開新渠，引水注入淮澤，水勢稍微減小。他又派輕車將軍劉智文、虎威將軍劉延宗率領千餘名壯士，乘著黑夜渡過淮河，放火焚燒敵人的竹木營寨，攻破敵人三處營壘，斬殺俘獲敵人數千名，斬殺敵人的直..將軍王升明後還歸本營，大火連燒數日。蕭衍將領垣孟孫、張僧副等率水軍三千人，渡過淮河，北攻統軍呂叵。蕭寶夤派府中司馬元達、統軍魏續年等率軍攻打，消滅了敵人，孟孫等人奔散退去。朝廷授他為左光祿大夫、殿中尚書。蕭寶夤又派軍主周恭叔率領數百壯士，乘夜晚渡到淮河以南，焚燒蕭衍的徐州刺史張豹子等十一座大營，敵人受到驚擾，互相殺害的很多。蕭寶夤還歸京城，又被朝廷除任為使持節、散騎常侍、都督荊、□、東洛三州諸軍事、衛將軍、荊州刺史。寶夤未前去就任，又被任命為殿中尚書。
蕭寶夤在淮堰的時候，蕭衍給他寫了一封信說：「朕謝罪齊建安王寶夤。您的亡兄長沙宣武王，過去曾任職漢中，當時正值北邊寇侵華陽，他身處絕隅，內無蓄積兵糧，外無救援之軍，真可謂是守危疏勒，但他計超田單，卻終能保全境域破滅敵人，以弱為強。朝廷使者到州之日，君臣動色，左右相賀，齊明帝每每念及此功，未嘗不停箸嗟歎。等到張永、崔慧景事出，大將覆軍於外，小將懷異心於內，事態危為累卵，形勢急迫過於一髮千鈞。您的亡兄忠誠勇敢，精神奮發，旋師大峴，累日重圍敵人，一鼓作氣，擊潰敵人，平定慧景之亂，他的功勞超過齊桓晉文。您的亡弟衛尉，兄弟同心戮力，盡心於帝廷內外。然而，你們巨大的功勞不見回報，反而全家卻遭劫難，家中百口盡被處死。朕於齊明帝外有戡敵之力，內盡帷幄之誠，日自三省，自己沒有些微過錯，雖然自己身處邊外，也不免受到牽涉。齊明帝派劉山陰輕舟西上，被朕掩襲擒拿。當時形勢危急，事情緊迫，確為不得已才那樣做的。當時朕所以要誓師樊鄧，會擊孟津，本是想剪除梅蟲兒、茹法珍等，以雪冤酷，拔濟您身家親屬，以求還清白之身。可適逢張稷、王珍國已建大事，寶日至、子晉屢動危機，朕迫於樂推之心，順應上天之命，迫不得已才就帝位，豈是朕當初本意。之所以君臨天下，絕棄房室，斷除滋味，正是為了使四海之民見我為君本心而已。不要說今天朕的位置是那麼重要，其實朕之視此，它還不如一草一芥的份量。雖說崆峒之跡難追，但汾陽之志何遠。而今朕築造此堰，卿您當還不瞭解朕的用意。朕即使對昆蟲，猶且不欲加害，哪裡談得上急於爭奪無用之地，以蒼生之命去打仗呢！正是由於李繼伯在壽陽，侵犯我邊境，日滋月甚。或攻小城小戍，或搶一村一里。如果朕小相應付，國境終無寧日，會導致邊邑爭桑、吳楚連禍的局面。所以朕每每制止鎮戍將帥，不與計較。李繼伯既知朕這個想法，越發竊土更多。而今修造此堰，只是為了報答李繼伯侵略盜取之罪，這既不是什麼大事，所以朕便不再移書告知魏廷。卿您幼年即有倜儻之心，早懷縱橫之氣。從前卿您在石頭城舉事，雖然不即成功，但行為亦是大丈夫之舉。而今羈留河、洛，確實與當年情形相似。即使這樣，朕為卿著想，您還不如率領部隊，襲據彭城，朕當別遣軍馬與卿呼應。成功之後，朕便派您兄長子屏侍送卿國廟，並您家室以及諸侄從人。如果您打算歸北廷，當更設奇計，以防機事差失，災難又會來到，您千萬別像當年韓信，出現受困於野雞的局面。」蕭寶夤上表把這封信送給朝廷，陳奏他的仇恨之意。朝廷下詔應答。
蕭寶夤立志報仇雪恨，屢屢請求居邊。神龜年間，出任都督徐州、南兗州諸軍、車騎將軍、徐州刺史。於是在清河東建起學館，月初月中引見當地百姓的子弟，和顏悅色，與他們一起討論經義，蕭寶夤勤於政治，吏卒百姓都很敬愛他。共歷治三州，都以治績出名。
正光二年(521)，朝廷征拜他為車騎大將軍、尚書左僕射。蕭寶夤善於衙門公務，很有名聲。四年(523)，蕭寶夤上表說：
「臣聽說《堯典》有升貶之文，《周書》有考檢吏績之法，雖然其源頭難以尋探，但其道理也許可以尋知。大致在於官人用才，審於其人所在的狀況；練跡校名，驗於政事虛實。哪能不以褒貶得之餘論，優劣著於歷試的呢？既聲譽盡於月初品評，品位定於黃紙，用效於名輩，事彰於台閣，則賞罰標準，就有區別；是用還是不用，並不是沒有依據。即使是勇進無退之輩，奔競於市裡之中；過分無邊之請，奔馳於高門；顯貴之人還是要顧及到自己的聲譽品第，慎其予奪。器分定於下，爵位懸於上，不可妄自叨拈的緣故使其這樣。
「而今臣竊見考檢功績的典制，義理未明，臣敢盡衷言，試陳萬一。什麼呢？臣竊思文武的名實，是人生的最高境界；德行的稱呼，為人們最重要的東西。忠貞之美，是為朝的美譽，仁義之號，是立身首端，自己不是職在九官之列，任充四域之職，授給這些稱號，賦予過譽大名，這將何以克止大名，應對詢問。一段時間以來，官不論高下，人無論貴賤，全都飾辭假說，誇飾其美。涇渭同處一波，香惡共容一器，求官的人不能衡量己才大小，予官的人不能校其是非。於是便使官士相混，名與實錯，雖說是考校功績，然事同普調，紛紛漫漫，哪能說得盡。
「又在京官員，一年一考。其中或有所事之主遷移數四，或所奉之君身名廢絕，或同僚離索，或同事凋零，雖然當時文簿，記下其事，然日久月深之後，剝落都已乾淨，同時之人都有去留，誰再掌握其當初勤還是墮？或是停官休息數年，或是分離隔絕數千里，累年之後，朝廷才追訪其人聲跡，立其考功品第。這些人無不苟相悅附，共為唇齒，飾垢掩疵，妄加善評，只求得到官職就行了，其餘什麼都不顧惜。即使是賢達的君子，也難免染上這種病患；中人以下，還有什麼好說的。官以求請而得到，身以請品而得立，上下互相蒙騙，再沒有比這更厲害的了。
「又經常查訪人民的憂隱，都是守令的事，這種工作擔子不輕，責任也實在很重大。然而等到考校他們吏績，卻都以六年為一期，既而限滿代還，又要經過六年才敘職，這樣就經過了十二年，才能得到一個官階。而東西兩省，文武閒職、公府散佐、無事冗官，或者數旬才值一次班，或是一月才上兩次朝，等到考課之日，卻以四年為限。這樣十二年中，便會升三級。外任之官以職任辛勞，而陞官之路至難；而此類散位虛名上的人，陞官的路子卻很寬易。憑什麼內官外職的陞遷懸殊，厚薄如此之大！
「臣又聽說，聖人的大寶叫位，想什麼辦法守住位子叫仁。孟子也說：仁義忠信是天的爵位，公卿大夫是人的爵位。古代的人修立天爵而人爵隨之。所以雖然文飾質樸異時不同，污濁隆盛殊世各異，各代無不實其名器，不隨便交人掌管。所以賞罰的權柄，無不是君主自持的。以至周代如此和藹，五叔卻無官職；漢代察舉，館陶徒請無復。這難道是那時的君主不重骨肉、厚私親？確實因為賞罰之間，一念之差，則無以勸勉勤勞；至公做法稍有鬆懈，則邀官之徒便蠢動相欺。所以人主至慎至惜，殷情考驗如此。而況那些親非同脈，才非秀逸；或充他國之使，始無汗馬之勞；或說興利之策，終無十一之用。都是虛張無功，妄指贏益，坐以獲數階之官，冒成顯耀貴勢。這樣就會使巧詐萌生，詭辭蜂出，大家都挖空心思以求榮耀，千方百計去追逐名利。而掌握權柄的人，也知道這些情況，但是，抑制吧，其流已經漫溢，引導吧，那還有什麼綱紀而言。
「大凡琴瑟之音在於和諧，更張是為求其適合音調。去者既不可追，來者猶或宜改。臣查《周官》太宰之職：年終，則令官府各正其司守，接受大家評議，聽其述職，而詔於王；三年，則衡查群官的治績而決定誅賞。愚臣以為：今天可以大致依照其標準，在職官員，每年年終，本部門都明辨其居職日期，記述其才幹德行好壞，審核其事實而註明上下，無稽說法，一律不取。列舉交給尚書，檢查其與事實符合與否。如果有紕繆，即糾正過來並處罰他們，不得又行推諉拖延，容其進退。既定其優劣，善惡交分。平庸下第之官，黜於凡俗以明王法；幹練忠清的官員，選拔到重要崗位以記賞贊。匯總奏上。既奏之後，考功曹另外在黃紙、油帛上記寫。一份交給本部門的尚書與令、僕的官署，留府存檔；一份則交給侍中、黃門衙門，讓尚書掌管。這些要嚴加保管，不得開視，考核官績的時候，才能一起對照定奪。像這樣，就可保存實錄，制止奸詐行為。其內官外職考定的辦法，裁定非庸職所管，臣請求引朝臣博議，以確立統一的辦法。像那些有殊謀異策、做的事情關係國家興廢，遠近之人都眾口皆碑，物無異議的，自可臨時斟酌，不必拘泥常例。至於那些引比他人的訴求，貪榮求級的祈請，如果不把好關口，讓其溜過去了，則會蔓草難除，細流逐積，侵害國家大憲，擾亂美好章規。臣以為應明加禁止斷除，以保全至治，開返本之路，杜塞弊端之門。像這樣那就會使吉士滿朝，優劣煥然明晰了。」
皇帝下詔交付官員廣泛討論，以定永恆法式，竟沒有結局。
正光五年(524)，蕭衍派其將裴邃、虞鴻等人率軍侵犯揚州，皇帝下詔令蕭寶夤為使持節、散騎常侍、車騎大將軍、都督徐州東道諸軍事，率領諸將統兵討伐。接著揚州刺史長孫稚大破裴邃軍馬，斬殺虞鴻，敵人於是奔散退去。
當初，秦州城人薛珍、劉慶、杜遷等人反叛，殺了刺史李顏，推舉莫折大提為首，自稱秦王。大提不久死去，他的第四子念生竊取天子之號，改年號為「天建」，設立官員，以子阿胡為太子，其兄阿倪為西河王，弟天生為高陽王，伯父莫折珍為東郡王，伯父安保為平陽王。派天生率領部眾出隴東，攻陷開城，又攻下岐州，逮住元志、裴芬之等，於是侵犯雍州，屯軍黑水。朝廷十分擔憂，於是除任蕭寶夤為開府、西道行台，率所部東行將統，為大都督西征西賊。魏肅宗到明堂為他餞別。
蕭寶夤與大都督崔延伯攻擊莫折天生，大破敵軍，斬獲敵人數十萬。追奔到了小隴，軍人掠奪民財，以致稽留不前，不速追討敵人，隴中道路又堵塞起來了。又進軍討伐高平賊帥萬俟丑奴於安定，更有敗戰。當時有天水人呂伯度兄弟，開始與念生一起叛逆，後來與兄呂眾在顯親自保，又聚眾討伐念生，戰敗之後，降歸胡琛。胡琛任命呂伯度為大都督、秦王，給他提供士兵馬匹，又征秦州，在成紀大敗念生的將領杜粲，又破其金城王莫折普賢於水洛城，於是到顯親。念生率領人馬，親自迎戰，伯度又被打得大敗。於是呂伯度背著胡琛，襲擊胡琛的將領劉拔，打敗擊退劉拔，派其兄子呂忻和率領人馬東引國軍。莫折念生迫於情急，於是詐降於蕭寶夤。朝廷喜伯度立義之功，授給他撫軍將軍、涇州刺史、平秦郡開國公的官爵，食邑三千戶。而大都督元修義、高聿，停軍隴口，久久不行西進。莫折念生又反，呂伯度終被丑奴所殺。所以賊勢更甚。蕭寶夤不能制止。孝昌二年(526)四月，朝廷除授蕭寶夤為侍中、驃騎大將軍、儀同三司、假大將軍、尚書令，賜予後部鼓吹，增加封邑千戶。蕭寶夤初自黑水，終至平涼，與敵相對，數年攻戰，敵人也很懼怕他，關中地域得以保全，全賴寶夤之力。
孝昌三年(527)正月，除授司空公。蕭寶夤出師既久，兵將疲憊，這個月大敗，還軍雍州。仍停長安，收拾離散的人馬。有關部門議處寶夤死罪，帝詔恕罪削職為民。四月，朝廷又除授其為使持節，都督雍、涇、岐、南豳四州諸軍事，征西將軍，雍州刺史，假車騎大將軍，開府，西討大都督，關西軍馬，都受其節度。九月，莫折念生被其常山王杜粲所殺，一門盡被斬戮。杜粲據州請求歸降蕭寶夤。十月，朝廷除授他為散騎常侍、車騎將軍、尚書令，恢復舊封。
這時，太行山東、關西、寇賊橫行，王師屢屢敗北，人情沮喪。蕭寶夤自覺出軍累年，費損很大，一旦兵敗，恐怕要遭猜忌罪責，心裡很不安穩。朝廷又派御史中尉酈道元為關中大使。寶夤說這是朝廷想算計他，更加惶恐不安。而長安輕薄之徒，又加勸說。道元行到陰盤驛，蕭寶夤密派其將郭子恢等攻而殺之，詐收道元屍體，上表謊稱其為敵人所害。又殺了都督、南平王仲礒。這個月，蕭寶夤反叛朝廷，僭立帝號，大赦部管域內，稱號隆緒元年，設置百官。又派郭子恢東侵潼關，行台張始榮圍攻華州刺史崔襲。帝下詔讓尚書僕射行台長孫稚討伐。當時北地人毛鴻賓與其兄毛遐招集義民為兵，準備討伐蕭寶夤。寶夤派其大將軍盧祖遷等攻打毛遐，被遐所殺。寶夤又派其將侯終德前去攻打毛遐。恰逢郭子恢被官軍打敗，長孫稚又派子長孫子彥在華州攻破始榮，終德因此受挫，回戈復取蕭寶夤。軍隊到了白門，蕭寶夤方才覺察到，率軍與終德交戰，戰敗，寶夤攜公主以及小兒子與百餘名部下，從城後門出逃，渡過渭橋，投奔寧夷巴人張宕昌、劉興周家。不久奔歸丑奴，丑奴以蕭寶夤為太傅。
永安三年(530)，都督爾朱天光派賀拔岳等在安定大破丑奴，追擒丑奴、寶夤，一併送到京城。帝詔安置在閶闔門外都街之中，京師百姓，都來觀看，一共經歷三天。吏部尚書李神俊、黃門侍郎高道穆都與蕭寶夤素有舊情，二人相約，一同言於莊帝，說「其叛逆也是前朝的事」，希望能赦免死罪。恰逢應詔王道習當時從外面進來，莊帝問道習在外面聽說了什麼。道習說：「只聽說陛下不想殺掉蕭寶夤。」帝問緣故。道習說：「人們說：李尚書、高黃門與蕭寶夤交情很好，二人都身處近臣位置，必定能夠保全寶夤性命。」道習說：「如說寶夤叛逆是在前朝，便可寬恕他。但蕭寶夤敗於長安，走為丑奴太傅，難道不是陛下您臨治之日？賊臣不殺，法律怎麼實施呢？」莊帝覺得有道理，於是賜寶夤在太僕碆牛署自殺。蕭寶夤將死時，李神俊提酒前來與他敘舊，二人對之，李神俊淚下。而蕭寶夤泰然自若，一點也不害怕，只說「推天委命，只恨不能終其臣節」而已。公主攜家眷與蕭寶夤訣別，痛哭極哀。寶夤死時，面不改色。蕭寶夤有三個兒子，都是公主所生，但都平庸陋劣。