鄧元起字仲居，南郡當陽人。年少時有膽有識，且臂力過人。性任俠，好賑施，鄉里少年多歸附他。起家於州辟議曹從事史，轉任奉朝請。雍州刺史蕭緬起用他為槐裡令。遷任弘農太守、平西軍事。當時西陽馬榮率眾沿江掠奪，商旅斷絕，刺史蕭遙欣派元起率兵討伐平定了。遷任武寧太守。
永元末年，魏軍逼近義陽，元起從郡裡去增援。蠻帥田孔明依附於魏，自號郢州刺史，寇掠三關。陰謀襲擊夏口，元起率精銳部隊攻打他們，旬月之間，一連攻陷六城，斬獲數以萬計，其餘寇賊皆四處逃散。仍然戍守三關。郢州刺史張沖監督黃河以北的軍事，元起多次寫信給張沖，要求撤軍。張衝回信說：「足下在彼，我在此，表裡之勢，所謂金城湯池；一旦捨去，就會荊棘叢生。」於是上表於帝，任元起為平南中兵參軍事。自此每戰必捷，勇冠當時，敢死之士樂於為其賣命者有一萬餘人。
義師起事時，蕭穎胄來信召請他。張沖待元起一向寬厚，其他將士卻都懼怕張沖。當穎胄的書信到來之後，元起的部下大都勸他返回郢城。元起對部將大聲說：「朝廷暴虐，誅戮功臣，小人得志，衣冠道盡。荊、雍二州同舉大事，何患不克。況且我老母在西，豈容背本。若事不成，政受戮昏朝，倖免不孝之罪。」即日嚴明紀律率軍返回。至江陵，任西中郎中兵參軍，加冠軍將軍。率兵與高祖在夏口會面，高祖命王茂、曹景宗及元起圍城，在九里築壘，張沖屢戰，大敗，於是圍城固守。
和帝即位，授假節、冠軍將軍、平越中郎將、廣州刺史，遷給事黃門侍郎，移鎮南堂西渚。中興元年(501)七月，郢城投降，他以本號任益州刺史，仍充前鋒，先平定尋陽。及大軍進至京邑，元起在建陽門築起壁壘，與王茂、曹景宗等合圍，身擋鋒鏑。建康城平定後，晉號征虜將軍。天監初年(502)，封為當陽縣侯，食邑一千二百戶。又晉號左將軍，刺史如故，開始述職。
當初，義師起義時，益州刺史劉季連遲疑不定，等到聽說元起將要到來時，才發兵拒守。事跡見於《季連傳》。元起至巴西，巴西太守朱士略開門以待。在此之前蜀人多逃亡，至此才出來投奔元起，皆稱起義以響應朝廷，其部下新舊共三萬餘人。元起在路上奔波的時間太長，軍糧匱缺。有人勸說他：「蜀地法令懈怠，民多狡詐令人厭惡，若檢查巴西一郡戶口的登記情況，予以懲罰，所獲必厚。」元起同意了。涪縣縣令李膺上諫說：「您前有嚴重的敵情，後無增援部隊，山民開始附從您，摹仿我們的行為準備。如果刻薄地糾纏他們，他們必定不堪忍受。眾心一離，即使後悔也來不及了，何必靠製造矛盾來救濟部隊呢？我請求出去解決糧源，不用擔心供給不足的。」元起說：「好，一切委任於你。」李膺下去後，率地方富戶送來軍糧，馬上便得到三萬斛。
元起先派將領王元宗等，在新巴攻破季連部將李奉陽，在赤水攻破齊晚盛，軍隊駐紮於西平。季連開始固城自守。齊曉盛又在斛石攻破元起將領魯方達，士眾死者千餘人，將士都感到害怕，元起於是親率部隊悄悄地進至蔣橋，離成都二十里，輜重留在郫縣。季連再次派遣奉舊、晚盛率二千人，抄小道偷襲郫縣，取得成功，軍備全落入敵手。元起遣魯方達率兵救援，失敗而返，終不能克。元起放棄郫縣，直接包圍州城，三面扎上柵欄而一面挖上壕溝。元起出去巡視柵欄時，季連派精兵勇士偷襲他，將至麾下，元起下車持盾叱嚇他們，士兵們不敢逼近。
當時益州地區兵亂日久，民廢耕農，內外苦於饑荒，人多相食，道路不見行人，季連計窮。第二年，高祖派使者赦免季連之罪，允許他投降。季連當日便開城門放元起入城，元起送季連至京師。州城門一開，郫縣才降。殺奉舊、晚盛。高祖論評平定蜀地的功勳，元起再次號為平西將軍，增加封邑八百戶，加上以前的二千戶。
元起以鄉親庾黔婁為錄事參軍，又邀請到荊州刺史蕭遙欣的老熟人蔣光濟一併厚加款待，把州里的政務委任給他們處理。黔婁清廉，光濟多謀，一併勸其行善政。
元起攻克季連後，城內的財寶毫不居為己有，勤恤民情，口不論財色。他本身善於飲酒，至一斛也不亂性，在這裡也戒了酒。蜀人一致稱讚他。元起舅子梁矜孫生性輕脫，與黔婁志向不同，於是向元起進言：「城中傳言有三個刺史，你不感到難堪嗎？」元起因此疏遠黔婁、光濟，治理的成績由此受到損害。
任刺史二年，以母親年老需供養為由求歸故里，皇帝同意，征為右衛將軍，以西昌侯蕭淵藻代替他。當時，梁州長史夏侯道遷據守南鄭反叛，勾引魏人，白馬戍主尹天寶派使者快馬報告於蜀，魏將王景胤、孔陵攻打東、西晉，並遣使告急，大家勸元起緊急救援。元起說：「朝廷在萬里之外，援軍不會很快到來，若寇賊侵婬，正要撲討，統率三軍的責任，捨我其誰？何事匆匆便救？」黔婁等人苦苦勸他，都不聽。高祖也借給元起符節，都督征討諸軍事，救漢中，等到援軍到達時，魏軍已經攻陷了東、西兩晉壽。淵藻將要到來時，元起稍加料理便交還裝備，糧儲器械，無一遺漏。淵藻入城，非常怨恨他，因此上書責其故意逗留而不憂軍事，收州獄關押，在獄中自縊身亡，時年四十八歲。有司又彈劾削其爵士，詔令減掉一半封邑，於是改封為松滋縣侯，食邑千戶。
當初，元起在荊州，刺史隨王起用元起為從事，別駕庾蓽堅持不同意，元起懷恨在心。大軍已經到達京城，庾蓽在城內，非常害怕。當京城安定下來後，元起先派人去迎接庚蓽，對人說：「庾別駕如被亂軍殺掉了，我無以自明。」並厚禮相贈。少時又曾到他的西沮田舍，有沙門上門乞討，元起問農人：「有多少稻？」回答說：「有二十斛。」元起全部施捨了，當時人們稱之為大度。
元起初為益州刺史，路過江陵迎接其母，其母信道教，剛居館，不肯出。元起拜請同行。其母說：「貧賤家兒忽得富貴，怎麼可能保持長久，我寧死也不能與你共罹禍敗。」元起到達巴東，聞蜀叛亂，讓蔣光濟卜筮，遇蹇，喟然歎曰：「吾豈鄧艾而及此乎。」其後果然如卜筮所言。兒子鄧鑒繼承。
陳朝吏部尚書姚察說：「永元末年，荊州方未有..，蕭穎胄統領全楚之兵，首先響應義舉，難道是天之所啟，人..之謀？不然，為什麼響應依附的那麼果斷。穎達叔侄慶流後嗣，夏侯、楊、鄧都享隆名，非常興盛。詳之謹慎忠厚。楊、蔡廉節，君子各有所取。」