同治帝載淳，6歲登極，在位13年，19歲病死。年號初定為「祺祥」。「辛酉政變」後改年號為同治，當時兩宮皇太后垂簾聽政，意為共同治國。
同治十二年（1873年）,同治皇帝親政，十三年（1874年）死去，實際親政只有一年多。同治6歲繼承皇位之後，對他影響最大的兩個人，一個是他的生母慈禧皇太后，另一個是他的皇叔父恭親王奕訢。這種關係很像順治皇帝同孝莊太后、皇叔睿親王多爾袞的關係，但有兩點不同：一是，當年孝莊太后是在後台懿訓輔政，而慈禧太后是在前台垂簾聽政；二是，當年睿親王多爾袞攝政七年就病死，而恭親王奕訢做議政王直到同治死。關於同治與叔父恭親王的關係，我們將結合歷史事件的敘述展示。先說同治皇帝與母親慈禧太后的關係。
慈禧的地位很特殊，辛酉政變後開了皇太后「垂簾聽政」的先河。慈禧皇太后是同治的第一位老師，又一直掌握著朝政大權。慈禧掌控同治、光緒兩代皇帝而成為中國近代史上朝廷權力的中心，長達48年之久。因此，講同治不能不先講慈禧，而講慈禧不能不先瞭解慈禧的身世。
同治的母親慈禧太后，由於她的特殊地位、身份、影響與作用，對其身世，有多種異說。尤其是慈禧的出生地，可謂眾說紛紜。除北京說之外，還有五種說法：（1）甘肅蘭州，（2）浙江乍浦，（3）內蒙古呼和浩特，（4）安徽蕪湖，（5）山西長治。
慈禧出身於滿洲鑲藍旗（後抬入滿洲鑲黃旗）一個官宦世家。慈禧的曾祖父吉朗阿，曾在戶部任員外郎，遺下銀兩虧空，離開人世。祖父景瑞，在刑部山東司任郎中，相當於現在部裡的一個司局長。在道光二十七年（1847年）時，因沒能按時退賠其父吉朗阿在戶部任職時的虧空銀兩而被革職。外祖父惠顯，在山西歸化城當副都統。父親名叫惠征，在吏部任筆帖式，是一個相當於人事部秘書、翻譯的八品文官，後屢有陞遷。根據清宮檔案《內閣京察冊》（清政府對京官三年一次的考察記錄）記載：慈禧的父親惠征，在道光十一年（1831年）時是筆帖式，道光十四年（1834年）考察被定為吏部二等筆帖式。十九年（1839年）時是八品筆帖式。道光二十三年（1843年）再次考察定為吏部一等筆帖式。二十六年（1846年）調任吏部文選司主事。二十八年（1848年）、二十九年（1849年）因為考察成績又是一等，受到皇帝接見，被外放道府一級的官職。同年四月，任山西歸綏道。咸豐二年（1852年），調任安徽徽（徽州府）寧（寧國府）池（池州府）太（太平府）廣（廣德州）道的道員。
從慈禧之父惠征的履歷看，他曾先後在北京、山西、安徽等地任職。那麼，慈禧出生在何處？
關於慈禧的出生地幾乎沒有留下任何文獻記載，因為誰也沒有料到幾十年後這個普通官宦之家的女子，會成為執掌大清國朝政近半個世紀的聖母皇太后。近幾年，北京的學者從清宮檔案中找到了新的史料，就是清朝皇帝選秀女的名單，這在檔案中叫做「排單」。其中有咸豐五年（1855年）慈禧的親妹妹被選為秀女的記錄。慈禧的這位妹妹後來成了醇郡王奕譞的側福晉，光緒皇帝的生母。「排單」上明確記載：此女屬滿洲鑲藍旗，姓葉赫那拉氏，父親名叫惠征，最高官職做到五品的道員。一些學者主要根據這份「排單」認定，咸豐五年之前，慈禧的娘家住在北京西單牌樓北劈柴（辟才）胡同。所以，這裡應該是慈禧太后的出生地。按照京師八旗分城居住的規定，乾隆三十五年（1770年），鑲藍旗滿洲都統衙門在阜成門內華嘉寺胡同；到民國初年，鑲藍旗滿洲都統衙門舊地在阜成門內華嘉寺14號。劈柴胡同距華嘉胡同很近。慈禧的父親屬於滿洲鑲藍旗，應當住在劈柴胡同一帶。
此外，還有人認為慈禧出生在北京東城方家園。《清朝的皇帝》記述：「慈禧母家在東城方家園，父官至安徽徽寧池太廣道，時當道光末年，洪楊起事，惠征守土無方，革職留任，旋即病歿，遺妻一、子女各二，慈禧居長。」有書說：「恭親王曾慷慨言之：『大清天下亡於方家園』！」注云：「方家園在京師東北角，為慈禧母家所在地。」慈禧之弟照祥，襲承恩公。《翁同龢日記》同治九年（1870年）八月十七日記載了慈禧母親發喪一事：「昨日照公（照祥）母夫人出殯，塗車芻靈之盛，蓋自來所未有，傾城出觀，幾若狂矣！沿途祭棚絡繹，每座千金，廷臣往吊者皆有籍，李侍郎（軍機大臣、戶部侍郎李鴻藻）未往，頗忤意旨。」
慈禧家的具體地點至今沒有解決，慈禧入宮時選秀女的「排單」至今也沒有發現，所以慈禧的出生地點以及身世仍存在著如下五種異說。
第一，慈禧出生在甘肅蘭州說。是根據慈禧的父親惠征曾任過甘肅布政使衙門的筆帖式。傳說慈禧出生在當年他父親住餅的蘭州八旗馬坊門（今永昌路179號院）。但是，經過專家查閱文獻、檔案，發現惠征雖然做過筆帖式，但其地點是在北京的吏部衙門，而不是在蘭州的布政使衙門。
第二，慈禧出生在浙江乍浦說。是根據慈禧的父親惠征曾在浙江乍浦做官。《人民日報》曾發表一篇小文，題目是：《史界新發現——慈禧生於浙江乍浦》。這篇文章說：慈禧的父親惠征，在清道光十五年至十八年（1835～1838年）間，曾在浙江乍浦做過正六品的武官驍騎校，而慈禧正是在這段時間出生的，所以她的出生地在浙江乍浦。這篇文章又說：在現今乍浦的老人當中，仍然流傳著關於慈禧幼年的傳說。當時的規定，京官每三年進行一次考核。學者查閱清朝考核官員的檔案記載：這時的惠征被考核為吏部二等筆帖式，三年後又被「懿妃（慈禧）遇喜大阿哥」檔案作為吏部筆帖式進行考試，可見這時惠征在北京做吏部筆帖式，為八品文官。所以，這種說法值得懷疑：其一，惠征不能同時既在北京做官又在浙江做官；其二，官職也不對，在京師是文官，在浙江是武官；其三，品級也不合。
第三，慈禧出生在安徽蕪湖說。是根據慈禧的父親惠征曾做過安徽徽寧池太廣道的道員，道員衙署在蕪湖，因此說她出生在蕪湖。慈禧既然生長在南方，便善於演唱江南小曲，由此得到咸豐帝的寵幸。一些小說、影視多是這麼說的。電影《火燒圓明園》中有一個情節，蘭貴人（就是後來的慈禧）在圓明園「桐蔭深處」唱一曲纏綿小曲，咸豐皇帝聽得如醉如癡，從此博得寵愛。顯然，不能以慈禧擅唱南方小曲，孤立地作為她出生在南方的證據。就像北方人會唱黃梅戲，不能以此證明出生在安徽一樣。根據歷史記載：惠征當徽寧池太廣道員是在咸豐二年（1852年）二月，正式上任是在同年七月。而慈禧已經在咸豐元年（1851年）入宮，被封為蘭貴人；檔案中還保存有蘭貴人受到賞賜的賞單。可見慈禧不會是生於安徽蕪湖。
第四，慈禧出生在今內蒙古呼和浩特說。是根據慈禧的父親惠征曾任過山西歸（化）綏（遠）道的道員。清代的綏遠城，今為內蒙古自治區呼和浩特市，這種說法又稱為內蒙古說。慈禧的父親惠征當年曾任山西歸綏道，道署在歸化城（今呼和浩特市）。據說在呼和浩特市有一條落鳳街，慈禧就出生於落鳳街的道員住宅裡，甚至傳說慈禧小時候常到歸化城河邊玩耍。但文獻記載，道光二十九年（1849年），惠征任山西歸綏道道員時，慈禧已經15歲，所以說慈禧不可能出生于歸化城。不過，慈禧可能隨父惠征在歸化城住餅。慈禧的外祖父惠顯，從道光十一年至十七年（1831～1837年）年，在歸化城做官，當過副都統。慈禧可能在外祖父家住餅。以上就成為慈禧出生歸化（今呼和浩特）說的一個歷史的影子。慈禧的母親不可能從北京回娘家生孩子，因為這在當時既路途遙遠，也不合禮法。所以，慈禧不大可能出生在今呼和浩特市。
第五，慈禧出生在今山西長治說。這是近年來的一種新說法。此說認為慈禧不是滿洲人，生父也不是惠征。今山西長治當地傳說：慈禧原是山西省潞安府（今長治市）長治縣西坡村王增昌的女兒，名叫王小慊，4歲時因家道貧寒，被賣給上秦村宋四元家，改姓宋，名齡娥。到了11歲，宋家遭到不幸，她又被轉賣給潞安府（今長治市）知府惠征做丫頭。一次，惠征夫人富察氏發現齡娥兩腳各長一個瘊子，認為她有福相，就收她作乾女兒，改姓葉赫那拉氏，取名玉蘭。後來玉蘭被選入宮，成了蘭貴妃。說慈禧是王家的女兒，當地提出的根據是：（1）王姓家譜從乾隆五十九年（1794年），一直續譜到現代。王氏家譜上更寫著：「王小慊後來成為慈禧太后」。但是，這份家譜不是原家譜，是後來重抄的。（2）當地還傳說：在西坡村外邊的山腳下，還有據說是慈禧生母的墳。墳前有碑，原來是木牌，後來豎立石碑。說慈禧是宋家的女兒，當地提出的根據是：（1）在上秦村裡至今保存著一處娘娘院，被認為是慈禧入宮前住餅的院落。（2）在宋家的炕上曾刨出了當年慈禧給宋家寫的家信等，據說她娘家六代侄孫還保存著這封信。（3）在上秦村居住的宋家老人說：「慈禧太后是咱家的。」為此，宋家曾聯名寫信，要求政府調查澄清這件事。上面的傳說，有文有物，具體生動。長治地方眾口一詞，畫押證明，說慈禧是長治人。長治市還為此專門成立「慈禧童年研究會」。上述動人的傳說，真是太傳奇了。經專家考證，在這段時間，歷任潞安府的知府共有七個人，但是沒有惠征。既然惠征沒有在山西潞安府做過官，那麼慈禧怎會在潞安被賣到惠征家呢？
總之，不管慈禧生長在哪裡，她都是出身於官宦家庭。再加上慈禧在咸豐身邊的政治閱歷，使她具有一般女子所沒有的遠見、膽識、機智、謀略和手腕。慈禧在咸豐皇帝死後，帝后集團與帝胤集團結合，發動宮廷政變，摧毀「贊襄政務」八大臣集團。這場政變發生在咸豐十一年（1861年）即農曆辛酉年，所以史稱「辛酉政變」。
同治繼承皇位後，在位的13年間，主要發生了四件大事：第一件是即位當年發生的辛酉政變；第二件是清軍攻佔南京，太平天國失敗。大家對此很熟悉，就不講了；第三件是同治新政；第四件是重修圓明園。下面講辛酉政變。
在上文提到，咸豐皇帝的第三錯，是臨終前錯定了顧命大臣。它的一個直接後果是引發了「辛酉政變」。
當時，朝廷主要分為三股政治勢力：其一是顧命大臣勢力，其二是帝胤勢力，其三是帝后勢力。三股政治勢力的核心是同治皇帝，哪股政治勢力能夠同帝后勢力相結合，它就會增加勝利的可能性。
當時朝廷大臣實際上分為兩部分：一半在承德，另一半在北京。即：前者是以肅順為首的「承德集團」，後者是以奕訢為首的「北京集團」。在北京的大臣，又發生了分化，一部分傾向於顧命大臣，大部分則傾向於帝胤和帝后勢力。從而出現錯綜複雜的局面。「承德集團」隨駕，主要人物有贊襄政務八大臣：載垣、端華、景壽、肅順和軍機大臣穆蔭、匡源、杜翰、焦祐瀛等。「北京集團」以恭親王奕訢為首，其支持者為五兄惇親王奕脤、七弟醇郡王奕譞、八弟鍾郡王奕詥、九弟孚郡王奕譓，還有軍機大臣文祥、桂良、寶鋆等人。
文祥，滿洲正紅旗人，道光進士，軍機大臣。英法聯軍逼京師，咸豐帝決定巡幸熱河。文祥「以動搖人心，有關大局，且塞外無險可扼，力持不可」，而被留守京師。軍機大臣中獨其一人被排除在贊襄政務大臣之外。
桂良，滿洲正紅旗人，為奕訢岳父，官湖廣總督、直隸總督、東閣大學士。咸豐赴熱河，同奕訢留守。
寶鋆，滿洲鑲白旗人，道光進士，署理戶部三庫事務。咸豐至熱河，調帑銀20萬兩修葺行宮，寶鋆「以國用方亟，持不可」，而受責降級。
翁心存，道光進士，入直上書房，授惠郡王讀書，又授六阿哥、八阿哥讀書。咸豐時任上書房總師傅，拜體仁閣大學士。對肅順興大獄心存不滿，載垣等請褫其頂帶，歸案訊質，被降五級，革職留任。翁心存、祁寯藻、彭蘊章，他們都是上書房的師傅，翁、祁、彭「三人者，並與肅順不協，先後去位」。
賈楨，山東黃縣人，道光一甲二名進士，後擢侍講，入直上書房，授皇六子奕訢讀書，後任武英殿大學士。咸豐赴熱河，命楨留守，楨「日危坐天安門，阻外軍不令入」。
所以，奕訢周圍這些人的特點：一是漢儒老臣多，二是正直不阿之臣多，三是對西方瞭解之臣多，四是力議咸豐在京主政者多，五是議和後請皇帝迴鑾者多，六是官員年富力強者多。以奕訢為首的「北京集團」，得到兩宮皇太后與同治皇帝的支持。
以上兩個朝廷集團，咸豐承德斷氣之日，便是開始較量之時。
七月
十七日，咸豐帝死。他臨終前做了三件事：（1）立皇長子載淳為皇太子。（2）命御前大臣載垣、端華、景壽，大學士肅順和軍機大臣穆蔭、匡源、杜翰、焦祐瀛八人為贊襄政務大臣，八大臣控制了政局。（3）授予皇后鈕祜祿氏「御賞」印章，授予皇子載淳「同道堂」印章（由慈禧掌管）。顧命大臣擬旨後要蓋「御賞」和「同道堂」印章。八大臣同兩宮太后發生矛盾。
十八日，大行皇帝入殮後，以同治皇帝名義，尊孝貞皇后為皇太后即母后皇太后，尊懿貴妃為孝欽皇太后即聖母皇太后。
八月
初一日，恭親王奕訢獲准趕到承德避暑山莊叩謁咸豐的梓宮。《我的前半生》記載：相傳奕訢化妝成薩滿，在行宮見了兩宮皇太后，密定計，旋返京，做部署。奕訢獲准同兩宮太后會面約2個小時。奕訢在熱河滯留6天，盡量在肅順等面前表現出平和的姿態，麻痺了顧命大臣。兩宮太后與恭親王奕訢，破釜沉舟，死中求生，睿智果斷，搶奪先機，外柔內剛，配合默契。恭親王奕訢同兩宮太后密商決策與步驟後，返回北京，準備政變。此時，咸豐皇帝剛駕崩13天。
初五日，醇郡王奕譓為正黃旗漢軍都統，掌握實際的軍事權力。
初六日，御史董元醇上請太后權理朝政、簡親王一二人輔弼的奏折。
初七日，准兵部侍郎勝保到避暑山莊。勝保在下達諭旨不許各地統兵大臣赴承德祭奠後，奏請到承德哭奠，並率兵經河間、雄縣一帶兼程北上。
十一日，就御史董元醇奏折所請，兩宮皇太后召見八大臣。肅順等以咸豐遺詔和祖制無皇太后垂簾聽政故事，擬旨駁斥。兩宮皇太后與八位贊襄政務大臣激烈辯論。八大臣「嘵嘵置辯，已無人臣禮」。《越縵堂國事日記》記載：肅順等人恣意咆哮，「聲震殿陛，天子驚怖，至於涕泣，遺溺後衣」，小皇帝嚇得尿了褲子。兩宮太后不讓，載垣、端華等負氣不視事，相持愈日，卒如所擬。八大臣想先答應兩宮太后，把難題拖一下，回到北京再說。
十八日，宣佈咸豐靈柩於九月二十三起靈駕，二十九日到京。
九月
初一日，同治上母后皇太后為慈安皇太后、聖母皇太后為慈禧皇太后徽號。
初四日，鄭親王端華署理行在步軍統領，醇郡王奕譓任步軍統領。先是，兩宮太后召見顧命大臣時，提出端華兼職太多，端華說我只做行在步軍統領；慈禧說那就命奕譓做步軍統領。奕譓做步軍統領就掌握了京師衛戍的軍權。不久，奕譓又兼管善捕營事。
二十三日，大行皇帝梓宮由避暑山莊啟駕。同治與兩宮皇太后，奉大行皇帝梓宮，從承德啟程返京師。兩宮太后和同治只陪了靈駕一天，就以皇帝年齡小、兩太后為年輕婦道人家為借口，從小道趕回北京。
二十九日，同治奉兩宮太后回到北京皇宮。因為下雨，道路泥濘，靈駕行進遲緩。同治奉兩宮皇太后間道疾行，比靈駕提前4天到京。兩宮皇太后到京後，即在大內召見恭親王奕訢等。
三十日，發動政變。同治與兩宮皇太后，宣佈在承德預先由醇郡王奕譓就之諭旨，宣佈載垣等罪狀：
（1）「上年海疆不靖，京師戒嚴，總由在事之王大臣等籌劃乖張所致。載垣等不能盡心和議，徒以誘惑英國使臣以塞己責，以致失信於各國，澱園被擾。我皇考巡幸熱河，實聖心萬不得已之苦衷也！」就是將英法聯軍入侵北京、圓明園被焚掠、皇都百姓受驚、咸豐皇帝出巡的政治責任全扣到載垣等八大臣頭上。
（2）以擅改諭旨、力阻垂簾罪，解載垣、端華、肅順、景壽任，穆蔭、匡源、杜翰、焦祐瀛退出軍機。《清史稿·肅順傳》記載：此前，「肅順方護文宗梓宮在途，命睿親王仁壽、醇郡王奕譓往逮，遇諸密雲，夜就行館捕之。咆哮不服，械系。下宗人府獄，見載垣、端華已先在。」《清穆宗毅皇帝實錄》記載：「以醇郡王奕譓管善捕營事。」這可能同奕譓逮捕肅順事有關。
十月
同治帝在大典上穿過的小朝袍初一日，命恭親王奕訢為議政王、軍機大臣。隨之，軍機大臣文祥奏請兩宮皇太后垂簾聽政。《清史稿·文祥傳》記載：「十月，迴鑾，（文祥）偕王大臣疏請兩宮皇太后垂簾聽政。」命大學士桂良、戶部尚書沈兆霖、侍郎寶鋆、文祥為軍機大臣。
初三日，大行皇帝梓宮至京。
初五日，從大學士周祖培疏言「怡親王載垣等擬定『祺祥』年號，意義重複，請更正」，詔改「祺祥」為「同治」。「同治」含義可做四種詮釋：一是兩宮同治，二是兩宮與親貴同治，三是兩宮與載淳同治，四是兩宮、載淳與親貴同治。
初六日，詔賜載垣、端華在宗人府空室自盡，肅順處斬，褫景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦祐瀛職，穆蔭發往軍台效力。據記載：「將行刑，肅順肆口大罵，其悖逆之聲，皆為人臣子所不忍聞。又不肯跪，劊子手以大鐵柄敲之，乃跪下，蓋兩脛已折矣。遂斬之。」
初九日，載淳在太和殿即皇帝位。
二十六日，禮親王世鐸奏遵旨會議並上《垂簾章程》。懿旨：依議。於是，皇太后垂簾聽政之舉，輿論已經造勢，章程亦已制定。
十一月
初一日，同治奉慈安皇太后、慈禧皇太后御養心殿垂簾聽政。垂簾聽政之所設在大內養心殿東間，同治帝御座後設一黃幔（初為黃屏），慈安皇太后與慈禧皇太后並坐其後。恭親王奕訢立於左，醇親王奕譞立於右。引見大臣時，吏部堂官遞綠頭箋，恭親王奕訢接後，呈放在御案上。皇太后垂簾聽政，這在中國歷史上，既是空前的，也是絕後的。在這裡附帶說一點。慈禧本來沒有文化，但她注重學習。兩宮太后命南書房、上書房師傅編纂《治平寶鑒》，作為給兩宮太后的教科書，仿照經筵之例，派翁同龢等定期進講。後來慈禧也能批閱奏章，但常有語句不通和錯別字之處。
這次政變，因載淳登極後擬定年號為祺祥，故史稱「祺祥政變」；這年為辛酉年，又稱「辛酉政變」；因政變發生在北京，又稱為「北京政變」。其時，「辛酉政變」的三個主要人物——慈安皇太后25歲，慈禧皇太后27歲，恭親王奕訢30歲。
「辛酉政變」取勝的直接原因是：
第一，兩宮皇太后和恭親王奕訢，抓住並利用官民對英法聯軍入侵北京、火燒圓明園的強烈不滿，對「承德集團」不顧民族、國家危亡而逃到避暑山莊的不滿，而把全部歷史責任都加到顧命八大臣頭上。也把咸豐皇帝到承德的責任加到他們頭上。從而兩宮皇太后和恭親王奕訢取得政治上的主動，爭取了官心、軍心、旗心、民心，顧命八大臣則成了替罪羊。
第二，兩宮皇太后和恭親王奕訢，利用了顧命大臣對慈禧與奕訢的力量估計過低而產生的麻痺思想，又利用了帝后雖是孤兒寡母，卻掌握「御賞」、「同道堂」兩枚印章——顧命大臣雖可擬旨不加蓋這兩枚印章卻不能生效，兩宮太后與奕訢可由大臣擬旨加蓋這兩枚印章便能生效的有利條件。
第三，兩宮皇太后和恭親王奕訢，搶佔先機，先發制人，沒有隨大行皇帝靈柩同行，擺脫了顧命大臣的控制與監視，並從間道提前返回，利用自七月十七日咸豐死，到咸豐靈柩運到皇宮，其間74天的充分時間，進行政變準備。原定九月二十三日起靈駕二十九日到京，因下雨道路泥濘，而遲至九月初三日到京，比原計劃晚了4天。兩宮太后於二十九日到京，三十日政變，時間整整差了3天。這為她們準備政變提供了時間與空間，打了一個時間差與空間差。
第四，兩宮皇太后和恭親王奕訢，意識到並預感到：這是他們生死存亡的歷史關鍵時刻，惟一的出路就是拚個魚死網破。慈禧曾風聞咸豐帝生前肅順等建議他仿照漢武帝殺其母留其子的「鉤弋夫人」故事，免得日後皇太后專權。這個故事，《漢書·外戚傳上》記載：漢武帝寵幸鉤弋夫人趙婕妤，欲立其子，以「年稚母少，恐女主顓(zhuān)恣亂國家」。趙婕妤遭漢武帝譴責而死。漢武帝臨終前，立趙婕妤子為皇太子，以大司馬、大將軍霍光輔少主，是為漢昭帝。但是，咸豐帝沒有像漢武帝那樣做，而是用「御賞」和「同道堂」兩枚印章來平衡顧命大臣、兩宮太后之間的關係，並加以控制。結果，這兩枚印章被兩宮太后所利用，打破了初始的權力平衡結構。
「辛酉政變」是君權與相權的一次大的衝突，表現了兩宮皇太后和恭親王奕訢的聰明才智。它的重大結果是清朝體制的一大改變。經過「辛酉政變」，否定「贊襄政務」大臣，而由慈安皇太后與慈禧皇太后垂簾聽政，這是重大的改制。「辛酉政變」後，恭親王奕訢為議政王，這是當年睿親王多爾袞輔政的再現。但有一點不同：既由帝胤貴族擔任議政王、軍機大臣，又由兩宮太后垂簾聽政。這樣皇權出現二元：議政王奕訢總攬朝政，皇太后總裁懿定。這個體制最大的特徵是皇太后與奕訢聯合主政，後來逐漸演變為慈禧獨攬朝政的局面。隨之產生一個制度：領班軍機大臣由親貴擔任，軍機大臣滿洲兩人、漢人兩人。在同治朝，大體維持了這種五人軍機結構的局面。
「辛酉政變」就滿洲貴族而言，主要是宗室貴族同帝胤貴族的矛盾與拚殺。兩宮皇太后特別是慈禧皇太后，主要利用和依靠帝胤貴族，打擊宗室貴族，取得了勝利。
同治皇帝在辛酉政變後，內有兩宮皇太后垂簾聽政，外有議政王奕訢主政，從而開始了同治新政。
同治朝遇上了難得的歷史機遇：在國內處於「太平天國」與「義和團」兩次重大社會動盪之間，在國際處於英法聯軍與八國聯軍兩次入侵之間，如同處在兩次大風暴中間的緩衝期。同治之前的道光、咸豐，之後的光緒、宣統，都沒有這樣的有利條件。這就給同治朝實行新政提供了難得的機遇。日本明治維新也正在此時。兩宮太后垂簾聽政、議政王奕訢主持政務，互相配合，推行新政。在奕訢集團的主持下，新政的主要措施是：成立總理衙門、設立同文館、辦新式學校、派人出洋、辦廠開礦、修築鐵路等，實行學習西方近代化舉措，開始走向開放、進步。
（一）設立總理衙門。全稱為總理各國通商事務衙門，一般稱作「總理各國事務衙門」，於咸豐十年（1861年）十二月初十日正式批准成立。它的實際職能是總攬新政的中央政府機構，是面對世界局勢、完全創新的機構。它不僅掌管清廷與各國間的外交事務，而且包括對外貿易、海關稅務、邊疆防務、海軍建設、新式工礦業，以及建新式學校、興修鐵路、礦務等，實際上它相當於清廷的內閣兼外交部。這是二千年來第一個專門處理外事的中央機構。總理衙門由親王一人總領，實為首席大臣，其他大臣從軍機大臣、大學士、尚書、侍郎等中指派充任。下設獨立公所，計有英、法、俄、美和海防五股等機構。其中，俄國股，兼理俄、日兩國外交事務；英國股，兼理奧地利交涉事務；美國股，掌辦對美、德、秘魯、意大利、瑞典、挪威、比利時、丹麥、葡萄牙各國交涉事務；法國股，兼理法國、荷蘭、西班牙、巴西各國交涉事務；後設海防股，掌管南北洋海防等。總理各國事務衙門的主旨是辦理同西方關係事務，創辦近代化事業，它的出現是中國走向近代化的一個標誌。隨之，設立駐外使領館。
(二)出洋考察。西方國家兩次破門而入，清朝才被迫開門而出。中國走向世界，世界也走向中國。漢、唐盛世時，中國沒有人走出過亞洲，法顯和玄奘「取經」的「西天」，是印度而不是歐洲。明朝的鄭和下西洋也沒有到歐洲。清朝向西洋考察，開始於同治五年(1866年)。這年的春天，總稅務司赫德要回國結婚，向奕訢請6個月假，順便建議清政府派人到西方去考察。這正合奕訢的心意，於是上奏請派員出國考察並獲准，從而有了清政府派斌椿等人走出國門的破天荒事件。
斌椿，《清史稿》無傳，旗人。當時官員們對出國考察都不願去，也不敢去，而63歲的斌椿報名應徵。親朋故舊以「雲風險濤」相勸止，甚至有人以蘇武被扣匈奴相告誡，但他決心親自一試。斌椿是既受政府派遣、又為政府官員中赴西歐考察的「東土西來第一人」。同治五年(1866年)正月二十一日，斌椿率三名同文館的學生及自己的兒子廣英(為照顧其父同行)，離京從上海乘輪船出洋，經過一個月零八天的航程，到達法國馬賽。他在歐洲遊歷110多天，訪問了法、英、荷蘭、丹麥、瑞典、芬蘭、俄國、普魯士、挪威、比利時等國，於九月十八日回到北京。斌椿寫出《乘槎筆記》，第一次記錄下親眼所見諸如火車、輪船、電報、電梯、機器印刷、蒸汽機、攝影、起重機、抽水機、顯微鏡、幻燈機、紡織廠、兵工廠等。還第一次參觀並記述了歐洲博覽會、芭蕾舞、大英博物館、國家議院、近代報社、高等學院，以及法國的凡爾賽宮、凱旋門等。他看到了西方近代的科技與文明。
(三)培養洋務人才。開辦外國語學校、實業學堂、近代軍事學校、派遣留學生等。同治朝新式學校最早者是京師同文館。從京師八旗子弟中選出10名學生，教員則由英國教士包爾騰擔任。同文館除了聘請洋人教授外語，還請徐樹琳教授儒家經典。當時的工薪，漢文教員年薪100兩，外國教師年薪1000兩。同文館學生膳食、文具全由政府承擔，每月另發10兩津貼。月課合格者獎銀32兩，季考合格者獎銀48兩，歲試及格者獎勵72兩。若三次考試都及格，共得獎銀152兩，加上每月津貼，每年得銀272兩。後奕訢請在同文館開設「天文」、「算學」館，「采西學」、「制洋器」，引起了京師內外的軒然大波。有人說：學「西技」是「捨本求末」，講「氣節」才是「強根固本」。也有人認為：設立同文館將使中國傳統喪失，令中國官員士子向外人學習技藝，不僅是一大恥辱，而且將使中國「變而從夷」。京師流傳出一副對聯：「鬼計本多端，使小朝廷設同文館；軍機無遠略，誘佳弟子拜異類師」。於是傳稱奕訢為「鬼子六」。前門外牆壁上出現「揭帖」，上寫：「未同而言，斯文將喪」，此帖裡嵌著「同文」二字，諷刺設立同文館，中國將喪失傳統文明。候補直隸知州楊廷熙呈遞條陳道：「西學」乃「西洋數千年魑魅魍魎橫恣中原」之學，請洋人為教員將使「忠義之氣自此消」，「廉恥之道自此喪」。有人將當年春旱，渲染為「天道示警」，攻擊是奕訢等人倡行「西學」而致，乃紛紛上折，要求同文館停止招考。更嚴重的是，大學士、同治皇帝的師傅倭仁也上書反對。他認為：「立國之道，尚禮義不尚權謀；根本之圖，在人心不在技藝。」又說：「古往今來未聞有恃術數而能起衰振弱者。」認為不必向外國學，以中國之大，「必有精其術者」。奕訢等遞上駁斥倭仁的奏折：僅尚空談，不切時務，中國將愈益落後。英、法皆小柄，卻幾次打敗中國，所恃者正是科學技術。朝廷一味因循敷衍，才一敗再敗。並請倭仁保舉「精其術者」。倭仁保舉不出人才，只好退讓。由於兩宮皇太后態度明朗，使攻擊同文館招生之風被壓下去。然而同文館的招生受到很大影響，原報名者98人，但參加考試者僅有72名，其中30人是為了有優厚獎學金而報考。半年後只餘下10名學員尚能跟上學業，遂與原來在館的八旗子弟合為一班。後在上海、廣州也開設了類似的學校，招收滿、漢子弟入學，只開設外語課，請美國人做教師。同文館後來聘請美國人丁韙(wěi)良為總教習，開設化學、數學、天文、物理、國際法、外國史地、醫學、生理學、政治經濟學等課程，畢業年限改為8年，至此同文館初具一所綜合性高等學府之規模。作為第一所近代學堂開辦起來後，它帶動了其他近代學校的出現。該校在光緒二十八年(1902年)併入京師大學堂。它培養了一大批通「西學」的人才，其中僅駐外公使就培養出28人。
同治朝開設的新式學校，還有江南製造局附設的機械學堂、福州船政局附設的船政學堂等。福州船政學堂又稱「求是堂藝局」，是同治五年(1866年)由左宗棠主持福州船政局時附設。這所學校是近代較早開設的一所以學習自然科學為主的新式學校，同時又有軍事學校的性質，以培養海軍和造船人才為目的之一。
（四）派留學生出國。同治十一年(1872年)，首批30名「幼童」奔赴美國留學，史稱「幼童出洋」。同治年間留學之風興起，與容閎分不開。容閎(1828～1912年)，廣東香山(今中山)人，道光二十一年(1841年)入澳門馬禮遜教會學堂讀書，家長想讓他學成後做買辦。後該校教員、美國人布朗回美國時，容閎隨他去了美國，成為近代早期留學生之一。他在美國先讀中學，後入耶魯大學，攻讀4年，於咸豐四年(1854年)獲該校文學學士學位後回國。同治九年(1870年)，曾國藩任直隸總督，容閎為其幕僚和譯員。他多次向曾國藩建議派遣留學生出國學習。同年，清政府批准了曾國藩等上奏派留學生的章程，決定派遣120名十二三歲幼童去美國留學，學習期限為15年，在上海成立留學出洋局管理此事。後以陳蘭彬、容閎為正副委員，常駐美國，經管留學生事務。幼童留學生年齡一般在12～16歲，出國前在上海培訓。因為當時風氣未開，招生工作極難進行，幼童父母都不願把孩子送到遙遠的大洋彼岸去。如詹天祐，他的鄰居在香港做事，向其父介紹留學招生一事，並勸他送詹天祐報名。但其父要兒子走科舉正途，而不願意出去留學。這位鄰居再三說明去美國留學比科舉進士有出息，並提出如果詹天祐去美國留學，就把女兒許配給他。他父親才願送子出國，當時詹天祐才12歲。後來詹天祐學成回國，修築京張鐵路，建灤河大橋，稱著於世。幼童先受預備班半年教育，學習簡單的英語，瞭解美國情況。學校要求極嚴格，學習差的經常受體罰，幼童們都很努力，完成了預期學業。同治十一年(1872年)夏，經過考試選拔，第一批幼童30名，在上海乘輪船出洋。從同治十一年到光緒元年(1875年)，每年出國一批，每批30人，共有四批120人赴美國留學。幼童們到了美國，成為美國新聞中的轟動事件，美國總統還接見了他們。中國留學生給美國人留下「聰明能幹，彬彬有禮」的印象，並說他們是「中國的榮譽」。容閎提出並把他們分別安排在美國平民家庭中生活。美國的教師、醫生、紳士們紛紛把中國幼童領到自己家中，每個家庭對幼童都關懷備至，為他們提供較好的吃住條件，關心他們的學習和生活。他們成為中西文化交流的橋樑。
但是，清政府派往美國監督留學的官員陳蘭彬等，以留學生學運動、學跳舞，不穿長袍馬褂而穿西服，不行跪拜禮而行握手禮，甚至於有的學生剪了辮子等，認為「他們縱能學成歸國，非特無益於國家，亦且有害於社會」，向清廷建議將留美學生撤回。總理衙門大臣奕訢雖是要求實行新政的人，他對留學生違背「祖訓」卻接受不了，便奏請於光緒七年(1881年)五月，「將出洋學生一律調回」。留美學生自同治十一年(1872年)首批出洋，至光緒七年（1881年）撤回，最長者達9年。出國時的12～16歲的少年，歸來時已是20多歲的青年。他們在美國雖未完成計劃的學業，但都受到西方的教育。這些留學歸國的青年，後來逐步成為中國政界、軍界、學界、工商界等方面的知名人物和科技骨幹，為中國近代建設做出了貢獻。據不完全統計：從事行政和外交者24人，其中成為領事、代辦者12人，外交次長、公使2人，成為總長者1人，內閣總理1人；加入海軍者20人，其中成為海軍將領者14人；從事教育者5人，其中成為大學校長者2人；從事實業者30人，其中成為工礦負責人者9人、工程師6人、鐵路局長3人等。
(五)洋務求強。曾國藩、李鴻章、左宗棠等在上海、南京、福州相繼辦起了近代軍工廠，多聘請洋員充當技術指導。這就是所謂的「洋務運動」，它包括舉辦新式軍用工業，編練新式軍隊，加強國防建設等，其宗旨是「求強」與「求富」。奕訢強調學習「西學」，製造「西器」。他認為，「采西學」、「制洋器」早在清初康熙大帝時就進行過了，如今再搞是發揚光大祖制和傳統。
咸豐十一年(1861年)十一月，安慶軍械所辦成，並很快仿製出一批洋槍洋炮。曾國藩集合起湘軍軍官、幕僚試看演射。後膛槍、開花炮的威力、射程、射速、準確度、殺傷力比起鳥槍、抬槍和土炮的確強多了。湘軍和幕僚拍手稱讚，曾國藩興奮不已。
海軍建設，主要還是向外國購艦。19世紀70年代，由李鴻章主持向英國購買的軍艦有「龍驤」、「虎威」、「飛霆」、「策電」、「鎮東」、「鎮西」、「鎮南」、「鎮北」等炮艇。19世紀80年代，德國的軍火和造船工業有了突出的發展，李鴻章轉向德國訂購戰艦。
同治三年，清政府才開辦大型兵工廠，計有江南製造局、金陵製造局、福州船政局、天津機器局、西安機器局等20餘個。而規模大、有典型性的為江南、金陵、福州、天津、漢陽等幾個兵工廠。
江南製造總局。是曾國藩與李鴻章共同創辦的一個規模最大的軍事工業。同治四年（1865年），李鴻章委託海關道員丁日昌買下設立在虹口的美商旗記鐵工廠，把上海、蘇州兩個洋炮局搬至上海，成立了大型軍事工業製造局。同治六年，曾國藩主張在該廠製造輪船，又在上海海關撥出兩成關稅，為造船經費之用。此後，工廠逐年擴充，計有洋槍廠、洋炮廠、炮彈廠、火藥廠、輪船廠、煉鋼廠、子彈廠、水雷廠，並設有學校和翻譯館，其規模較為宏大。同治七年，造船廠造出了第一艘輪船，取名「惠吉」，至中法戰爭前共製出15艘軍艦，最大者為2800噸，小者只有數百噸。
金陵製造局。是同治四年(1865年)李鴻章任兩江總督時把馬格裡主持的蘇州洋炮局遷到南京雨花台，並加以擴充，更名為金陵製造局，主要製造大炮和彈藥。到光緒初年，該廠計有三個機器廠，還有火藥、火箭、水雷等工廠，規模也很大。
福州船政局。設於同治五年(1866年)，是閩浙總督左宗棠創設的造船廠。該廠所聘洋員分別任監督和副監督。該廠由煉鋼廠、船廠和學堂三部分組成。工廠尚未建成，左宗棠便調往西北鎮壓回民起義，該局由福州船政大臣沈葆楨接辦。同治八年(1869年)，該局造出第一艘輪船，取名「萬年青」，到同治十三年(1874)，共造出輪船15艘。此後外籍工匠全部撤走，由船政學堂的畢業生接管技術工作。到甲午戰前，又造輪船20艘。中法戰爭前製造的輪船質量較差，全為木殼船，直到光緒十年(1884年)才能製造鐵甲艦，其造船技術一直未見提高，同英、德等國所制的鐵甲艦和巡洋艦皆無法相比，中法戰爭之前所造的軍艦多數毀於中法馬尾之戰中。
江南製造局、金陵製造局、天津機器局皆為李鴻章直接控制，這三個軍事工業統稱為「北洋三局」。
這些軍事工業的出現，引進了先進的科學技術和大機器生產，對吸收西方先進科學技術和科技人才培養，起到了積極的作用。
同治十二年（1873年）正月，同治帝親政，時年18歲。他親政時，詔「恪遵慈訓」，就是要遵守聖母的懿旨。他親政後也辦了些事，如在西苑紫光閣會見日本國大使副島種臣、俄國大使倭良嘎裡、美國大使鏤斐迪、英國大使威妥瑪、法國大使熱福理、荷蘭國大使費果蓀，並接受他們呈遞國書。同治親政只有一年多的時間，他親自主持經辦的一件大事就是重修圓明園。
慈禧退簾後，想到宮外遊冶愉悅，回憶起當年的圓明園生活，她懿旨重修圓明園。這是重大的工程，至少要花幾千萬兩白銀。九月，同治帝發佈上諭：興修圓明園以為兩宮太后居住和皇帝聽政之所，讓王公以下京內外大小辟員量力捐修。恭親王不好完全拒絕，報效銀2萬兩，指令戶部先撥銀2萬兩。撥款之後，朝廷震動。接著百官疏奏，反對重修圓明園。御史沈淮疏請緩修圓明園工程。同治覽奏大怒，立即召見沈淮，嚴詞申責。接著御史游百川再上疏諫阻，同治又下諭將游百川革職。經過一段準備，十三年（1874年）正月，圓明園重修工程正大光明殿、天地一家春（原慈禧住處）等處先後開工。四月，同治視察圓明園，慈禧親自看取圖樣，應修殿宇不下3000餘間。七月初六日，發生廣東商人李光昭自稱「圓明園李監督」，借購修園木料詐騙白銀30萬兩的事件，引起朝臣反對。同治帝仍不同治帝繪《祝萬年圖》理睬，繼續其工程。七月十八日，恭親王奕訢、大學士文祥等十人（三位親王郡王、三位御前大臣、三位軍機大臣、一位師傅）聯銜疏奏，請停止圓明園工程：「宜培養元氣，以固根本；不應虛糜帑糈(xǔ)，為此不急之務。」同治帝與十重臣幾番面對面地辯論，他明知錯誤，仍不悔改。當大家一再反對時，同治帝準備發上諭，以十大臣「朋比為奸，謀為不軌」的罪名，宣佈將十大臣革職。兩宮太后見事情鬧大，只好出面調解。據吳汝綸日記載：召見時「兩宮垂涕於上，皇上長跪於下。謂十年以來，無恭邸何以有今日？皇上少未更事，昨諭著即撤銷云云」。其結果是：革十大臣職的上諭沒有發佈，重修圓明園改為修葺三海。在奕訢等諫阻下，同治說：「我停工何如！爾等尚何嘵舌！」二十九日，停止圓明園工程。重修圓明園工程是慈禧的懿旨，奕訢等的諫阻，觸怒了慈禧。三十日，同治帝上諭：「著革去親王世襲罔替，降為郡王。」此次補蓋、添建、粘修、揭瓦後基本成型的殿閣亭榭等100座500間。八月初一日，同治發出上諭：「朕奉慈安端裕康慶皇太后、慈禧端佑康頤皇太后懿旨：皇帝昨經降旨，將恭親王革去親王世爵罔替，降為郡王，……著加恩賞還親王世爵罔替」云云。諭修葺西苑三海工程。
十二月，同治帝死於養心殿。他的死因，是個疑案。
同治6歲到14歲期間，每天應景做皇帝，到養心殿擺樣子，兩宮皇太后垂簾聽政。他還要抽出半天時間，到弘德殿讀書。同治從小沒有得到嚴父的教育，母后皇太后與聖母皇太后都沒有文化，不得教育皇子讀書的要領。她們常在重華宮漱芳齋辦事、傳膳、聽戲，沒有給同治以文化的熏陶。同治貪玩，不愛讀書，「見書即怕」，不好學習，沒有長進。他的師傅教他學習看奏折，但他「精神極散」；聽講奏折，也極不用心。他的伴讀奕詳、奕詢，本意在陪同讀書、互相激勵、彼此切磋，實際上往往代其受過，起到「殺雞嚇猴」的作用。在課堂上，「無精神則倦，有精神則嬉笑」，實在是一個頑皮的學生。同治到十七八歲的時候，「折奏未能讀」，連「在內背《大學》皆不能熟」。
同治皇帝就其個人來說，出生在帝王之家，享受著「普天之下莫非王土，率土之濱莫非王臣」的獨尊榮光，過著「鐘鳴鼎食」的生活，沒有兄弟競爭便順利地登上皇帝寶座，這是他人生的喜劇。但是，同治也有人生的悲劇——他短暫的19年就有六大不幸：幼年喪父是為第一大不幸！童年擔當社稷重任而不能享受正常童真快樂是為第二大不幸！同聖母皇太后關係不好是為第三大不幸！婚姻不如意是為第四大不幸！無子無女是為第五大不幸！19歲便早亡是為第六大不幸！下面簡單說一下他的后妃。
同治有一後三妃，其中皇后的人選：慈安皇太后喜歡侍講崇綺的女兒阿魯特氏，慈禧皇太后則喜歡員外郎鳳秀的女兒富察氏。兩宮太后，意見不一，要同治自選。同治選定蒙古正藍旗崇綺的女兒阿魯特氏。於是奉兩宮皇太后懿旨，同治十一年（1872年）九月，冊立阿魯特氏為皇后，同治17歲，皇后19歲。又冊富察氏為慧妃。
皇后的祖父為大學士、軍機大臣賽尚阿，外祖父是鄭親王端華。皇后的父親崇綺，是有清一代惟一的「蒙古狀元」，是有清一代滿洲、蒙古以漢文獲翰林院編修的第一人。滿蒙士林，以其為榮。同治九年（1870年），選侍講，後充日講起居注官，再調盛京將軍。義和團事起，崇綺同朝廷勳貴多人信仰，事敗之後，隨榮祿走保定，住居蓮池書院，自縊而死。崇綺妻，瓜爾佳氏，在京師陷落時，闔門死難。《清史稿·崇綺傳附崇綺妻傳》記載：「崇綺妻，瓜爾佳氏，先於京師陷時，預掘深坑，率子、散秩大臣葆初及孫員外郎廉定，筆帖式廉容、廉密，監生廉宏，分別男女，入坑坐瘞，闔門死難。」
皇后出身於官宦名門、詩書大家，自幼習書達禮，性格耿爽，不善阿諛。據記載，皇后阿魯特氏「雍容端雅」，「美而有德」，且文才好。皇后幼年在家，崇綺親自授課，讀書聰穎，十行俱下，「後幼讀書，知大義，端靜婉肅，內外稱賢。及正位六宮，每聞諫阻，自奉儉約，時手一編」。她被冊為皇后，同治帝很喜愛她，也很敬重她，據說不久懷有身孕。慈禧皇太后不喜歡這個皇后兒媳婦，常找碴兒難為這位小皇后。慈禧不許她與同治皇帝同房，而要同治對慧妃好。同治帝不敢違抗，但他不喜歡慧妃，只好賭氣獨宿養心殿，生活寂寞寡歡。因為慈禧處處刁難，皇后日子過得很不舒心。同治病重，皇后護侍，也遭到慈禧的訶責。《我的前半生》記載：同治病重，皇后前去養心殿探視，二人說了些私房話，被慈禧皇太后知道。慈禧怒不可遏，闖入暖閣，「牽後發以出，且痛抶之」，並叫來太監備大杖伺候。據說皇后情急之下說了句：「媳婦是從大清門抬進來的，請太后留媳婦的體面！」慈禧一直以側居西宮為遺憾，也為咸豐臨終前沒有冊封自己為皇后而不滿。慈禧動怒，同治被嚇暈，病情加重。慈禧見狀，才未對皇后動刑。
同治之死，慈禧將責任栽到皇后頭上。皇后阿魯特氏見同治皇帝死，大慟大悲，不思飲食，吞金自殺，獲救得生。皇后之父崇綺，奏告慈禧皇太后。皇太后回答：「可隨大行皇帝去罷！」皇帝死了，尚未入葬，稱大行皇帝，就是說可以隨夫殉死。崇綺將此話告訴女兒。而且慈禧不為同治立嗣，卻讓同治堂弟兼姨表弟載湉繼承皇位，實際上是不為皇后留餘地。皇后只有自盡一條路可走。光緒元年（1875年）二月，同治帝死後75天，皇后阿魯特氏「遽爾崩逝」，年二十二。野史或謂：皇后阿魯特氏懷孕，慈禧恐其生男孩，將來纘承大統，自己不能垂簾聽政，故逼其死。
同治生活放縱，同家庭關係不和諧有關。據說：同治既近女色，或著微服冶遊。有人給他進「小說婬詞，秘戲圖冊，帝益沉迷」。他常到崇文門外的酒肆、戲館、花巷。野史記載：「伶人小六如、春眉，娼小鳳輩，皆邀幸。」又記載同治寵幸太監杜之錫及其姐：「有奄杜之錫者，狀若少女，帝幸之。之錫有姊，固金魚池娼也。更引帝與之狎。由是溺於色，漸致忘返。」據記載：醇親王奕譞曾經泣諫其微服出行，同治質問從哪裡聽來的？醇親王怫然語塞。又召恭親王奕訢，問微行一事是聽何人所言？答：「臣子載澂。」同治微行，沸沸揚揚，既不能輕信說其有，也不能斷然說其無！
同治十三年（1874年）十二月初五日，同治帝崩於皇宮養心殿。同治之死，傳說頗多，主要有死於天花、死於梅毒、死於天花和梅毒三說。
主同治死於天花說。主要是根據歷史檔案和翁同龢日記。翁的日記記載：同治於十月「二十一日，西苑著涼，今日（三十日）發疹」。十一月初二日，「聞傳蟒袍補褂，聖躬有天花之喜」。又記載：「昨日治疹，申刻，始定天花也。」初九日，召見御前大臣時，「氣色皆盛，頭面皆灌漿泡飽滿」。上諭云：「朕於本月遇有天花之喜，經惇親王等合詞籲請靜心調攝」云云。經學者研究清宮歷史醫案《萬歲爺進藥用藥底簿》後認為：同治帝系患天花而死。在同治得了天花以後，太醫公佈病情與藥方，宣佈同治之病為「天花之喜」。慈禧太后暨文武大臣對同治之病，不是積極地尋求新醫藥和新療法，而是依照祖上傳下的規矩，在宮內外進行「供送痘神」的活動，敬請「痘神娘娘」入皇宮養心殿供奉。宮內張掛驅邪紅聯，王公大臣們身穿花衣，按照「前三後四」的說法，要穿7天花衣。同治的「花衣期」延長為「前五後七」，就是可望12天度過危險期。慈禧、慈安兩宮太后，還親自到景山壽皇殿行禮，祈求祖先神靈賜福。內務府行文禮部，諸天眾聖，皆加封賞。一身瘡痍的同治，在皇宮求神祭祖的喧囂中離開了人世。他死在養心殿，這裡恰是他的祖先順治被天花奪去性命的寢殿。《崇陵傳信錄》記載：「惠陵上仙，實系患痘，外傳花柳毒者非也！」近年專家們發現了御醫給同治看病的《脈案》。醫學史專家對相關檔案進行了認真分析，結論是：同治皇帝死於天花。
同治皇帝的惠陵主同治死於梅毒說。也主要是根據歷史檔案和翁同龢日記。野史中也有載述，《清宮遺聞》記載，同治到私娼處，致染梅毒。翁同龢日記云：十一月二十三日，「晤太醫李竹軒、莊某於內務府坐處，據云：脈息皆弱而無力，腰間腫處，兩孔皆流膿，亦流腥水，而根盤甚大，漸流向背，外潰則口甚大，內潰則不可言，意甚為難。」二十八日又記：太醫云：「腰間潰如碗，其口在邊上，揭膏藥則汁如箭激，丑刻如此，卯刻復揭，又流半盅。」二十九日再記：見「御醫為他揭膏藥擠膿，膿已半盅，色白而氣腥，漫腫一片，腰以下皆平，色微紫，看上去病已深。」李慈銘日記也記載：「上旋患癰，項腹皆一，皆膿潰。」但他又說：「宮廷隔絕，其事莫能詳也。」
但清宮史專家指出，清朝的典章制度是非常嚴格的，皇帝私自從紫禁城裡出去尋花問柳，是沒有什麼可能性的。另一種意見卻認為，同治重修圓明園計劃遭百官反對而失敗後，百般無聊，便在太監引導下，微服出宮，尋歡取樂。時外國人可能已知同治帝之病，如美國公使給本國政府的報告說，「同治皇帝病若以西醫及科學方法診治，決無不可醫治之理，決非不治之症。」然而，同治帝是一國之君，太醫開方要經過嚴審，出於為君者諱，是不能公佈病症實情，也不能按病開方，下藥不對症，醫治無療效。
主同治死於天花梅毒說。也主要是根據歷史檔案與文獻資料推斷。御醫診斷同治的症狀是：濕毒乘虛流聚，腰間紅腫潰破，漫流膿水，腿痛盤攣，頭頸、胳膊、膝上發出痘癰腫痛。這種看法是：同治或先患天花未癒而又染上梅毒，或先患梅毒而又染上天花，兩種疾病並發，醫治無效而死。
民間對於同治皇帝死因有種種說法，清朝官方則保持沉默，不予申辯。因此，同治到底是死於什麼病，成了一個歷史疑案。
同治死後，慈安皇太后、慈禧皇太后急召惇親王奕、恭親王奕訢、醇親王奕譞，孚郡王奕譓、惠郡王奕詳，貝勒載治、載澂、公奕謨，御前大臣伯彥訥謨祜、奕劻、景壽，軍機大臣寶鋆、沈桂芬、李鴻藻，內務府大臣英桂、崇綸、魁齡、榮祿、明善、貴寶、文錫，直弘德殿徐桐、翁同龢、王慶祺，南書房黃鈺、潘祖蔭、孫詒經、徐郙、張家驤入，奉懿旨，以醇親王之子載湉——既是同治的堂弟，又是同治的姨表弟，入繼文宗（咸豐），為嗣皇帝。
《清史稿·穆宗本紀》論曰：「沖齡即祚，母后垂簾。國運中興，十年之間，盜賊剷(chǎn)平，中外乂安。非夫宮府一體，將相協和，何以臻茲!」同治年間，機遇難得：內處「太平軍」與「義和團」兩大社會動盪之間，外處英法聯軍與八國聯軍兩次入侵之間。太后垂簾，親王議政，宮府一體，尚能協和，推行新政，有一定成效。
同治壽短病筆，載湉入繼大統，就是光緒皇帝。
載淳個人小檔案
姓名：愛新覺羅·載淳
出生：咸豐六年（1856年）三月二十三日
屬相：龍卒年：同治十三年(1874年)
享年：19歲
謚號：毅皇帝
廟號：穆宗
陵寢：惠陵（清東陵）
父親：奕詝（咸豐）
母親：葉赫那拉氏，後尊為孝欽顯皇后
初婚：16歲結婚，配偶阿魯特氏，配偶：5人，皇后阿魯特氏
子女：無
繼位人：載湉（光緒）
最得意：興辦維新諸事
最失意：父親早故
最不幸：身後皇后自盡
最痛心：無子女
最擅長：戲耍