沈曇慶，吳興武康人，是侍中沈懷文的堂兄。父親沈發，官至員外散騎侍郎，早死，吳興太守王韶之為他撰寫祭文。
沈曇慶最初被徵用為主簿、本州從事、西曹主簿、長沙王劉義欣後軍鎮軍主簿。遇到母親去世，他悲痛萬分，被人們所稱述。縣令諸葛闡之勸他節哀。沈曇慶守孝期滿，再當主簿。劉義欣又請他當鎮軍記室參軍。又出外當餘杭縣令，遷任司徒主簿、江夏王劉義恭的太尉錄事參軍、尚書右丞。當時每年都發生水災和旱災。曇慶打算設立常平倉庫解救人民的疾苦，太祖採納他的建議，但這事最終沒有施行。他又兼領本郡中正職務、少府、揚州治中從事史、始興王劉浚衛軍長史，元兇劉邵殺文帝自立，世祖討伐劉邵，劉邵派沈曇慶到東方招募兵士，安東將軍隨王劉誕把他逮捕到永興縣監獄，不久便被原諒釋放。
世祖即位，任命沈曇慶為東海王劉韋的撫軍長史，又進京當尚書吏部郎、江夏王劉義恭的大司馬府長史、南東海太守、左衛將軍。大明元年(457)，沈曇慶當督徐、兗二州和梁郡諸軍事、輔國將軍、徐州刺史。當時殿中員外將軍裴景仁幫助鎮守彭城，本來是北方來的流民，很熟悉北方事務。沈曇慶叫他撰述《秦記》十卷，敘述苻氏興亡本末故事。這書在社會上流傳。第二年沈曇慶再被徵調為左衛將軍，加官給事中，兼領本州大中正。三年(459)他遷任祠部尚書。當年去世，時年五十七歲。被追贈本來官職。沈曇慶謹慎、踏實、清正廉潔，在任上都有好聲名。他常對兒子弟弟們說：「我處世也沒什麼才能，只管做大老兒子罷了。」世人認為他是一個胸懷寬厚的人。