鄧琬字元琬，豫章郡南昌縣人。他的高祖鄧混，曾祖鄧玄，都當過晉朝尚書吏部郎。他的祖父鄧潛之，官至鎮南將軍長史。父胤之，世祖征虜長史、吏部郎、彭城王劉義康大將軍長史、豫章太守、光祿勳。
鄧琬最開始當本州西曹主簿、南譙王義宣征北行參軍，再轉本府主簿、江州治中從事史。當世祖起義時，任命鄧琬當輔國將軍、南海太守。他又率領部隊至廣州討伐蕭簡，攻打了一年多才攻克。又因為臧質造反、被廣州刺史宗..逮捕，遇到大赦又被釋放。鄧琬的弟弟鄧璩和臧質一同造反，臧質失敗後因隨從他而被殺，另一個弟弟鄧環也因為這被殺。鄧琬因為遠離他們，又加上有功勞，被免除死刑而流放遠方，仍然是停在廣州。好長時間了才得以回到內地，被任命為給事中、尚書庫部郎、都水使者、丹陽郡丞、本州大中正。大明七年(463)，皇上巡視歷陽、追念做藩王時的故舊功臣，下詔書說：「前光祿勳，前征虜長史鄧胤之器局深沉，長期任職，成績卓著。我當年作藩鎮長官時，他最先輔佐我，心性忠誠，竭力效誠，我一直不能忘記，往年他的兒子鄧璩凶狂，自取滅亡。但鄧胤之的功勳應該讓他的兒子鄧琬繼承，現在特別免除鄧琬的死罪。可以升為給事黃門侍郎，以表彰鄧胤之的忠誠。」
明年(464)，鄧琬出外當晉安王劉子勳鎮軍長史、尋陽內史、代管江州事務。前廢帝瘋狂沒人性，他認為太祖文帝、世祖孝武帝都是因為在兄弟輩中排行第三而當上皇帝，子勳在兄弟中也是排行第三，便深深懷疑他而把他當成有威脅的人，用何邁的計策，於是派人帶毒藥賜劉子勳自殺。使者到了以後，劉子勳的典簽謝道遇、齋帥潘欣之、侍書褚靈嗣等用驛馬使者告訴鄧琬這個消息，並哭著請他想法子。鄧琬說：「我本來是南方寒族，承蒙先帝的特別厚恩，把他的愛子托附給我，我怎能顧惜家門一百多人的性命？應該用死來報答先帝的厚恩。幼主昏庸殘暴，國家危險萬分，他名義上為天子，實際上獨夫一個。我們現在應該指揮文武將吏，直接進到京城、和眾公卿大臣，一同除去昏君，擁立明君。」景和元年(465)十一月十九日，他宣佈子勳的命令。當天便戒嚴。劉子勳穿著軍裝出外傾聽意見、招集部眾，叫潘欣之以口頭宣佈命令說：「少主昏亂暴虐、都是先生們親眼得見的，被先帝顧托的大臣都被他殺死。他驅逐逼迫伯侯公卿，幽閉侮辱太后，和一些殘酷的人，共同製造這些罪惡，呆在京城中的親王們，都被關起來，等於落入虎口，想方設法但無法逃脫。我本人一則是皇室親戚，再則是先皇的兒子，怎麼能坐觀禍亂的發生！現在便想集中九州的人馬，寫文告給遠近各州，一同為國家出力，諸位先生認為應怎麼樣？」面前的人還未回答，錄事參軍陶亮說：「少主昏亂發瘋，罪惡滔天，伊尹、霍光在古代曾經廢除過這種昏君，殿下今天也應該這樣做，本州的士大夫，世世代代力行忠誠道義，況且正遇目前這千載難適的機會，我們請求為殿下效勞，作先鋒前行。」其餘官員都願聽從。文武官員都被晉爵加級。劉子勳轉陶亮為諮議參軍事、並任中軍參軍，加號寧朔將軍，總管軍務。功曹張沈當諮議參軍，統管水軍，參軍事顧昭之、沈伯玉、荀道林等參管書記。南陽太守沈懷寶、岷山太守薛常寶赴郡上任，剛到尋陽，便與新蔡太守韋希直同時被任命為諮議參軍，兼任中軍參軍，彭澤縣令陳紹宗等人當將領。
當初，廢帝叫荊州逮捕綁送前軍長史，荊州行事張悅東行到盆口城時，鄧琬用劉子勳的命令，打開他的枷鎖，用自己坐的車歡迎他，讓他當司馬，加官征虜將軍，加官鄧琬冠軍將軍，他們二人共同掌管內外所有的事務。他們派將軍俞伯奇率領五百人出外截斷大雷、不許商人旅客過往和公家民間的書信事務的進行。又派人統計屬下各郡的人民戶口，收集武器，十天之內，便得到全副武裝的士兵五千人，前進駐紮大雷，在附近兩岸建築堡壘，巴東建平二郡太守孫沖之到郡上任，剛到獨石，鄧琬讓孫沖之當劉子勳的諮議參軍，兼中軍參軍，加號輔國將軍，和陶亮共同統率前鋒軍隊。叫記室參軍苟道林寫出檄文，迅速告知遠近各州。
恰遇太宗平定亂子，增加劉子勳位號為車騎將軍，開府儀同三司。朝廷的任命剛到，江州將吏都很高興，他們對鄧琬說：「暴亂既然被消除，殿下又可以設立黃閣當宰相，確實是公傢俬家的大喜事。」鄧琬認為劉子勳在兄弟中排行老三，在尋陽的起義活動，和世祖登上皇位情況相同，理所當然一定要成功的。於是把朝廷來的信甩在地上說：「殿下應當建立政權，設置黃閣機構那是我們這些助手的事。」眾人聽了無不震驚。鄧琬和陶亮等修理整頓武器，向其他各州徵兵。郢州刺史安陸王子綏、荊州刺史臨海王子頊、會稽太守臨海王劉子房、雍州刺史沈文秀、冀州刺史崔道固、湘州行事何慧文、吳郡太守顧琛、吳興太守王曇生、晉陵太守袁標、義興太守劉延熙等人同時叛亂。
此前，廢帝用邵陵王劉子元當冠軍將軍、湘州刺史中軍參軍沈仲玉當道路行事，走到鵲頭，聽說尋陽正舉行大事，便停在那裡，啟告太宗該怎麼辦。太宗認為子勳他們起兵目的是為了消滅廢帝，雖然猜疑他們沒有放下武器，但並不想首先表示和他們立場不同，叫沈仲玉繼續前進上路，太宗的書信還未到達，鄧琬聽說劉子元停在鵲頭沒有前進，便派幾百人截住他並把他接到尋陽，於是在象尾建立軍府，下了一道給朝廷的檄文，文章說：
群龍無首，天下大亂，風起雲湧，太祖武皇帝撥亂反正，建立宋王朝，但在位時間不長。太祖文帝繼承武帝的大業，四海安定，人民幸福，政治清明，禮法齊備，不幸中年遇禍。劉邵劉誕兩個凶賊犯下了滔天大罪，殺君自立，喪盡天良，親王們被迫屈從，沒聽說有立志復仇的，只是投降奸賊而得富貴，孝武皇帝不顧自己的安危，堅決復仇，率義兵進入京城討伐叛賊，親自殺掉了兩個凶賊，九州重新安定，秩序重行恢復。但老天爺連續降禍，孝武帝不幸逝世，皇室的命運又一次改換，新君繼位，但荒婬殘暴。我沒有很高的才能，但身負藩王的重任，深深地擔心國家的安危，可能會在一個暴君的統治下時刻被滅亡。所以在荊楚招聚英雄豪傑，傳檄文告給京城，堅決遵循古人的明確教訓，廢去昏君擁立明主，為的是使我們皇室七代祖廟重新安定，朝廷有賢明的繼承人，怎麼會想到本朝的運道還要繼續亂下去？殺皇帝的大亂接連出現，以至假借號令，殘害賢臣，湘東王自立為皇帝，反而比先前的暴君更加兇惡，蔑視我們皇室的規矩，打亂我們皇室的繼承秩序，殺我們的親王兄弟，顯出豺狼般的舉動，做出趙王司馬倫、河間王司馬穎的叛逆舉動。強奪我們的皇位，誣害上天和人民。不管怎麼說，我的親王兄弟們，還有十三個存在，老天有什麼理，怎麼讓我們家不能祭祀先人？
當年強大的周朝政治開始削弱時，晉國鄭國諸侯得以效忠；興旺的漢朝中間曾受破壞，劉氏兄弟努力抗爭，這些皇帝的枝葉遠宗能夠忘記自身的災亂，況我是皇帝的兒子，少帝的兄弟，以情以義都該勤王，因此在本州號召眾人為國家復仇，所以泣血發誓，一定要恢復朝廷和先人的祭祀。現在派輔國將軍諮議參軍兼中直兵孫沖之、龍驤將軍陳紹宗，率領老虎般的猛士，聚合二萬兵士，沿江迅速出發，直抵白下城。龍驤將軍兼領中直兵薛常寶、建威將軍中直兵沈懷寶，率領手持方天畫戟的兵士、輕騎千人，直接從南州出兵，直抵朱雀橋。寧朔將軍諮議兼領中直兵陶亮、龍驤將軍焦度，率步兵三萬，沿長江江岸迅速攻打石頭城，建威將軍張冽、龍驤將軍何休明，率勇士越過金陵；向東指向蘇州。龍驤將軍張系伯、龍驤將軍陳慶，率先鋒五千，弓箭手一萬，從班瀆出發，在西明會合，冠軍將軍、尋陽內史鄧琬，率湘州、雍州勇士四萬人總統各路會集京師。征虜將軍兼領本府司馬張悅，統率戰艦一千艘，水軍五萬，在後面接應前面的部隊，冠軍將軍豫章內史劉衍，寧朔將軍武昌太守劉弼、寧朔將軍西陽太守謝稚，建威將軍兼中直兵晉熙太守閻湛之，都聚集本郡，為本府效勞。後將軍、郢州刺史安陸王子綏對我推戴備至，士兵早已訓練齊整。冠軍將軍、湘州刺史邵陵王劉子元沿江而下，率領部隊迅速到來。前將軍、荊州刺史臨海王劉子頊在陝西整練精兵，願意出動數萬增援我們，輔國將軍、冠軍長史，長沙內史何慧文，受先帝提拔，忠誠效力。冠軍將軍、雍州刺史袁青，不謀而合從漢南出發。建威將軍、順陽太守劉道憲，心懷忠義，出兵三千支援。梁州、益州、青州、徐州、豫州、吳郡、會稽郡，都派使者報信，願意效忠，發誓一起行動，內外相應。我親率十萬大軍沿途東進。我軍的隊伍充滿山川，我軍的武器照亮了原野，軍鼓震撼了大地，吼聲驚動了蒼天。所有各個將領，都忠誠守分，智謀百出，果斷英勇，謀略變化無方。我軍水陸並進，數路長驅，兵艦越過險阻，士兵日夜爭先。用這個隊伍進攻，誰能抵擋？用這個隊伍起事，蒼海可填。
朝中諸位先生或者在先朝蒙受先帝提拔，感激先帝厚恩；或者世代忠良，看見國家的危險便踴躍奮爭。但是現在被人脅迫，無路效忠。我軍四面密佈，形勢喜人，先生們因勢而起，不需要觀望了。應該轉禍為福，相機而動，當年周公召公和三叛在同時代，金日石單與霍光和上官桀共同侍候一個皇帝，邪人正人混在一起，哪一代沒有！但是做了正義的事業便名播四海，惡人當道則正義被壓。你們應當學習紀季進入齊國、陳平投身漢朝的榜樣，那樣便能安全獲得保障，名譽得以保護。你們明智地選擇好的榜樣，不要學壞例子。如果心想投機，或左右兩投，那麼將會五族誅滅，格殺不論。我軍的賞罰明如日月。巫山已燃燒，荊棘和艾草同時被毀。我希望你們選擇光明的道路，不要走上毀滅的歧途。檄文傳到你那裡，各人迅速的明白這些意識。
劉子勳同時下令：能殺太宗的人封萬戶侯，布絹二萬匹，金銀五百斤，其餘各個等級都有賞賜。
太宗派荊州典簽邵宰通過驛站回到江陵，經過襄陽時，袁青派他給鄧琬帶信，勸說鄧琬不要解除武裝，且上表勸劉子勳做皇帝。郢州接受尋陽開始的檄文，後又聽說太宗即位，便解除武裝，放下武器。再又聽說尋陽繼續戒嚴，因而袁青又響應。郢州州府行事錄事參軍荀卞之非常害怕，擔心被鄧琬所指責，馬上派諮議兼領中兵參軍鄭景玄帶領軍隊迅速東下，同時也運送軍糧。鄧琬於是稱說吉祥瑞氣，趕造皇帝坐的車子和穿的衣服，說什麼松滋縣豹子自動歸來，柴桑縣送的竹子有「來奉天子」的字，又說青龍出現在東淮河中，百鹿被發現在西崗。又叫顧昭之寫成《瑞命記》。建立宋廟，設立壇場，假傳崇憲太后玉璽的命令，叫各個郎將吏士上表勸子勳做皇帝。泰始二年正月七日，在尋陽城即位，改景和二年為義嘉九年。讓安陸王劉子綏當司徒、驃騎將軍、揚州刺史、尋陽王子房當車騎將軍，臨海王劉子頊為衛將軍，他們同時都是開府儀同三司。以邵陵王劉子元當撫軍將軍。當日烏雲滿天，細雨蒙蒙，行登位禮時忘掉了稱呼萬歲。又改造劉子勳以前坐的車子，把其中的車輪去掉，變成新的輦車(皇帝坐的車子)，輦車被放在劉子勳新起的宮殿西邊，當天傍晚，有些鳩鳥在裡面棲息，在車簾上棲息的是號鳥鳥，此外還有一些禿鷹歇在城牆上面(這些都是不祥之兆)。劉子綏拜官司徒的那一天，烏雲蔽日，雷電交加，霹雷把他住的黃閣柱子也震動了，黃閣的房頂掉在地上。另外有鴟鳥棲息在他帳子上(也是不吉之兆)。劉子勳以鄧琬當左將軍、尚書右僕射，張悅為領軍將軍、吏部尚書，征虜將軍的官職還是照舊。升袁青官職為安北將軍，另加尚書左僕射。臨川內史張淹當侍中。江州府的主簿顧昭之，武昌郡太守劉弼同時當黃門侍郎。鄱陽內史丘景先、廬陵內史殷損、西陽太守謝稚、後軍府記室參軍孫詵、長沙內史孔靈產、參軍事沈伯玉、荀道林都當中書侍郎、荀卞之當尚書右丞、府中主簿江義當尚書右丞、本府主簿蕭寶欣當通直郎。鄧琬大兒鄧粹、張悅的兒子張洵都當員外郎。鄧粹還兼任衛尉。張洵的弟弟張冽當司徒府主簿，建武將軍，領軍主、晉熙太守閻湛之加官寧朔將軍。廬陵內史王僧胤當秘書丞。桂陽太守劉卷當尚書殿中郎。褚靈嗣、潘欣之、沈光祖當中書通事舍人。其餘各個州郡官吏，都加官晉爵。
鄧琬本性庸俗愚蠢，貪得無厭，對於金錢財物喝酒吃飯，都親自管理。到此時，他的父子兄弟都競相賣官鬻爵，叫奴僕們到集市上販賣財物。另外他們又唱歌跳舞賭博下棋，日夜相繼。另外他又妄自尊大，以為自己了不得，有來訪問他的手下客人，有等上七天不能見到他的，大小事務他全部委託給褚靈嗣他們三個人，這些小人們橫行霸道，作威作福。普通士人和百姓無不氣憤，這樣從內到外已呈現分裂的態勢。
太宗派散騎常侍、領軍將軍王玄謨帶領水軍南向討伐，吳興太守張永在後面增援，又派寧朔將軍尋陽內史沈欣之，寧朔將軍江方興，龍驤將軍劉靈遺帶兵駐守在虎檻，當時，東方叛軍勢頭正猛，張永江方興只得回過頭來到東方討伐，尚書部下了一道詔書說：
治亂循環，善惡交替，大宋王朝的基業，將永遠長存。先帝們留下的事業，再次發揚光大。但是昏亂的廢帝曾繼承皇位，國家的綱常混亂了。他給人民帶來了巨大的禍害，犯下了滔天的罪惡。士大夫官員有的被屠殺，老百姓身陷於水深火熱之中，人和神同時憤怒，朝廷和民間同時哭泣。當今皇上英明賢聖，應天順人，心懷國家，日夜憂慮，擔心朝廷被毀滅，人倫被破壞，漢族被壓迫。突發神威，把一切災難消除，在譙門殺掉夏桀般的暴君而不需要鳴條那樣的戰爭，消滅商紂那樣的惡人而不需孟津那樣的出動大軍。中華民族得以安寧，日月重現光明，嘹亮的歌聲重新在管絃樂器中發出，龍鳳雕飾再次在帽子上呈現，普天同慶，萬國歸誠，劉子勳在亂世起兵，是一種罪惡行動。在太平時代窮兵黷武，則是不識好歹，窺探皇室寶座，逼迫兩江人民，欺騙皇上，壓迫士人，遠近已經看得清清楚楚了。皇上赫然憤怒，準備討伐叛逆，叫將帥們整訓軍隊討伐反賊。
現在派寧朔將軍，尋陽內史沈攸之，帶領七千精兵首先乘船前進。龍驤將軍劉靈遺帶領勇猛的羽林禁軍，迅速前進，假節、統率南伐的前鋒諸軍事、冠軍將軍、兗州刺史殷孝祖，率領中原勁兵，迅猛前行。使持節、車騎將軍、江州刺史曲江縣開國侯王玄謨率軍五萬，作前面各軍統帥。使持節、侍中、司徒、揚州刺史建安王劉休仁，統率朝廷各路大軍作為討伐元帥。龍驤將軍劉面力，寧朔將軍劉懷珍，帶步兵和騎兵五千，直接攻向敵人大雷戍城。寧朔將軍柳倫、司州刺史龐孟糾率領淮河穎河流域一帶的快速騎兵，從側翼迂迴攻擊西陽，使持節、驃騎大將軍、豫州刺史山陽王休..統率步兵百萬，坐著河上的大船，以及驃悍的代州駿馬在江邊巡邏，手持銳利的武器在京城一帶守衛。真是軍鼓撼動天地，金戈響達雲霄。我軍相互配合，水陸並進。冠軍將軍武念，則帶領雍州司州的精兵先期佔據樊漢地區。徐州刺史申令孫，帶著彭城宋國一帶勇士也準備上路。皇上一定會親自駕臨六軍，在江上指揮，我軍旌旗蔽日，船艦填滿蒼海，必將百戰百勝。
當年西漢時，吳楚連橫造反。燕王淮南王的勁兵騷擾朝廷時，真可謂聲震關中，但結果卻如同大霧見日即散，塵土見風自消自滅，這難道不是最好的例子嗎？而今天你們竟然守著一個小小的尋陽城，等待朝廷的討伐，驅逐一些烏合之眾抗衡全國的軍隊。一旦我軍包圍你們，向你們發動進攻，好比是疾風吹蓑草，烈火燒草原，你們將被徹底消滅，這是顯而易見的。皇上同情各位將吏，哀痛我們的人民，有什麼罪過，卻被凶黨貽誤。所以宣示遠近，叫你們重開改過自新的道路。如果執迷不悟，抗拒朝廷權威，必然招致玉石俱焚的不幸結局，那時便悔之已晚。詔書說四個造反的親王年齡尚小，不幸陷入災禍中，兩軍交戰的時候不准亂加傷害，他們如果有半點損傷，必然要嚴懲不貸。對方起事的一些主帥們，你們應該好好地保護親王們，你們過去的失誤都不再追究，如果你們迷途知返的話。
鄧琬派孫沖之率領陳紹宗胡天秀薛常寶張繼伯焦度等先鋒兵一萬，佔據赭圻。孫沖之在路上給劉子勳寫信說：「舟船已辦好了，武器也準備好了，三軍踴躍振奮，人人競相效命，我們準備沿江東進，直搗白下戍城，希望早點派陶亮等參軍迅速接應我們，分別佔據新亭、南州，則能平定局勢。」於是劉子勳給孫沖之加官衛將軍，陶亮等右衛將軍率領軍隊同時東下。郢州司馬鄭景玄、荊州司馬劉亮、湘州司馬何昌、梁州司馬柳登、雍州司馬宗庶等集合二萬人也一同東下。陶亮本來沒什麼本事，聽說建安王休仁等親自前來，殷孝祖又準備到來，不敢前進，只好駐軍鵲洲。
當時鄧琬派閻湛之前來侵犯廬江，台城將領龍驤將軍殷佛榮接受命令討伐閻湛之，另外又派殷佛榮率領鐵騎一千，回過來向南討伐。三月三日，在水路旱路同時進攻赭圻，陶亮等人率領各軍前來援救，戰鬥中殷孝祖被流矢射中而死，將軍朱輔之、申謙之、張靈符都失敗了。朱輔之的副將正員將軍皇甫仲遠、申謙之副將虎賁中郎將徐稚賓都戰死了，殷孝祖的支軍將領范潛帶領手下五百人向陶亮投降。當時討伐東方叛軍的朝廷軍隊已獲得了勝利，江方興重新回到虎檻，建安王劉休仁派江方興、劉靈遺各帶三千人幫助守衛赫圻，叫江方興統領殷孝祖的軍隊。沈攸之代替殷孝祖作前鋒都督，孫沖之對陶亮說：「殷孝祖是一員驍將，剛一交戰便被我們打死。天下大事已經定了一大半，不必再打，只需直取新城。」陶亮不同意孫的意見。太宗此時派員外散騎侍郎王道隆到赭圻督戰。孝祖死的第二天，建安王劉休仁派將軍郭秀之率騎兵三千接受沈攸之指揮。沈攸之於是帶郭秀之和輔國將軍步兵校尉杜幼文、寧朔將軍屯騎校尉垣恭祖、龍驤將軍朱輔之、元外散騎侍郎高遵世、馬軍隊長龍驤將軍頓生和殷佛榮等三萬人，在凌晨前攻擊敵軍，朝廷軍隊猛烈攻擊，大敗西軍，殺掉幾千西方士兵，一直追到姥山才退回，孫沖之等人在湖、白口築的兩個小城，也被將軍張興世攻下。陶亮聽說湖、白二城陷落，非常害怕，連忙呼叫，孫沖之回到鵲尾，留下薛常寶，代替孫沖之守赭圻。西軍首先在姥山和各山崗分立的營寨也各自敗回，共同佔據濃湖，濃湖城正是建在鵲尾這地方。
此時戰爭正劇烈進行，朝廷貨用不足，勸老百姓每家上交二百斛米、五萬錢、雜谷五百斛，同時賞賜荒遠縣令官；上等白米三百斛，八萬錢雜谷一千斛的，同時賞賜五品的正令史官員，如果達到上述要求，想留在家裡享受一個四品官的待遇也可以；上交四百斛米、十萬錢、雜谷一千三百斛的賞賜四品令史官職，滿了，可以在家享受三品官的待遇；上交大米五百斛、十五萬錢、雜谷一千五百斛，賞賜三品令史官職，如果滿數了，在家裡享受監守待遇也可以；上交七百斛米、二十萬錢、雜谷二千斛賞賜荒郡太守官職，如果想在家裡享受親王尚書令官待遇也可以。
鄧琬又派輔國將軍豫州刺史劉胡率領二萬人馬，精銳騎兵二千，前來駐紮鵲尾，劉胡是一位老將，多次立戰功，一貫奸猾有些計謀，被眾人推戴，沈攸之等人有些怕他，當時劉胡的老同鄉蔡那，佼長生，張敬兒，都帶兵隸屬沈攸之，正在赭圻。劉胡寫信招降他們，蔡那等人都拒絕了，劉胡又請蔡那等人對話，說過去的舊事。蔡那等人質問他，叫劉胡歸順朝廷。劉胡便回軍進駐鵲尾，也沒有獻出什麼謀略。輔國將軍吳喜平定三吳後，率領他手下五千人，同時運物資，抵達赭圻，在戰烏山建堡壘，又分派一千人，乘小船兩百，和佼長生在一起作為游擊部隊。
薛常寶糧食吃完了，請求劉胡增援。三月二十九日，劉胡率領步兵一萬，半夜鑿山開路用布袋運米，前來增援赭圻的薛軍。早晨到赭圻城下，還隔著小城濠，不能運進去。沈攸之這時連忙帶領各路軍隊進攻敵軍，隊長郭宗之、荀僧韶、隊長韓欣委等人率兵三千，作為沈攸之的援兵。劉胡打開通城吊橋，荀僧韶等手持盾牌上前猛擊，使吊橋重新斷毀。軍帥劉沙彌率輕軍深入敵陣，進到劉胡面前，被劉胡部下殺了。沈攸之驅馬攻入敵陣，回來時，被敵人追擊騎兵刺中騎兵軍帥殷佛榮，武保救助他回來。朝廷軍仍繼續猛烈進攻。殺傷敵人很多。劉胡的人馬大敗，於是丟下糧食和甲兵，沿山逃跑，沈攸之等乘勝追擊，又殺了很多敵人，劉胡也受了傷。勉強回到軍營。薛常寶恐懼得手足無措，又派人告訴劉胡，想突圍逃回去。四月四日，劉胡又親自率幾千人迎接薛常寶，薛常寶等人開城突圍逃跑。沈攸之率輔國將軍沈懷明、隊長周普孫、江方興、申謙之等又合力進攻劉胡等，吳喜也接著率兵支援。吳喜被劉胡軍包圍非常著急，有人前來牽捉吳喜的坐騎，他的手下蔡保用刀砍那人，斷了那人的手，然後才逃出，正員將軍隊長卜伯宗，江夏國侍郎隊長張渙，奮戰殉國，卜伯宗即益州刺史卜天與的兒子。沈攸之、吳喜等人大戰一整天。薛常寶、張繼伯、胡靈秀、焦度等都受了重傷，逃回大營，赭圻陷落。偽寧朔將軍南陽太守沈懷寶，偽奉朝請兼中書舍人督戰謝道遇被斬首，另外俘虜敵軍幾千人。陳紹生坐一小船逃到西岸，他的部眾都逃到鵲尾。建安王劉休仁從虎檻前往進駐赭圻。劉胡派陳紹宗、陳慶率領輕艦小船二百，大船五十艘，到鵲尾州之外挑戰，吳喜、張興世、佼長生等人進攻劉胡。吳喜部下軍帥吳獻之飛艦衝擊，所向披靡，無數敵人被斬首擒獲，另外有些投水而死，一直追擊到鵲尾州上才回來。太宗擔心劉胡等人也許會從陸路迂迴京師，派寧朔將軍、廣德令王蘊帶一千人防守魯頭。
當時劉胡兵眾強盛，朝廷內外非常擔心，太宗想安定人心，派吏部尚書褚淵到虎檻選用將帥以下人物作朝廷官吏。申謙之、杜幼文用這機會請求做黃門郎，沈懷明，劉亮請求做中書郎，建安王劉休仁叫褚淵接受將帥的要求，太宗不允許。他說：「忠臣為國而死，不要求報答，在困難中要挾朝廷，難道是做臣子的道德嗎？」
始安內史王職之，建安內史趙道生，安成太守劉襲都在本郡宣佈歸順朝廷，鄧琬於是派龍驤將軍廖琰率領幾千人，同時徵集廬陵百姓進攻劉襲。劉襲和郡丞檀玢進行抵抗，但徹底失敗。檀玢在戰鬥中被殺，劉襲丟下郡務逃跑，只好佔據險要防守而已。廖琰搶掠一番便回來了，劉襲再次出來，佔據本郡。
當時齊王蕭道成正率軍在北方討伐敵人。齊王世子蕭賾正當南康郡贛縣縣令，鄧琬派人逮捕蕭賾，蕭賾的心腹蕭欣祖、桓康等數十人，帶蕭賾的長子逃竄在山林中，招募得一百多人，攻打郡城救出蕭賾，蕭賾自稱寧朔將軍。南康相沈肅之、前南海太守何曇直、晉康太守劉紹祖、北地人傅浩、東莞人童禽等人，在本郡宣佈起義，鄧琬徵調始興相殷孚當御史中丞，同時叫他帶領本郡人前來赴援，殷孚人馬很多，蕭賾在揭陽山避開殷孚。鄧琬派武昌人戴凱之當南康相，蕭賾率兵進攻他，戴覬之戰敗逃跑。蕭賾派隊長檀文起帶一千人到西邊防守西昌、和劉襲相互響應，鄧琬又派廖琰和他的中兵參軍胡昭等人在西昌建立堡壘，守在堡中伺機攻擊。鄧琬又調豫章太守劉衍當右將軍、中護軍，殷孚代他當豫章太守，統率上游五郡軍事，以防衛劉襲等人。
衡陽內史王應之率領郡中文武官兵五百人起義襲擊在長沙的何慧文，直抵城下。何慧文率領左右出城抵抗，王應之奮勇拚殺，殺死好幾千人，於是和何慧文對面接戰，他砍了何慧文八道傷口，何慧文把他的雙腳砍斷，於是殺了他。當時湘東國的侍郎虞洽為太宗收租稅，在湘東勸太守顏躍起兵響應朝廷，顏躍不同意，虞洽於是投奔桂陽招募好幾百人。回來攻打顏躍，顏躍害怕，只好求和，虞洽同意了他，於是虞洽有二千部眾。當時鄧琬調何慧文帶兵東進尋陽。從長沙出發，已走了幾百里，聽說虞洽起兵，於是回師攻打虞洽，虞洽等不久便戰敗逃跑。
殷孚離開始興後，讓郡中五官椽譚伯初留下來管理郡中事務。當地人劉嗣祖等人殺掉譚伯初佔據此郡宣佈起義。鄧琬派始興太守韋希真、鷹揚將軍楊弘之率兵一千討伐劉嗣祖，劉嗣祖另派部分兵力出行南康和蕭賾匯合。韋希真等人認為起義人馬很多，駐在廬陵不敢前進。廣州刺史袁曇遠聽說始興起義，派手下將領李萬周陳伯紹率兵進攻劉嗣祖，劉嗣祖派兵戍守..陽，李萬周也立堡壘互相對峙。劉嗣祖派人騙李萬周說：「尋陽已被平定，朝廷派劉面力當廣州刺史，將要到了。」李萬周信以為真，於是回過頭來襲擊番禺城，半夜時用長梯進城，袁曇遠膽怯無防衛，聽說李萬周反了自己，於是當日出逃，李萬周在城中追上他並將他殺掉，交州刺史檀翼被人代替回到廣州，家財仍以巨萬計。李萬周誣陷他造反，襲殺了他。於是他搶掠公家私人很多金錢布帛，繳獲袁檀的珍寶，都收入自己腰包。
袁青調集雍州所有的兵士，東下趕赴尋陽城，當時孔道存當衛軍長史，代管荊州事務，鄧琬以黃門侍郎劉道憲代替他，讓孔道存當侍中，代管雍州事務。當初柳元景被殺時，柳元景弟弟的兒子柳世隆當上庸太守，百姓和官員們共同把柳世隆藏起來。袁青起兵，召見柳世隆，柳世隆沒有應命。袁青既然東下，柳世隆於是糾集當地守人二千多在上庸起義，前來襲擊襄陽，孔道存派將王式民、康元隆等人在萬山追擊，柳世隆大敗，回到本郡繼續防守。
沈攸之等人和劉胡長時間相互對峙，但還是沒有決出勝負。太宗又派強弩將軍任農夫、振武將軍武會倉、冗從僕射全景文、軍帥劉伯符等帶兵來援。沈攸之修造船艦，材料不足，想不出辦法。恰遇鄧琬送五千片大木頭供應劉胡。不料大風突起，江潮奔湧，大木頭突破柵欄流出江外，劉胡等看著沒有辦法。木頭把劉胡的那些船撞壞了很多，撞死十人。這些木頭沿流而下，正好停在沈攸之等人的營地附近，於是材料充足。
鄧琬任袁豈頁為都督征討諸軍事，並賞給袁青鼓吹一套，六月十八日，袁豈頁率領樓船一千艘，前來駐進鵲尾，張興世建議越過鵲尾上據錢溪斷絕敵人糧道。劉胡屢次進攻錢溪，都不能攻克，這事請看《張興世傳》，劉亮率他的部隊到劉胡營下面，劉胡派他的副將孫犀和張靈、焦度帶鐵騎五十匹，越過澗中捉拿劉亮，沒有成功，孫犀只好打馬回去，劉亮叫左右會射箭的人夾著射擊他們，孫犀掉下馬來，朝廷兵士砍下孫犀的腦袋，張繼伯副將率領部隊前來投降。劉亮的營寨，深入敵人腹部中間。袁豈頁非常害怕，說：「敵人進入我們的肝臟中，怎麼能活下去？」劉胡率領輕快小艦四百艘，由鵲頭內路，準備攻打錢溪，不久對他的長史王念叔說：「我自小便熟習步兵作戰，不會水上打鬥，如果是步戰的話，常常輕易組織以幾萬人協同作戰，水戰則在一船之上，艦船各行其道，不再相互聯繫，最多三十人一同作戰，這不是萬全計策，我不幹。」於是托名得了虐疾，住在鵲頭不出擊，只派龍驤將軍陳慶率領三百艘船向錢溪行進，告誡陳慶不用進攻，張興世、武會倉我很熟悉，自然是會逃跑的。陳慶到錢溪，不敢進攻，只好越過錢溪，在梅根建立營寨，劉胡另派王起帶百艘小船攻打張興世，張興世反擊並大敗他，劉胡率領剩餘船艦回來，對袁青說：「張興世營寨已穩固了，不能一下攻克，昨天的戰鬥，談不上損失，陳慶已和南陵、大雷各路軍隊共同截斷他的上游，我們大軍在此地，鵲頭各將又截斷他的下流，張興世已落入我們的包圍之中，不需再擔心。」袁豈頁恨劉胡不進攻，對劉胡說：「糧道阻塞，那怎麼辦？」劉胡說：「他們能逆流越過我們在上游紮營，我們為什麼不能沿流而下在他們下面紮營呢？」袁豈頁又派劉胡率領步兵二萬，鐵騎一千，前往進攻張興世，劉休仁於是命令沈攸之、吳喜、佼長生、劉靈遣、劉伯符等人進攻濃湖，造皮艦十艘，毀掉敵人柵欄，苦戰一天，大敗袁豈頁軍隊，袁豈頁被攻得緊急，派人請劉胡回來。
張興世既然佔據錢溪，江路斷絕，劉胡的部下開始沒有飯吃，鄧琬大量地運送軍糧，但害怕張興世而不敢東下，劉胡派他的將領迎接，又被錢溪的張軍打敗，軍糧覆沒乾淨，三十萬斛大米被燒，劉胡的部眾非常惶恐，劉胡副將張喜前來投降，說劉胡想叛變。八月二十四日，劉胡騙袁豈頁說：「我再率二萬步騎兵，沿江而上進攻張興世，同時運下大雷的餘糧。」叫袁豈頁把全部的馬匹給他，當天夜裡便丟下袁豈頁逃跑，奔向梅林，先叫薛常寶準備船艦，同時撥出南陵各路軍隊，燒掉大雷諸城而逃。袁豈頁聽說劉胡逃走，也丟下部隊而逃，到青林時被殺。
劉胡率幾百艘軍艦二萬人逃向尋陽，騙劉子勳說：「袁豈頁已投降，軍隊都逃散了，只有我率部下逃回，應該迅速準備，以備一戰，誓死不降。」於是在當夜直接逃向漢口。鄧琬聽說劉胡逃走，惶恐得無計可施，叫褚靈嗣等前來商討，都無計可施，這些人只是說再召集兵力，每人加賞五級，也有說只加三級的。張悅這時才辦侄兒張治的喪事，又傳稱叫鄧琬商量大事。叫左右的人在布帳後面埋伏，告訴他們：「你們如果聽我要酒，便出來。」鄧琬到後，張悅說：「你最先主張造反，但現在情況不妙，我們將想想什麼辦法？」鄧琬說：「只有將晉安王斬首，封存府中金銀，向皇上謝罪而已。」張悅說：「今天怎麼能出賣殿下求生呢？」於是喊要酒，第二次呼叫時，張悅左右的人害怕而不敢響應，他的第二個兒子張洵提刀走出來，其餘的人也跟著出來，便殺了鄧琬。鄧琬死的時候，六十歲，當時中護軍劉衍在座上，驚起抱住張悅，張左右的人也想殺掉他，張悅回頭說：「不關護軍的事。」於是沒有殺。
潘欣之聽說鄧琬死了，帶兵來了。張悅叫人告訴他說：「鄧琬謀反，已被殺了。」潘欣之於是返回，捉住鄧琬的兒子們都殺掉。張悅於是裝好鄧琬的腦袋駕著一葉小船馳下，到建安王劉休仁那裡投降。蔡那的兒子蔡道淵因為自己的父親為太宗效力，被關在作部，趁亂中打開枷鎖進入尋陽，逮住劉子勳關起來。沈攸之等部隊到江州，在桑尾屋下將劉子勳斬首，在京師傳觀他的腦袋。劉衍和其餘同時造反的都被殺掉。吳喜張興世前進到荊州，沈懷明到郢州，劉亮、張敬兒到雍州，孫超之到湘州，任農夫到豫章。他們到後都平定了叛亂。
劉胡逃到漢江流域，等到了石城，只剩下幾個騎兵。竟陵郡丞陳懷真是陳憲的兒子，聽說劉胡經過，率領幾十人截斷劉胡逃的去路而追擊他，劉胡一路人馬已很疲倦，自知活不成，於是隨同陳懷真進城，說他很渴，陳給他酒，劉胡喝酒完了，抽出佩刀自殺，沒有殺死，被斬首送往東城，張興世的弟弟張僧產追擊劉胡，還未到石城，恰逢送劉胡腦袋的人，他便帶回竟陵城，殺了陳懷真，竊據這個功勞。郢州行事張沈、偽竟陵太守丘景聽先說他們失敗了，扮成和尚逃走，被追上殺掉。
荊州人聽說濃湖平定，商議再派部隊和郢州匯合，又想截斷東路佔據巴陵。幾天不能決定下來，於是派將領趙道始在江津修築堡壘，任演戍守沙橋。各關門津要都有守兵。但叛軍的人心已離散，將士紛紛逃跑，他們又商量擁著劉子頊跑到益州，乞求蕭惠開門保護，典簽道預、邵宰覺得不妥，說：「近來接到詔書的各藩鎮如果能改正錯誤，歸順朝廷的，全部恢復本來爵位，況且任叔兒已截斷白帝城，楊僧嗣據有梁州，即使想逃到西方，又怎麼到得了。」阮道預、邵宰便和劉道憲解散民丁，派人謝罪，荊州治中宗景、士人姚儉等率兵入城，殺掉劉道憲、阮道預和記室參軍鮑照，搶掠府庫，沒一點剩下的，捉住劉子頊投降。
當初，鄧琬向巴東調兵，巴東太守羅寶稱推辭說：「本郡和土蠻相鄰，兵力不夠。」巴東人任叔兒聚眾起義，派人要請羅寶稱一同起事，寶稱猶豫不決，突然得病死了，任叔兒於是自稱輔國將軍，帶兵佔據白帝，殺掉羅寶稱兩個兒子，阻擋東方去路守住三峽，蕭惠開派費欣壽等五千人進攻任叔兒，叔兒迎戰，大敗蕭軍，殺了費欣壽，劉子頊又派中兵參軍何康之兼領宜都太守，討擊任叔兒，何康之的部隊剛到峽口，便被少數民族頭領向子通打敗，隻身而逃，任叔兒於是固守白帝。
孔道存得知尋陽已被平定，派人歸順朝廷。不久聽說柳世隆劉亮將要到來，他的部下全部逃跑，孔道存和他的三個兒子同時自殺，何慧文開始打算與尋陽同道，他母親不允許他這樣，於是帶他女兒回到江陵，馬上便嫁出他的女兒。何慧文文武全才，頗有些手力。雖然殺害了王應之，太宗特別原諒他，吳喜宣告詔書赦免他，何慧文說：「我既然陷入逆黨親自殺害了忠義之士，雖然皇上網開一面，但有何面目重見天下士人。」準備毒藥喝下，他的門生把藥倒掉，於是他絕食而死。
顏躍擔心虞洽回到本郡，說他開始時也附和反黨，暗中叫人殺了他。
當初淮南定陵人賈襲宗的本縣已被劉胡佔據，他帶二十人投奔沈攸之，沈攸之告訴建安王劉休仁，劉休仁任他當司徒參軍都護，叫他回到鄉里，招集人馬，不幸被劉胡捉住，劉胡用火燒他，問他朝廷軍隊的消息，他一個字也不吐，睜著眼睛對劉胡說：「你在國內起兵侮弄人民，豈頁覦皇位。沒聽說有什麼奇謀遠計，只知造一些炮烙般的刑罰，我本來準備殺身成仁，死有什麼了不起！」劉胡於是殺了他，前軍典..堅決不響應叛軍，被鄧琬殺掉，其餘歸順朝廷被殺害的同時被皇上所憐憫。太宗下詔書說：「前鎮軍參軍督護范道興是我的老部下，曾經在北藩中服務，又在南方服役，遭遇不幸，他心懷皇室，因守臣節，被小人殺害，他的忠誠令人感歎，實在值得悲傷和同情，可以追贈員外散騎侍郎。南城令鮑法度、後軍典..馮次民、永新令應生新建令庫延寶、上饒令黃難等，反對叛亂擁護朝廷，想起他們的可貴的行動，應該得到追認褒獎，可贈給應生奉朝請，法度南台御史，次民、延寶，都為員外將軍。」
有關官員上奏：「寧朔將軍、督豫州的梁郡諸軍事、豫州刺史、兼領南梁郡太守竟陵張興世統率水軍，屢戰屢勝，前進截斷在錢溪上流的敵人，又在貴口經過苦戰，平定凶黨，現在封為南平郡作唐縣開國侯，食邑一千戶。寧朔將軍、參司徒中直兵軍事、廣平佼長生，和張興世同時統率水軍，也進行多次戰鬥，在張興世佔據錢溪時，佼長生獨立在關健地方抵抗敵人，比張興世略遜一等，現在封為武陵郡遷陵縣開國侯，食邑八百戶，寧朔將軍代理西陽太守吳興全景文、尚書比部朗吳興孫超之，代理輔國將軍、南彭城劉亮等人，都經過晉陵苦戰，景文同時又北討破釜敵軍，用水軍截斷敵人糧運，也經歷了葛塚、石宗二處激戰打敗敵人，劉亮南伐經過激烈戰鬥，又處在最危險的地方，全景文現在封爵西陽郡孝寧縣，孫超之封長沙汨羅縣，劉亮封順陽縣，都是開國侯，每人食邑六百戶。代理輔國將軍驃騎司馬劉靈遺、寧朔將軍右軍蔡那、寧朔將軍屯騎校尉殷佛榮等人，負責封鎖道路，都經過激烈戰鬥，靈遺封為新野郡新野縣，蔡那封始平郡平陽縣，佛榮封湘東郡臨蒸縣，都是開國伯，每人食邑五百戶。代理輔國將軍、左軍吳興沈懷明，龍驤將軍、積射將軍東平周盤龍，司徒參軍南彭城，李安民等人，懷明經過晉陵戰役打敗敵人，又隨水軍南伐，負責封鎖道路，盤龍雖未統管軍隊，都經歷過激烈戰鬥，先登陷陣。安民又隨同張興世截斷錢溪敵人糧道，又統率軍隊在貴口打敗敵人。現在封懷明建安郡吳興縣，盤龍封晉安郡晉安縣，安民封建安郡邵武縣，都是開國子，食邑每人四百戶，代理輔國將軍。游擊將軍彭城杜幼文，龍驤將軍羽林監太原王穆之，龍驤將軍羽林監沛郡人周普生，員外散騎侍郎宋重恩等五人，幼文經歷晉陵戰役打敗敵人，在軍中負責進攻道路。南伐濃湖時，普孫作沈攸之的副官，統率各路軍隊，穆之、朱重恩都南伐有功，現在杜幼文封邵陵郡郡陽縣，穆之封衡陽郡衡山縣，生封始平邵武功縣，普孫封順陽郡清水縣，重恩封南海郡龍州縣，都是開國男，每人食邑三百戶。
江方興因戰功當太子左衛帥，敵人還未平定時，便病死了，被追封為武當縣侯，食邑五百戶。江方興，濟陰人，出身士族。龍驤將軍虎賁中郎將董凱之隨同張興世擊破湖白二城，先登陷陣，封河隆縣子，食邑四百戶；隊長張靈符，向東南征討有功，封上饒縣男，食邑三百戶；前征北長兼行參軍楊覆，因貴口之戰立功，封為綏城縣男，食邑二百戶，後來追認虞洽、檀玢給事中，以李萬周作步兵校尉，陳懷真因為殺劉胡功勞，追封永豐縣男，食邑三百戶。