謝鯤字幼輿，陳國陽夏人。祖父謝纘，典農中郎將。父親謝衡，以儒家的素質見稱，做官至國子祭酒。謝鯤年少時知名，通達簡傲有超人的見識，不修威儀，愛好《老子》、《易經》，能唱歌、善彈琴，王衍、嵇紹都認為他是奇才。
永興年間(304～305)，長沙王司馬砬入朝輔政，當時有嫉妒謝鯤的人，說他將要出奔。司馬砬要鞭笞他，謝鯤脫下衣服受罰，竟無違背之容。既而釋放了他，又無喜悅之色。太傅東海王司馬越聞知他的名聲，征為掾，放任曠達不拘泥。不久因家僮取用官家槁木受牽連除名。當時的名士王玄、阮修等人，都覺得謝鯤剛入宰相府，便受黜辱，為此歎息遺憾。謝鯤聽說後，方唱清歌鼓琴弦，毫不在意，莫不佩服他高遠暢達，把榮辱看得淡漠。鄰居家高氏的姑娘有美色，謝鯤曾經挑逗她，姑娘把織布的梭子投向他，打折了他兩顆門牙。當時人為此說道：「任達不已，幼輿折齒。」謝鯤聽說後，高傲地長嘯道：「這不會影響我唱歌。」
司馬越不久又徵召他，轉為參軍事。謝鯤因時世正值多變故，便托辭有病離職，躲避到豫章。曾經行路經過空亭，夜晚住宿在那裡，這個亭子過去時常有人被殺。天快亮時，有個黃衣人呼叫謝鯤的字號讓他開門，謝鯤神態恬靜毫無懼色，便在窗中伸手扯它，拉斷了肩胛，一看，原來是鹿，沿著血跡找到了它。從此以後這個亭子不再出現妖怪。
左將軍王敦引薦為長史，因討伐杜..之功封為鹹亭侯。母喪離職，服喪期滿，遷為王敦的大將軍長史。當時王澄與王敦同坐，見謝鯤談話不疲倦，連連讚歎可與謝長史交談，都不顧盼一下王敦，他為人所羨慕就像這樣。謝鯤不謀求功名，沒有砥礪操守和品行，居身於可否之間，雖然自居好像穢濁，而行事不求積功高昇。王敦有不願做臣的行跡，朝野皆知。謝鯤知道不能用道輔正他，便悠閒自得地寄居於此，不致力於政事，從容不迫地諷議，聊以消遣時光而已。常常與畢卓、王尼、阮放、羊曼、桓彝、阮孚等人縱情飲酒，王敦因為他名聲高，所以像待賓客一樣禮待他。
謝鯤曾出使到京都，明帝司馬紹在東宮會見他，十分親近重視他。明帝問道：「議論的人把你跟庾亮相比，你自己認為如何？」謝鯤回答說：「穿禮服居廟堂，讓百官有準則，我不如庾亮。退隱在野，放情山水，我自認為超過他。」溫嶠曾經對謝鯤的兒子謝尚說：「你父親哪只是見識雅量長遠，就是那英明精深的鑒察力，即使用諸葛瑾對孫權的比喻也不算過分。」
及至王敦將要叛逆時，他對謝鯤說：「劉隗奸邪，要危害社稷。我想清除國君身邊的邪惡，匡輔國君救濟時世，怎麼樣？」謝鯤回答說：「劉隗的確始成禍端，然而他還只是城牆洞中的狐狸，社壇裡的老鼠，是有憑依而為非作歹的人。」王敦發怒說：「你是庸才，哪能通曉大理？」讓謝鯤出任豫章太守，又留著不派遣，要憑借他的才氣名望，威逼著謝鯤等都屈從己意，同下京師。
王敦軍至石頭城，歎道：「我不能再有盛德之事了。」謝鯤說：「為什麼會這樣？只是從今以後，一天天忘記罷了。」當初，王敦對謝鯤說：「我當以周伯仁為尚書令，戴若思為僕射。」及到京都，又說：「近來人情怎麼樣？」謝鯤回答說：「明公這次舉動，雖然想保存社稷，然而世俗的言論，的確未達高義。周豈頁、戴若思，是南北人士仰望的人，明公您舉薦任用他們，群臣必定貼伏安定了。」這一天，王敦派兵拘捕周豈頁、戴若思，而謝鯤不知道，王敦大怒說：「你太粗疏馬虎了吧，這兩個人不稱職，我已經逮捕了他們。」謝鯤與周豈頁平素互相親近尊重，聽說後大為愕然，如同自己喪失了什麼。參軍王嶠因王敦誅殺周豈頁之事，勸諫很切直，王敦大怒，命令殺王嶠，當時的人士畏懼，沒有敢進言的人。謝鯤說：「明公你舉大事，不殺一個人。王嶠因呈獻興廢之策違背旨意，便將他殺死釁鼓，不也太過分了嗎？」王敦這才停止對王嶠用刑。
王敦誅害忠賢之後，便稱病不朝，打算回武昌。謝鯤諷喻王敦說：「您為保存社稷，建立不朽的勳業，而天下之人還不瞭解實情。如果您能朝見天子，使君臣消除隔閡，萬眾之心便會信服。依憑眾望順應群情，盡力謙讓侍奉主上。如此則勳業可與匡輔天下者相比，美名便可千載流傳了。」王敦說：「你能保證沒有變故嗎？」謝鯤回答說：「我近日入朝覲見，主上憂懼不安，久未見您，宮禁肅穆，必定沒有憂慮。您若入朝朝見，我請求為你侍從。」王敦大怒說：「就是再殺你等幾百人，對時事又能減少點什麼？」竟不朝而離去。
這時朝廷中有威望的大臣被害，人們為謝鯤擔憂，而謝鯤尊重禮義安於常道，時時進獻清正之言。王敦既然不採納，內心也不高興。軍隊返回後，便讓他到豫章，謝鯤臨政清廉肅敬，百姓愛戴他。不久死在官署，享年四十三歲。王敦死後，追贈謝鯤為太常，謚號叫康。兒子謝尚繼嗣，另外有傳。