愍懷太子司馬遹字熙祖，是惠帝司馬衷的長子，母親是謝才人。他年幼時聰慧，武帝喜歡他，常常在武帝身邊。司馬遹曾經與其他皇子一起在殿上嬉戲，惠帝來聽朝，拉著各位皇兒的手，接著臨到太子，武帝說：「這是你的孩兒啊！」惠帝便停下來。宮中曾經晚上失火，武帝登樓遠望。太子當時才五歲，拽著武帝的衣襟到暗處。武帝問他原因，太子說：「夜晚倉卒之間，應該防備非常變故，不應讓火光照見人君。」武帝因此認為他是奇才。曾經跟著天子觀看豬圈，太子對天子說：「豬很肥，為何不殺了犒勞士卒，卻讓它們多費五穀？」天子認為他的主意很好，便讓人烹之。並撫摸著太子的背，對廷尉傅祗說：「這個孩子會讓我朝天下興盛。」曾當著群臣稱讚太子像宣帝司馬懿，於是美譽在天下流傳。
當時望氣占卜的方士說廣陵有天子之氣，所以封太子為廣陵王，食邑五萬戶。以劉萛為師，孟衍為友，楊准、馮蓀為文學。惠帝即位，立為皇太子。廣泛選用有德望的人為師傅，以何劭為太師，王戎為太傅，楊濟為太保，裴楷為少師，張華為少傅，和嶠為少保。元康元年(291)，出居東宮，又有詔書說：「司馬 遹年紀還小，現在出住東宮，只應仰仗師傅和各位賢士之訓。他的行止左右，應有正行之人與他周旋，能有所補益。」於是讓太保衛馞的兒子衛庭、司空司馬泰之子司馬略、太子太傅楊濟之子楊毖、太子少師裴楷之子裴憲、太子少傅張華之子張 遹、尚書令華訥之子華恆與太子相處，以便互相輔導。
及至太子年長，不好學，只喜歡與手下人嬉戲，不能尊敬師傅。賈後平素忌恨太子的美譽，因此暗地讓宮內的宦官諂媚奉承太子道：「殿下的確可趁年輕時隨心所欲，為何常常拘束自己？」每見太子發怒之際，便感歎地說：「殿下不知道用威嚴刑法，天下的人怎麼會懼怕臣服呢？」太子與蔣美人結合生了男孩，宦官們又說應當厚加賞賜，為皇孫多造些玩好之器，太子都依從了。於是怠慢鬆弛日益明顯，有時荒廢了早朝侍奉，常在後園遊戲。愛好矮車小馬，讓左右之人騎馳，弄斷韁繩，讓人墮在地上以取樂。或有違背者，用手捶擊他。個性拘泥於小忌諱，不允許修繕牆壁、動瓦蓋屋。在宮中建市場，讓人殺牲賣酒，太子親手拈量斤兩，輕重一點不差。太子母親本是屠戶的女兒，所以太子愛好它。又讓西園賣葵菜、藍子、雞、面之類物品，從中牟取利潤。按東宮舊禮制，每月錢五十萬，以備各種費用，太子常常預支兩個月以供寵幸者之用。洗馬江統勸諫他時陳述的五件事，太子不採納，言論在《江統傳》中。舍人杜錫覺得太子不是賈後所生，而賈後性情凶暴，深感憂慮，每每忠心規勸太子修德行納善言，遠離讒言和誹謗。太子發怒，讓人把針放在杜錫常坐的氈中來刺他。
太子性情剛烈，知道賈謐憑著賈後之貴，不能為他所用。賈謐到東宮，太子撇下他而到後庭遊戲玩耍。詹事裴權勸諫太子說：「賈謐在中宮很受寵愛，又有不順從你的表情，如果有一天搬弄是非，則你的大事就完了。應當謙虛禮讓，以防其變，務請賢士，輔翼自己。」太子沒有聽從。當初，賈後母親郭槐想讓韓壽的女兒為太子妃子，太子也想與韓氏結婚以鞏固自己。可是韓壽的妻子賈午與賈後都不同意，卻為太子聘了王衍的小女兒惠風。太子聽說王衍的長女漂亮，而賈後聘給了賈謐，心中為此不平，很說了一些不滿的話。賈謐曾經與太子下圍棋，爭棋路，成都王司馬穎見後呵斥賈謐，賈謐內心更加不平，因此在賈後面前誣陷太子道：「太子廣買田業，多積私財結交小人，都是為了賈氏的緣故。暗地裡聽他說過：『皇后死了以後，我要把她當魚肉。』還不只如此，如果皇帝死了，他居帝位，依照楊氏的舊例，殺戮我們並在金鏞廢除太后，易如反掌。不如早些安排他個處所，另立一位慈順的太子保衛自己。」賈後採納了他的意見，又張揚太子的缺點，傳佈到朝野遠近。當時朝野都知道賈後有害太子之意，中護軍趙俊請太子廢太后，太子不同意。
元康九年(299)六月，有株桑樹在宮西廂生長，一天長一尺多長，幾天後乾枯了。十二月，賈後要廢太子，詐稱皇上不舒服，喚太子入朝。入朝後，賈後不見他，把他安排在別室，派婢女陳舞賜太子酒棗，逼著太子喝醉。讓黃門侍郎潘岳作書章，如同禱告神靈的祝文，似太子平素之意，因為喝醉了才寫出來，又讓小婢女承福拿紙筆和草稿讓太子抄寫。其文是：「陛下宜自了；不自了，我當入了之。中宮更應速自了；不了，吾當手了之。連同謝妃都要限期遣出，不要徘徊猶豫，以致後患。我歃血盟誓於日月星之下，皇天同意掃除患害，立道文為王，蔣氏為內主。志願成功，當用三牲祭祠北君，大赦天下。此疏簡約如同律令。」太子沉醉迷惑不知，於是照著抄寫下來，其字一大半沒寫成。後來又補寫才完成，賈後把它呈給惠帝。惠帝駕幸式乾殿，召見公卿，讓黃門令董猛把太子寫的和青紙詔書上寫著「司馬 遹寫的如此，現在賜死。」的文字遍示各位王公，沒有誰敢說話，只有張華、裴危頁為太子證明。賈後讓董猛假托長廣公主的話告訴惠帝說：「事情應當速決，而群臣各有不同，如有人不從詔書之意，應以軍法從事。」議至太陽偏西還不能決定。賈後怕事情有變，便上表免太子為庶人，下詔同意。於是讓尚書和郁持節，解結為副使，以及大將軍梁王司馬肜、鎮東將軍淮南王司馬亮、前將軍東武公司馬澹、趙王司馬倫、太保何劭到東宮，廢太子為庶人。這天太子游於玄圃，聽說有使者前來，改換服飾出崇武門，再拜受詔，步行出承華門，乘坐粗糙的牛車。司馬澹用兵杖送太子妃王氏、三個皇孫到金墉城，刑訊窮究謝淑妃和太子保林蔣俊。第二年正月，賈後又讓黃門自首，要他證明太子叛逆。下詔把黃門自首的供詞頒示公卿。又派司馬澹帶一千兵眾護送太子，另外幽禁在許昌宮的別坊中，讓治書御史劉振持節守衛著。在此之前，有童謠說：「東宮馬子莫聾空，前至臘月纏你 遹。」又說：「南風起啊吹白沙，遙望魯國郁嵯峨，千年枯髏生齒牙。」南風，是賈後的名字；沙門，是太子的小名。
當初，太子剛廢時，太子妃的父親王衍上表請求讓太子妃與太子離婚。太子到了許昌宮，給太子妃的信中說：「我雖愚鈍，內心向善，想盡忠孝之節，沒有叛逆之心。雖然不是賈後所生，侍奉如同親母。自當太子以來，敕令禁儉，不能見母。自宜城君死後，不被存恤，常在空室中坐。去年十二月，道文疾病加重，父子之情，確實憐憫。當時上表請國家增加徽號，不見同意。疾病既重，為他請求福恩，沒有壞心。自道文病後，中宮三次派左右來探視，說：『天子叫你。』到二十八日傍晚，有件短函送來，落款讓東宮拆開，其疏云：『天子要見你。』我便作表請求入見。二十九日早晨到家入見，一會兒遣到中宮。中宮的手下陳舞告訴說：『中宮早晨不太舒服。』讓我在空屋中坐。又過了一會兒中宮派陳舞告訴我：『聽說你上表陛下替道文求王，不得王可得封國而已。』中宮遠遠呼喚陳舞：『昨日天子給太子酒棗。』便拿出三升酒、大盤棗與我，讓我飲酒並吃完棗子。我平素不喝酒，便讓陳舞啟奏我喝不完三升酒之意。中宮遠遠地喊道：『你常在陛下面前高興地端酒，為何不喝？天子賜給你酒，會使道文的病好的。』我便回答中宮：『陛下召見一日見賜，所以不敢推辭，我一天也喝不完三升酒。再說確實未吃飯，恐怕受不了。又沒見殿下，喝下這些酒恐怕會顛三倒四。』陳舞又傳話說：『太不孝啦！天子給你酒喝，你不肯喝，難道其中有惡物嗎？』於是大約喝了兩升，剩下一升，請求帶回東宮再喝完。被逼迫不得已，又喝了一升。飲罷，體內恍惚，不由自主。一會兒有一個小婢女手持封箱來，說：『承詔讓你抄寫這些文書。』我便驚起，一看，有一張白紙，一張青紙。小婢催促說：『陛下等著要。』又有小婢女承福拿著筆墨黃紙來，讓我抄寫。急急忙忙來不及細看，確實不知道紙上文字的份量輕重。父母是至親，確實不相懷疑，事理如此，實是被誣告，希望眾人明察。」
太子不當其罪而被廢棄後，眾情怨恨。右衛督司馬雅，是晉室同宗遠房的家門，與常從督許超都有寵於太子，二人深為感傷，勸趙王司馬倫的謀臣孫秀道：「國家沒有嫡系繼嗣，社稷將危，大臣的災禍必定會興起。而您侍奉中宮，與賈後親密，廢太子之事，都說您預先知道，一旦有變故，災禍必定連累到你。為何不事先謀劃一下呢？」孫秀告訴趙王司馬倫，司馬倫深深採納。定計之後，孫秀又勸司馬倫說：「太子為人剛直凶狠，如果得志之日，必定會放縱性情。您一向侍奉賈後，街談巷議，都認為你是賈後的同黨。現在雖然想為太子建立大功，太子即使要把忿恨埋在心中，也一定不會對你施加賞賜，會說你為民望所逼，反覆無常，只是將功折罪罷了。如有小的過失，還不能倖免於誅罰。不如拖延日期，賈後必然會加害太子，然後再廢賈後，為太子報仇，既可以有功，又可以得志。」趙王司馬倫認為很好。孫秀因此用反間計，說宮殿中的人要廢賈後，迎太子回宮。賈後聞之很憂懼，便讓太醫令程據製成巴豆杏子丸。三月，假詔讓黃門孫慮帶著藥到許昌害太子。當初，太子恐怕被毒死，常常自己煮飯吃。孫慮把要毒死太子的事告訴了劉振，劉振便把太子遷居在小坊中，斷絕他的飲食，宮中還是在牆壁上給太子放置飲食。孫慮便逼太子服藥，太子不肯服，便到廁所，孫慮用藥杵把他打死，太子大聲叫喊，喊聲傳到外面。太子死時二十三歲。本打算用庶民之禮安葬他，賈後上表說：「司馬 遹不幸喪亡，可憐他迷惑悖逆，又早夭折，我悲痛的內心，不能自已。妾私下希望他刻骨銘心，更思孝道，極度虔誠，以正名號。此志不成，更讓人酸心遺恨。司馬 遹雖然罪過很大，但仍是帝王的子孫，若用庶民之禮送終，情實憐憫，特意請求天恩，賜他以王禮安葬。妾確實愚昧淺見不懂禮儀，不勝至情，冒昧地陳述我的想法。」詔書同意用廣陵王之禮安葬他。
比及賈庶人死後，便誅殺了劉振、孫慮、程據等人，下冊書恢復太子之名號說：「皇帝使持節、兼司空、衛尉司馬伊持策告已故的皇太子之靈位道：唉！你年幼時憑借奇異的姿質，蒙先帝特殊的寵愛，開啟國土，擁有淮陵。朕遵奉遺旨，立為太子，來光耀我祖宗宏業。你敬修德行，聽從保傅，侍親孝敬，沒有違禮。可是朕不能明察兇惡構禍之人，以致讓你死於非命，使申生、孝己的故事在今天重現。幸賴宰相賢明，人神怨憤，開導朕心，討伐有罪，都已伏誅。但是對荼毒冤魂的沉痛心情有何補益呢？因此徹骨之痛，震動五藏六腑。現在恢復皇太子的喪禮，歸葬京畿，享祠太牢。冤魂如有靈，還可獲得諒解。」惠帝為太子服長子的斬衰，群臣服齊衰，讓尚書和郁率領東宮的官屬備制吉凶之制，從許昌把太子的靈柩迎歸。謚號叫愍懷。六月二十六日，葬於顯平陵。惠帝有感於閻纘之言，建了思子台，所以臣子江統、陸機都作有耒頌。太子有三個兒子：司馬錋、司馬臧、司馬尚，都與太子一起囚禁於金墉。