王敦字處仲，是司徒王導的堂兄。他父親王基，官至治書侍御史。王敦年少時生有一雙奇眼，娶晉武帝的女兒襄城公主為妻，授官為駙馬都尉和太子舍人。當時王愷、石崇以攀比豪奢為榮。一次，王愷設置酒席，王敦、王導都在坐，有個藝妓吹竹笛，稍稍走調，王愷便將其毆打致死，滿座賓客動容，唯獨王敦神色如故。又一天，他再次造訪王愷，王愷讓美人行酒，客人如果飲酒不盡，就殺死美人。酒行到王敦、王導面前，王敦故意不拿酒杯，美人悲傷恐懼，面容失色，可王敦依舊若無其事。王導平素不飲酒，但擔心美人因此遭罪，便勉強飲乾一杯。王導回家以後，歎息說：「處仲如果身當要職，而又心懷殘忍，是不會有善終的。」洗馬潘滔看了王敦的雙眼後說：「處仲已露出蜂目，但豺狼的聲音還未發出，如果不吃人，也終會被別人所吃。」太子被貶遷許昌時，詔令東宮屬官不得相送。王敦同洗馬江統、潘滔，舍人杜蕤、魯瑤等，不顧禁令，在路旁流淚遙拜，受到當時議論者的稱讚。不久，又升為給事黃門侍郎。
趙王司馬倫篡位時，王敦的叔父王彥是兗州的刺史，司馬倫命令王敦前去慰勞王彥部眾。正巧碰上諸王興起義兵，王彥也接到了齊王司馬礒的檄文。但因害怕司馬倫的兵力強大，一時不敢響應。王敦勸導王彥起兵響應諸王，結果王彥因此建立功勳。晉惠帝反正，王敦被陞遷為散騎常侍、左衛將軍、大鴻臚、侍中，出任廣武將軍、青州刺史。
永嘉初年(307)，王敦被徵召為中書監。當時天下大亂，王敦把隨公主過來的百餘婢女全部配給將士，把金銀寶物散給眾人，單車回到洛陽。東海王司馬越從滎陽來朝拜，王敦對他的親信說：「如今天下大權集於太傅一身，可是選拔人才、上表奏章，尚書還是沿用舊裁決，現在太傅來到，必定會進行誅罰。」不久，司馬越便逮捕並殺掉了中書令繆播等十餘人。司馬越讓王敦擔任揚州刺史，潘滔勸諫說：「如今把處仲放任到都城之外，使他肆意發展豪縱之心，這是自招災禍。」司馬越沒有聽從。
以後又征拜王敦為尚書，沒有就職。晉元帝詔他作安東軍諮祭酒。恰巧碰上揚州刺史劉陶死了，惠帝又授王敦為揚州刺史，加封廣武將軍。不久，又晉陞為左將軍、都督征討諸軍事、假節。元帝初鎮江東，威名未振，王敦與堂弟王導等同心擁戴，促成中興事業。時人評價說：「王與馬，共天下。」不久，又與甘卓等討伐江州刺史華軼，並斬殺了他。
蜀地賊寇杜..作亂，荊州刺史周豈頁敗退逃走。王敦派遣武昌太守陶侃、豫章太守周訪等討伐杜..，自己進駐豫章，作各軍的後援。陶侃大破杜..，王敦便上表提拔陶侃作荊州刺史。不久，陶侃又被杜..部將杜曾打敗，王敦因為處理指揮失誤，便自貶為廣武將軍，元帝不許。陶侃消滅杜..，王敦因為是元帥，晉陞為鎮東大將軍、開府儀同三司，加封都督江、揚、荊、湘、交廣六州諸軍事、江州刺史，封為漢安侯。從此，王敦開始自己選拔設置官吏，兼統州郡。不久，杜..部將杜弘南逃廣州，請求討伐桂林亂賊將功折罪，王敦答應了他。陶侃進行阻擊，杜弘無法前進，於是便投降零陵太守尹奉，尹奉將他送給王敦，王敦讓他作將，不久便受到寵信。南康人何欽佔據險固之地，聚眾數千人，王敦加封他四品將軍，從此，王敦專權的跡象逐漸彰明瞭。
建武初年(317)，王敦又陞遷為征南大將軍，仍保留開府儀同三司的官職。東晉新朝初建，又拜侍中、大將軍、江州牧。他派遣部將朱軌、趙誘討伐杜曾，被杜曾斬殺，王敦又自貶，免除侍中，並辭去江州牧一職。不久，又加封為荊州牧，王敦上疏說：
「從前漢高祖以神武革命，開創帝業。文帝以賢慈繼承在後，繼承洪業，倡導清靜無為，業績可比於西周成王康王。賈誼作文章歎息，以為天下在倒懸之中，雖言有褒貶抑揚，但不失事體。今聖朝初建，百業待振，過去段匹石單派使者請求向朝廷報效忠節，還沒有功勞，便把一州土地交給他。現今，靳明等為國雪恥，要除掉大逆，這類志向，都是想附翼聖朝，鵬程遠舉。雖然功大應該得到獎掖，但也應該有所限制，以防微杜漸，一開始就要慎之又慎。假如中途願望不能實現，就滋生事端，這都不是忠義之士，而是要博取一朝的恩榮。天下逐漸興起弊端，根源就在這裡。春秋時代，天子微弱，諸侯奢侈，晉文公想推崇周室，以至於有求隧之請；周襄王以禮相讓，聞義而服，自此諸侯沒有人敢超越制度。臣以為當前大敵未滅，為了暫時應急，朝廷便增置諸多嘉獎，封官晉爵多有重疊。現在從臣以下，應該都廢除，一則斷絕群小矜功自恃的奢望，再則平伏夷狄多欲之心。若再三拖延，順合適應小人的心願，便會使奸妄小人生出異心，群臣之間互相埋怨，指責朝廷，讒諛之言蜂起，臣可以推斷，到時陛下就難以糾正了，這是安危的關鍵，普天下的心願。
「臣門戶特受恩榮，備兼重權，賜恩偏重，超過公族。這種情形，就是一般士民也認為不可，我豈獨能安心處之。假如我們一家耽誤了陛下，國家傾覆便會隨之而來，到時就是焚身剖心，陛下又哪裡來得及追悔呢？希望陛下體察我的忠心，借此機會，減少我的官爵，授予賢俊之人，使有識人士稍得安慰，以便於各盡所能，這樣人人都會受到鼓勵。州牧之號，實不敢當，連同侍中貂蟬一併奉回。同時，我建議朝廷並官減職，以此堵塞小人的非分之想。」
元帝詔令不許。王敦再次堅辭州牧。元帝聽任他做刺史。
當時劉隗當權，對王氏家族很疏淡，王導等人很不平。王敦上書言志(疏文略)，奏表到了朝廷，王導封好後還給王敦，王敦又派人呈上奏表。
起初，王敦刻意進取，崇尚清談，口不言財色。既素有重名，又在江左建立大功，便專擅地方軍政大權，手握重兵，從官都已顯貴，威權無人可比。於是便想在朝廷專權，有了篡逆之心。元帝對他又怕又恨，便將劉隗、刁協引為心腹。王敦更加不平，從此雙方的猜疑產生了。每次喝酒以後，就吟誦魏武帝曹操的樂府歌：「老驥伏櫪，志在千里。烈士暮年，壯心不已。」用玉如意敲打唾壺為節拍，壺邊被敲得儘是缺口。後來湘州刺史甘卓被遷到梁州，王敦想讓從事中郎陳頒代替甘卓，元帝不答應，更讓譙王司馬承鎮湘州。王敦又上表陳述古今忠臣總被君王懷疑，而蒼蠅般的小人在中間挑撥是非，他想以此感動元帝，元帝卻更加忌諱他。不久，元帝為王敦加羽葆鼓吹，官府中增加從事中郎、掾屬、舍人各二人。元帝命劉隗為鎮北將軍，戴若思為征西將軍，徵調揚州奴為兵，打著外討胡人的旗號，實際上是防禦王敦。
永昌元年(322)，王敦率軍向京師進發，以誅劉隗為名，上疏說：
「劉隗以前在門下任職，奸佞諂媚，諂陷忠良，迷惑聖上耳目，以至身居要職寵位，擾亂常規綱紀，肆意作威作福，使有志之士不敢開口。大興勞役，騷擾百姓；向外假口征討胡人，對內大肆培植親信；超越制度，以黃門侍郎散騎常侍為參軍，這是魏晉以來，還未有過的事情，傾盡柄庫資藏，損公肥私；賦稅不均，百姓嗟怨，私免良人家奴，散佈個人恩惠，大田本可充國家倉庫，現在被他割配，充實了劉隗軍。我從前請求迎接諸將妻子兒子，聖恩聽許，可劉隗拒絕，使三軍將士莫不怨憤。再者徐州流民辛苦多年，家計始立，劉隗全部驅逐他們，從中獲利，充實私人庫府。當陛下創業之初，士人投靠王官，本因國家有非常之喜慶願蒙榮恩，而劉隗按舊名冊讓他們充征役。流民客戶，經年歷代，或滅亡死絕，或用錢自贖，或被放逐，或是父母時的事與本人無涉，而罪名卻加到了主人頭上，百姓哀憤，怨聲盈路。他想北渡降敵，打著遠離朝廷的旗號，事實上他密知國家機要，駐軍險要之地，陞遷屬官，隨心所欲，奸詐貪婪，無與倫比，就是魏無忌、太宰喜否、弘恭、石顯，也不能與之相比，因而，遠近憤慨，人民失望。
「臣充國家宰輔之位，與國家共存亡，誠然缺乏陳平、周勃式的濟世方略，可是自己不顧魯鈍，志在保存社稷，哪能坐視成敗，使聖上蒙受損失呢？事不得已，今才進軍京師，共同討伐奸孽，希望陛下細察明究，速斬劉隗首級，那麼就是眾望所歸，皇業復興有望了。劉隗的首級早上掛出，諸軍晚上退兵。從前商朝太甲不遵守商湯王的制度，險些被顛覆，幸好採納了伊尹的方略，殷商才又復興。漢武帝雄才大略，也被江充的讒佞邪說迷惑過，以至父子相殘，流血染紅土地，但最終卻能醒悟，不失大綱。今日之事，有過於此，希望陛下三思，聽取正確的意見，這樣，便能使四海安泰，社稷永固。」
又說：
「陛下從前鎮守揚州，虛心下士，選賢任能，寬厚得眾，所以君子盡心，小人盡力。再加之我才微質陋，但卻能竭忠盡智，奉獻謀略，因此遠近望風而歸，有識之士竭誠效力，王業也由此興盛，新朝得以興建，四海人民都翹首盼望天下太平。
「自從陛下寵信劉隗以來，刑罰失度，街談巷議，都說國家像東吳將要滅亡的時候。聽到這些話讓人惶恐迷惑，精魂飛散，不覺胸臆摧破，泣血橫流。陛下應當為保全祖宗基業、保存國家神器著想，細察我前後的上奏疏文，怎麼會拋棄忽視忠言，而去相信奸邪呢，如此，誰不痛心呢！希望陛下拿出奏表，徵詢朝臣的意見。危機已著，應早作決斷，這樣也好讓各路兵馬早還，不致虛擾京都。」
王敦的同黨吳興人沈充起兵響應王敦。王敦到蕪湖，又上表陳述刁協的罪狀。元帝大怒，下詔書說：「王敦憑恃寵信，竟猖狂叛逆，如今我好比太甲，行將被他幽閉。是可忍，孰不可忍也！現在我親率六軍，討伐叛逆，有殺死王敦的，封五千戶侯。」召集戴若思、劉隗會師京都。王敦哥哥王含當時作光祿勳，叛逃投奔王敦。
王敦到達石頭城，想進攻劉隗，他的部將杜弘說：「劉隗的敢死隊眾多，不容易攻克，不如先進攻石頭城。周札刻薄少恩，兵士不為他效命，進攻他必勝。周札敗了，劉隗就會逃走。」王敦採納了這個意見。周札果然大開城門接納杜弘。其他將領同王敦交戰，王師被打敗。進了石頭城以後，王敦擁持大軍不朝見皇帝，卻放縱士兵在城內外劫掠。各級朝官逃散，只有兩個侍中侍奉皇帝。元帝脫去戰袍，穿上朝服，回頭對王敦說：「想得到我的地位只消早說，我可以一個人回到琅王牙，何至於將百姓害得如此困苦！」王敦收捕了周豈頁、戴若思，並殺害了他們。元帝只得讓王敦作丞相、江州牧，晉爵武昌郡公，封邑萬戶，並讓太常荀崧到王敦那裡拜官，又加羽葆鼓吹，王敦假意辭讓不受。王敦回軍武昌，多害忠良，寵樹親戚，讓他哥哥王含做衛將軍、都督沔南軍事、總領南蠻校尉、荊州刺史，讓義陽太守任音都督河北諸軍事、南中郎將，自己則親自都督寧、益二州。
元帝死，明帝太寧元年(323)，王敦暗示朝廷徵召自己，明帝便親手寫詔書召他，詔文在《明帝紀》。又使兼太常應詹拜授王敦黃鉞，班劍武士二十人，奏事不提自己名字，入朝不趨走，帶劍穿履上殿。王敦移鎮姑孰，明帝派侍中阮孚賞牛酒犒勞，王敦稱病不見，派主簿受詔。明帝又以王導作司徒，王敦則自命為揚州牧。
王敦得志之後，暴烈傲慢越加厲害，四方的朝貢多入自己府庫存放，將相和地方州牧的任命全都出於他一門之中，遷徙王含為征東將軍，都督揚州、江西諸軍事，堂弟王舒為荊州牧，王彬為江州牧，王邃為徐州牧。王含字處弘，凶頑剛暴，為時人不齒，只因王敦器重，所以屢升要職。王敦以沈充、錢鳳為謀主，諸葛瑤、鄧岳、周撫、李恆、謝雍為爪牙。沈充等人都凶險驕恣，助紂為虐，自相殘殺，又大舉營造府第，侵奪別人田宅，發掘古墓，劫掠行旅商人，離散百姓，舉國都知道他們的惡行。王敦的從弟豫章太守王稜，日夜進諫，言辭懇切，惹惱了王敦，便被暗殺了。王敦無子，收養了王含的兒子王應，等到王敦病重，便拜王應為武衛將軍作自己的副手。錢鳳對王敦說：「倘若命有不測，應該把後事交給王應。」王敦說：「這是非常之事，哪裡是常人能擔負的！況且王應年少，哪能擔得起大事呢？我死之後，不如放兵散伙，歸附朝廷，借此保全門戶，這才是上計。退回武昌，保持朝貢，收兵自守，這是中計。乘我不在，率領全軍進攻都城，萬一僥倖成功，這是下計。」錢鳳對他的同黨說：「主公的下計乃是上策。」於是同沈充謀劃商定，等王敦死後發難。
王敦猜忌周札，便將他全族誅滅。常從督冉曾、公乘雄等是明帝的心腹，王敦又殺害了他們。因為從前的衛士還多，便命令削減三分之二。王敦病情加重，詔使侍中陳晷、散騎常侍虞馬斐問疾。當時明帝正要討伐王敦，微服來到蕪湖，觀察王敦的營壘，又多次派遣大臣問候他的起居情形。同時陞遷王含為驃騎大將軍、開府儀同三司，王含的兒子王瑜為散騎常侍。
王敦以溫嶠作丹楊尹，想使他偵察朝廷情形。溫嶠到達後，一一報告了王敦謀反的策劃。明帝想討伐王敦，但知道人民被他的權勢所震懾，就偽稱王敦已死，然後下了討逆的詔書(詔文略)。
王敦病情更加沉重，不能統率三軍，便派錢鳳、周撫、鄧岳等率領三萬大軍向京師進發。王含對王敦說：「這是我們的家事，我應當出征。」於是便讓王含作元帥。錢鳳等問王敦說：「事情成功之日，天子還有什麼話說？」王敦說：「還沒到南郊祭天，怎能稱天子？到時只是竭盡所能保護東海王和裴妃即可。」又上疏陳述溫嶠罪狀，並以誅奸臣作為借口。
王含到達江寧，司徒王導寫信給他，曉以利害，實施告誡勸降之策(原文略)，王含沒有答覆。
明帝派中軍司馬曹渾等在越城向王含進擊，打敗王含。王敦聽說之後，發憤說：「我的兄長只是個老女婢罷了，門戶已經衰敗！兄弟中文武兼備的，如世將、處季都早死了，如今大勢去了。」告訴參軍呂寶說：「我將親自前進。」說著便作要起床的姿勢，病體困乏，又倒臥下去。
錢鳳等到達京師，在水南駐軍。明帝親自率領六軍抵禦錢鳳，連連戰勝。王敦對羊鑒和養子王應說：「我死之後，王應便即位。先設置好朝廷百官，然後再籌劃安葬事宜。」起初，王敦才開始發病時，夢見白犬從天而降，下來咬他，又看見刁協乘著軺車指引，怒目相對，命令左右捉拿自己。不久，王敦就死了。終年五十九歲。王應秘不發喪，用蓆子裹著王敦的屍體，又在外面塗了一層蠟油，就埋在議事廳中，然後同諸葛瑤等人照常縱酒婬樂。
沈充從吳地率領萬餘軍士到了，同王含會合在一起。沈充的司馬顧..勸說沈充道：「如今舉行大事，可天子已把握住必鍵，我軍已鋒挫勢摧，軍心渙散，稍有動搖猶豫必然招致禍災。現在如果決破柵塘，用湖水淹沒京師，努力發揮水軍的戰船的功力，這就是兵書所說的不戰而屈人之兵，這是上策。借初到的銳氣，合東南各軍之力，十路兵馬俱進，眾寡超過一倍，勢必摧陷京師，這是中策。轉禍為福，因敗為勝，召集錢鳳來議事，然後乘機斬殺了，再去投降，這是下策。」沈充不能採用這些計策，顧..便出逃投奔吳地了。王含又率大軍渡過淮水，被蘇峻等迎擊打敗，沈充也燒營而退。
不久，周光斬殺了錢鳳，吳儒斬殺了沈充，首級一齊傳到了京師。有司商議說：「王敦叛逆罪惡滔天，他有篡位廢君之望，應該依照崔杼、王腸的先例，剖棺戮屍以彰首惡。」於是發穴出屍，焚燒了王敦的衣冠，讓他半跪著受刑。王敦、沈充的首級一同懸掛在城南浮橋上，圍觀者莫不稱快、歡呼。王敦首級懸出後，沒有人敢來收葬。尚書希鑒對明帝說：「從前王莽用頭血漆鏨車，董卓用肚腹在街市上點燈，王腸活埋人，徐香復焚首。前朝誅殺楊駿等人，都是先用官刑，然後聽任人埋葬。《春秋》同意齊襄葬紀侯，魏武帝稱讚王修哭袁譚的義舉。由此看來，國法加於上，私義行於下。我以為可允許私人收葬，借此弘揚義舉。」明帝下詔同意，於是家人便收葬了王敦。王含父子乘著單船投奔荊州刺史王舒，王舒命人將他們沉入江中，其餘的黨羽都平伏下來了。
王敦眉目疏朗，性情簡脫，尤善於評鑒人物，精通《左氏春秋》，口不言財利，尤好清談，時人不理解他，只有族兄王戎認為他是奇人。戰陣指揮，千里之外肅然，但部下多騷亂沒有軍紀。晉武帝曾召集時賢共論伎藝之事，人人都有論說，只有王敦神情漠然，滿臉厭惡。自稱善於擊鼓，說著便振袖揚袍，音節清韻，神氣自得，旁若無人，滿座都驚歎其雄邁爽朗。石崇驕奢婬逸，暴殄天物，廁所裡常有十多個奴婢侍列，都有姿色。廁所裡放置著甲煎粉、沈香汁。有上廁所的，都換新衣服後再出來。客人大多羞於脫衣，可王敦脫掉舊的，穿上新的，面無愧色。奴婢們集在一處說：「此客人必能做賊。」王敦也一度沉溺於女色中，身體拖垮，左右勸止他，他說：「這事很容易。」就打開後閣門。將數十名婢妾一起驅逐出去，各自放歸，時人驚歎他異於常人。