公元前221年，秦王政始滅六國，號始皇帝，史無前例的龐大帝國如何管理，大臣們提出了不同的見解。丞相王綰等以諸侯初破，燕、齊、楚地方偏遠，不置諸侯王則無以鎮服，請封諸皇子。秦始皇交由臣下討論，群臣都認為可行，只有廷尉李斯反對：“周文王、周武王分封子弟、同族甚多，然而後代日益疏遠，相互攻擊視如仇敵，周天子也無法禁止。現在天下一統，設立郡縣，皇子功臣可以用國家賦稅多加賞賜，這樣容易控制。天下沒有異心，才是安寧之術。設置諸侯不利。”
中國史上，大抵每一代都懲前朝敗亡之因，比如明懲歷朝丞相專擅，清懲明世太監之禍，但往往矯枉過正，走向另一個極端，比如漢懲秦始皇不封子弟而致七國之亂，宋懲晚唐五代方鎮之亂而致武德不修，外患不止。可以說，李斯的話切中始皇要害，唯恐萬世基業不傳的要害，由不得不聽。果然，秦始皇說：“天下人都苦於戰亂不休，就是因為有諸侯王的存在。天下初定，再立諸侯國，這是製造戰爭，以此求得安寧，豈不太難！廷尉的意見正確。”
始皇三十四年（公元前213年），秦始皇在咸陽宮置酒為壽，僕射周青臣進頌，總之神靈明聖，四海賓服，哄得始皇帝開心得很，可其中講到“改諸侯為郡縣，人人安居樂業，沒有戰爭的禍患，傳之萬世。”惹惱了來自齊地的博士淳於越。
儒生一向很能破壞氣氛，也算是傳統：“臣聽說殷、周君臨天下千餘年，分封子弟功臣，作為輔佐。現在陛下擁有天下，子弟卻和平常百姓一樣，一旦出現了田常、六卿這樣的臣子，沒有輔佐之人，如何相救？辦事不以古人為師而能長久的，我沒有聽說過。現在周青臣當面奉承，以加重陛下的過失，不是忠臣。”
淳於越比王綰聰明，和李斯一樣，利用了秦始皇的恐懼，這次是對田氏代齊和六卿分晉的恐懼。
所以秦始皇又把意見交由臣下討論，不出意外，反對者又是李斯，不過李斯這時候已經是丞相了，底氣也特別足，所以這次李斯直指根本。
儒家一直強調法先聖，法家一直強調法後王。戰國時代諸侯紛爭，無論是秦國還是山東六國，都需要招攬士人為之效力。而當天下一統，思想也應當定於一尊，百姓只要努力耕作就好。而儒生天天叫嚷著“復古”，在李斯看來就是非議當今，惑亂百姓。
因此，李斯建議：“列國史記，除秦記全部燒燬。除了博士官所執掌，天下收藏《詩》、《書》、諸子百家的，都要交給地方官員燒燬。有敢談論《詩》、《書》者處死，以古非今者族滅。官吏知情不舉者同罪。法令下達三十日不燒書的，受黥刑（臉上刺字塗黑），派去築長城。只有醫藥、卜筮、種樹三類書不燒。如要學習法令，以官吏為師。”
秦始皇下令執行，史稱“焚書”。無可否認，秦始皇和李斯的這些舉動，是站在政治一統的前提下謀求思想一統的大理想，可是有多少罪惡，都是奉理想的大旗呢，就這件事說，就造就了中國幾個惡法的先例，
一、燒燬非官方認定的史書。中國歷來對史書的準確性和教化意義非常看重，《春秋》裡面的微言大義，什麼“鄭伯克段於鄢”，六個字足夠講上一堂課。趙盾的狡辯，終究抵不過董狐的筆，崔杼的刀，終究還是硬不過太史兄弟的頭，終於在太史第四個兄弟的時候停了下來。
但是，歷史是由人書寫的，不免帶有個人和群體的色彩，房龍在《聖經的故事》中寫到：“每個國家的每本歷史教科書都講述關於過去的故事，而且都是該國人民認為確實發生過的事實。但是要是你跨過國境區讀讀鄰國的實力教科書，你就會發現那些記述截然不同。”燒燬各國的史記，只留下秦國的史記，保證了秦國史記的權威性，和歷史的秦國視角，也燒燬了各國史記中譏刺秦國的語言，減少了六國後人對秦國的攻擊的基礎，從秦始皇的角度，當然是有利的。
然而，“去閱讀所有全家的所有歷史教科書，可能會看到一些接近絕對真實的東西”（房龍），燒了六國史記，歷史從此殘缺不全，對古代史的整理造成了相當多的問題，而且《秦記》不記載日月，文辭簡略不全，司馬遷公大為感歎。晉武帝時從魏安釐王墓中出土《竹書紀年》，幾乎重構上古史，重建戰國年代史，也可以看出燒燬各國歷史對歷史準確性的傷害。
後世延此，常常禁修私史，如南宋嘉泰禁私史，清初文字獄中赫赫有名的明史案，容後細考。
二、燒燬禁%書。禁%書始自商鞅變法，“燔《詩》、《書》而明法令”，但如此大規模的禁%書，從書的範圍和禁%書的地域來說，應該是第一次。
而且，這次禁%書的標準是空前絕後的最高峰，“吾前收天下書不中用者盡去之”，這個“不中用”的標準，由始皇帝和李斯二人搞定，只有醫藥、卜筮、種樹三類書逃出生天，其他一切書籍，都屬於“不中用”。
三、集書於官方。
後世多有人以《詩》、《書》、諸子百家尚存於博士官屬為始皇辯護，認為項羽燒咸陽才造成了這些書的流失，比如性好疑古辨偽的朱熹說“秦焚書也只是教天下焚之，他朝廷依舊留得”。
這樣說當然沒錯，可就當時的條件來說，書還處於“漢青”階段，副本不多，歸於博士官屬，一旦發生火災，都是無可挽回，更不要說兵禍了。即使到了明清，《永樂大典》、《四庫全書》，也難逃水火之災，《永樂大典》主要亡於明末清初的戰火之中，七套《四庫全書》只存三套半，其餘的毀於八國聯軍和太平天國。所以，集中所有的書於中央，就埋下了毀書的種子。
從實際的結果看，由於秦三世而亡，前後不過數年，儒家典籍還得到了比較好的流傳，可其餘諸子百家，多有流失，越是小宗，越可能失傳。
嚴重的問題在於，沒有人敢保證，收集到官方的書籍會不會被肆意的刪改。這次收書無所考，從後世來看，《永樂大典》採取的是照抄，而《四庫全書》不同，禁毀圖書三千餘種，十五萬部，岳飛“壯志饑餐胡虜肉，笑談渴飲匈奴血”，”。張孝祥“洙泗上，絃歌地，亦膻腥”，多被篡改。
更嚴重的問題是統一思想。在上古時代，只有巫、史少數人掌握文字，因此文字也集中於王宮。當識字人口增加時收書於博士官屬，那就是妄圖定思想於一尊的愚民政策。
四、言論控制。“偶語《詩》、《書》，棄市，以古非今者族”，“誹謗者族，偶語者棄市”，這一點不算首創，是繼承周幽王而來。
這些當然是為了萬世基業，可六、七年間，“坑灰未冷山東亂，劉項原來不讀書”，“枉把六經灰火底，橋邊猶有未燒書”，秦就亡了。
要討論這裡面的關係，其實並不像傳說中的這麼簡單。固然，秦始皇暴虐萬分，可在始皇帝掃滅六國的餘威尚在，天下尚屬安寧。始皇崩於前210年七月，一年後的前209年七月陳涉起兵，如果始皇尚在，陳涉敢不敢起兵，有沒人響應，都是疑問。
這裡有一個證據，陳涉起兵，因為百姓多聽聞扶蘇的賢明，居然打算用扶蘇的名號，可以想像，如果扶蘇繼承皇位，採取相對寬容的措施，秦未必會這麼快滅亡，事實上，老子做壞人，把好人留給兒子做，這是後世皇帝們用慣的權術。