「人必自侮，而後人侮之」，以中國之大，豈其區區東北一個小部落所能吞併？金朝的兵力，不算不強，然而始終不能吞滅南宋，便是一個證據。然則明朝的滅亡，並非清之能滅明，還只是明朝人的自己亡罷了。
北部淪陷之後，明朝的潞王常淓（fāng）、福王由崧（sōng），都避難南來。當時眾議，因潞王較賢，多想立他。而鳳陽總督馬士英，挾著兵力，把福王送到儀征。眾人畏懼他，只得立了福王，是為弘光帝。士英引閹黨阮大鋮（cheng）入閣，而把公忠的史可法排擠出去，督師江北。正人君子，非被斥，即引去。弘光帝又沉迷聲色。南都之事，就不可為了。
清朝的能入關，也並非全靠自己的兵力。佔據北京，已為非望，如何會有吞滅全中國的心理呢？所以世祖入關後，給南方的檄文，還有「明朝嫡胤無遺，勢難孤立，用移大清，宅此北土。其不忘明室，輔立賢藩，戮力同心，共保江左，理亦宜然，予不汝禁」之語。然而南都既不能自立，清朝就落得進取。當清兵入北京之後，即已分兵打定河南、山東、山西。及世祖入關，又遣英親王阿濟格，帶著吳三桂、尚可喜出榆、延；豫親王多鐸，帶著孔有德出潼關；以攻陝西。李自成走死湖北的通城。多鐸的兵，就移攻江南。這時候，史可法分江北為四鎮。而諸將不和，互相仇視。注630武昌的左良玉，又和阮大鋮不合，以清君側為名，舉兵東下。大鋮大懼，急檄可法入援。可法兵到燕子磯（jī），左良玉已死在路上；其兵，給守蕪湖的黃得功打敗了。可法再回江北，則清兵已至。可法檄諸鎮赴援，沒有一個來的。可法守揚州七日，城陷，死之。清兵遂渡江而南。弘光帝奔蕪湖。清兵追襲。黃得功拒戰，中箭而死。帝遂北狩。後來殉國於北方。清兵直打到杭州而還。時為一六四五年。
於是明人奉魯王以海，監國紹興。唐王聿（yu）鍵，即位福州，是為隆武帝。當清兵初入北京之日，曾下令，強迫人民剃髮。二十日之後，又聽民自由。及下江南，復下剃髮之令。於是江南人民，紛紛起兵抗拒。然既無組織，又無訓練，大多數旬月即敗。清廷復遣肅親王豪格和吳三桂攻四川。張獻忠陣歿於西充。其黨孫可望、李定國、白文選、劉文秀，潰走川南。旋入貴州。清兵追至遵義，糧盡而還。貝勒博洛攻閩、浙，魯王走入海。隆武帝頗為英武，而為鄭芝龍所制，不能有為。時何騰蛟招降李自成餘眾，分佈湖南、湖北。楊廷麟也起兵江西，恢復吉安。隆武帝想出就廷麟，未果而清兵至。帝從延平走汀州，入於清軍。後來崩於福州。時為一六四七年。
明人又立唐王之弟聿
於廣州，桂王由榔於肇慶，是為永歷帝。清使李成棟攻廣東，聿
殉國。孔有德、尚可喜、耿仲明攻湖南，何騰蛟退守桂林。金聲桓攻江西，楊廷麟亦敗歿。未幾，李成棟、金聲桓都反正，何騰蛟乘機復湖南。川南、川東亦來附。於是永歷帝有兩廣、雲、貴、江西、湖南、四川七省之地，形勢頗張。而張名振亦奉魯王，以舟山為根據地，出入江、浙沿海。清廷乃使洪承疇鎮江寧，吳三桂取四川，耿仲明、尚可喜攻江西，孔有德攻湖南。金聲桓、李成棟、何騰蛟都敗死。一六五年，清兵進陷桂林，瞿式耜（si）亦殉節。明年，張名振和起兵浙東的張煌言合兵攻吳淞，不克，而舟山反為清所襲陷，二人奉魯王奔廈門。注631永歷帝避居南寧，遣使封孫可望為秦王。可望遣兵三千，扈桂王居安隆；注632而使劉文秀攻四川，李定國攻桂林。孔有德伏誅。吳三桂也戰敗，逃回漢中。清乃命洪承疇鎮長沙，以保湖南；李國英鎮保寧，以守川北；尚可喜鎮肇慶，以保廣東；無意於進取了。而永歷帝因孫可望跋扈，密使召李定國。定國迎帝入雲南，可望攻之，大敗。遂降清。洪承疇因之請大舉。一六五八年，清兵自湖南、四川、廣西三道入滇。李定國扼北盤江力戰，不能敵。乃奉帝如騰越，而伏精兵於高黎貢山。注633清兵追之，遇伏，大敗而還。時劉文秀已死，李定國、白文選奉帝入緬甸。一六六年，三桂發大兵出邊。緬人乃奉帝入三桂軍。一六六二年，為三桂所弒，明亡。注634此時清世祖亦已死，這一年，是聖祖的康熙元年了。
明朝的統緒雖絕，然而天南片土，還有保存著漢族的衣冠，和清朝相抗的，是為鄭成功。成功是芝龍的兒子，芝龍降清時，成功不肯順從，退據廈門，練著海陸兵，屢攻沿海之地。清兵入滇時，成功大舉入江，以圖牽制。破鎮江，薄南京，清廷大震。旋為清兵所襲破，乃收軍，出海而還。一六六年，成功攻取台灣。注635於是務農練兵，定法律，設學校，築館以招明之遺臣渡海，歸之者如織。天南片土，儼然獨立國的規模了。
即以閩、廣、雲南而論，實亦非清朝實力所及。清朝的定南方，原靠一班漢奸，為虎作倀。所以事定之後，仍不得不分封他們，以資鎮攝。於是以尚可喜為平南王，鎮廣東；耿仲明為靖南王，鎮福建；吳三桂為平西王，鎮雲南；是為三藩。三藩之中，三桂功最高，兵亦最強。他當時用錢用兵，戶、兵二部，不能節制。用人亦不由吏部，謂之西選。西選之官半天下。清朝之於南方，簡直是徒有其名，不但鞭長莫及而已。然而「僨軍之將，不可以言勇；亡國之大夫，不足與圖存」，既已 
（tiǎn）顏事仇，忽又起而反抗，就不免有些進退失據：天下的人，未免要不直他；士氣亦易沮喪；和始終以忠義激勵其下的，大不相同了。這是三藩之所以終於無成。尚可喜受封之時，年已老邁。乃將兵事交給其兒子之信。久之，遂為所制。乃請撤藩歸老遼東。清廷許之。時耿仲明已死，傳子繼茂，以及精忠，和吳三桂都不自安，亦請撤藩，以覘（chān）清朝的意向。當時明知許之必反，廷議莫敢主持。清聖祖獨斷許之。一六七三年，三桂遂舉兵反。三桂的意思，本想走到中原，突然舉事的，而為清朝的巡撫朱國治所逼，以是不得不發。既舉兵之後，有人勸他棄滇北上。三桂也暮氣深了，不能用。三桂舉兵之後，貴州首先響應。明年，攻下湖南。廣西、四川，和湖北的襄陽，亦都響應。福建、廣東，更不必說了。於是三桂親赴常、澧（lǐ）督戰。派一支兵出江西，以應福建；一支兵出四川，以攻陝西。清朝的提督王輔臣，亦據寧夏以應三桂。三桂想親出兵以應輔臣，不曾來得及，而清朝的兵，反從江西打入湖南。三桂雖然回兵，把他打退，然自此遂成相持之局。這是於三桂不利的。而耿、尚二藩，又因一和鄭成功的兒子鄭經相攻，一苦三桂征餉，復叛而降清，三桂勢窮。乃於一六七八年，稱帝於衡州，注636以圖維繫人心。未幾而死。孫世璠立。諸將又互相乖離。一六八一年，清兵自湖南、廣西、四川，分三道入滇，世璠自殺。尚可喜先已為清人所殺，至此又殺耿精忠。中國大陸之上，就真無漢族自立的寸土了。
然而海外的台灣，還非清朝兵力所及。鄭成功以一六六二年卒，子經繼立。和耿精忠相攻。曾略取漳、泉等地。後為清兵所敗。並失金門、廈門，退歸台灣。三藩平後，清廷想照琉球之例，聽其不剃髮，不易衣冠，與之言和，而閩督姚啟聖不可。水軍提督施琅，本是鄭氏的降將，尤欲滅鄭氏以為功。一六八一年，鄭經卒。群小構成功之妻董氏，殺其長子克
。而立其次子克塽（shuǎng）。鄭氏內部乖離，一六八三年，施琅渡海入台灣，鄭氏亡。漢族遂全被滿人所征服。
【註釋】
注630 可法命劉澤清駐淮北，以經理山東；高傑駐泗水，以經理開、歸；劉良佐駐臨淮，以經理陳、杞；黃得功駐廬州，以經理光、固。諸將互相仇視。可法乃把高傑移到瓜洲，黃得功移到儀征。高傑感可法忠義，頗願為之用。多鐸陷歸德，傑進駐徐州。為睢州鎮總兵許定國所殺，定國降清。
注631 名振死後，把兵事都交給張煌言。鄭成功是受知於隆武帝的，魯王和隆武帝，曾有違言，所以成功不願推戴魯王，然和煌言甚睦。成功大舉入江之役，煌言曾分兵攻皖南。後因成功兵敗，乃收兵出浙東而還。
注632 今廣西西隆縣。
注633 騰越，今騰沖縣。高黎貢山，在保山之西，騰越之東。
注634 白文選從永歷帝入滇。李定國旋卒於緬甸。
注635 當時台灣為荷蘭人所據，見第二章。
注636 國號周。建元昭武。世璠改元洪化。