時間很快就到了萬曆四十八年（1620年），萬曆病重，臨終前，他依然對熊廷弼分外關注，別的奏疏可以不看，唯獨熊廷弼的奏疏非看不可，而且無一不批答。
然而遺憾的是，就在遼東局勢被熊廷弼搞得眼看就要扭轉，就要讓後金混不下去了的時候，萬曆皇帝在1620年去世了。
對於萬曆皇帝，傳統說法都說他二十年不上朝，酒色財氣，樣樣俱全，「明之亡，非亡於崇禎之失德，實亡於萬曆之怠政」。
而事實上，正是萬曆皇帝憑明朝一國之力打贏了抗倭援朝戰爭，在中國歷史上，能夠打敗日本的最高統帥只有唐高宗、萬曆皇帝和蔣介石，唐高宗是在663年派兵東征百濟時，日本派海軍援助百濟，兩軍於白江口（朝鮮西南錦江口）遭遇，唐朝海軍燒燬日本四百艘戰艦，大獲全勝，而這其實只是一場遭遇戰。
蔣介石抗日戰爭中敗多勝少，抗日戰爭共二十八場大會戰，蔣介石打贏了第一次長沙會戰、第三次長沙會戰、豫南會戰、隨棗會戰、上高會戰、鄂西會戰、粵北戰役、雪峰山戰役、緬甸會戰、豫西鄂北會戰、廣西反攻作戰這十一場會戰，徐州會戰和常德會戰可算作平手，此外，南口戰役、淞滬會戰、太原會戰、南京保衛戰、蘭封會戰、武漢會戰、南昌會戰、桂南會戰、棗宜會戰、中條山會戰、第二次長沙會戰、浙贛會戰、豫中會戰、長衡會戰、桂柳會戰這十五場會戰都以失敗告終，要不是有美國人幫忙，莫說八年抗戰，十八年都贏不了。
萬曆皇帝的抗倭援朝戰爭才是中國歷史上唯一一次單憑自己的實力徹底戰勝日本的大型戰爭。
一個能打敗日本的皇帝，為什麼會二十年不上朝？難道是因為他才導致明朝滅亡的嗎？別急，讓我們從頭說起。
1582年張居正去世，萬曆皇帝親政，那麼他的政績如何呢？萬曆三大征中，平定哱拜叛亂，萬曆皇帝安定了寧夏，平定楊應龍叛亂，安定了西南邊陲，抗倭援朝戰爭，更是打出了中華國威，把朝鮮從滅亡的邊緣拉了回來。即使是到了乾隆年間，出使北京的朝鮮使臣洪大容依然動情地說：「萬曆年間，日本倭寇大舉侵犯朝鮮，朝政糜爛，大臣毫無辦法，明神宗聚全天下的兵力，耗費全國的財力，用了七年之久的時間平定倭寇，到今天已經有二百年了，民生的安樂富足，都是明神宗的功勞啊！」1。
有的專家學者說萬曆縱情酒色財氣，並舉出萬曆十七年（1589年）十二月，大理寺左評事雒於仁的奏疏，該奏疏批評萬曆縱情於酒色財氣：
臣聞嗜酒則腐腸。陛下八珍在御、解酌是耽，卜夜不足，繼以長夜。此其病在嗜酒也；變色則伐性。陛下溺愛鄭貴妃，靡言不聽，忠謀擯斥、儲位久虛，此其病在變色也；貪財喪志。陛下傳索帑金，括取幣帛，甚且掠問宦官。有獻則已，無獻則譴怒，此其病在貪財也；尚氣則戕性。陛下今日榜宮女，明日貲中宮，此其病在尚氣也。
關於萬曆醉酒的問題嘛，按說明朝的正史記載是相當豐富，但是寫萬曆醉酒只有萬曆八年萬曆酒醉後讓太監唱歌那一次，其他並無任何記載說萬曆酒後誤事，男人嘛，多喝幾杯酒沒什麼，只要不誤事，根本就不能算罪行。
再說色，這個倒還不是沒有任何根據，《明神宗實錄》卷一七九記載，萬曆十四年（1586年）九月的時候，萬曆「頭暈眼黑，力乏不興，身體虛弱」，按說這是很正常的事，無非是四肢乏力，腦袋發暈而已，可是，有個叫盧洪春的禮部祠祭司主事卻藉機大做文章，他說：「醫家曰氣虛血弱，乃五勞七傷所致，肝虛則頭暈目眩，腎虛則腰痛精洩」，「陛下春秋鼎盛，精神強固，頭暈眼黑等症，皆非今日所宜有」，「果如聖諭，則以目前衽席之娛，而忘保身之術，其為患也深」。盧洪春的意思是，萬曆皇帝因為胡搞女人太多，腎虛，「腰痛精洩」，才導致得病。由此說萬曆皇帝好色。但凡有點醫學常識的人就知道他的話是否靠譜了，合著身體虛弱就是腎虛，腎虛是因為干女的，許多情況都會導致身體虛弱，比如勞累過度，比如身體其他疾病，盧洪春這種無端就把疾病同性慾聯繫起來的荒謬言論，在中國歷史上是很普遍的現象，舉個例子，魯迅有一篇文章說：「我從小就是牙痛黨之一……還記得有一天一個長輩斥責我，說，因為不自愛，所以會生這病的，醫生能有什麼法？我不解，但從此不再向人提起牙齒的事了，似乎這病是我的一件恥辱。……我後來也看看中國的醫藥書，忽而發見觸目驚心的學說了。它說，齒是屬於腎的，『牙損』的原因是陰虧。我這才頓然悟出先前的所以得到申斥的原因來，原來是它們在這裡這樣誣陷我。」（《魯迅全集》第一卷《從鬍鬚說到牙齒》）
牙痛居然跟陰虧聯繫到一起，最後定性為不自愛，胡搞女人。這就是中國古人的邏輯。你說，這種邏輯靠譜嗎？
關於正史記載萬曆好色的證據也就是《明神宗實錄》卷一七九的這篇奏折的不靠譜的分析了。至於野史的記載嘛，據《萬曆野獲編》記載，萬曆皇帝在夏天明月高懸時，便與宮女嬉戲，他讓宮女四處捕捉螢火蟲，裝入袋子裡，在和宮女嬉戲時將螢火蟲放出來，螢火蟲落到哪個宮女身上，他當晚就臨幸哪個宮女。因此宮女為得到萬曆寵幸，紛紛把能吸引螢火蟲的香水灑在身上。秋天，萬曆在紅葉上寫下唐朝王建的宮詞前兩句，「金殿當頭紫閣重，仙人掌上玉芙蓉」，然後讓宮女寫宮詞的後兩句，「太平天子朝元日，五色雲車駕六龍」，而後把紅葉都拋到御溝中，如果萬曆寫字的紅葉和宮女的紅葉能漂到一起，就令人取出紅葉看，這張紅葉是哪個宮女的，萬曆就臨幸哪個宮女。到了冬天，萬曆會挑選美女和他一起在洛陽殿池子裡玩鴛鴦戲水，沐浴後在錦榻上擁美女喝酒。
這種野史的記載完全不靠譜，供人一笑尚可。
萬曆好色說完了，再說萬曆貪財，為什麼一個皇帝居然會被自己的大臣說成是貪財？日本明史專家田口宏二朗說：
明代財政體系當中帝室也有某收入和經費，從內庫的收入來講，確有金花銀（折糧銀）和慈寧宮籽粒等重要的帝室經費來源。不過這些收入並不能算作帝室專用的項目。例如金花銀原來是江南等地區的田賦，是屬於戶部管理的部分。嘉靖年間以後，這個項目雖然逐漸變成內庫的收入來源，但到明末戶部也一直干預金花銀的收取和開銷……可以說除了若干莊田收入等等以外，帝室原來沒有專項財源。
換句話說，萬曆皇帝之所以「貪財」，是因為皇室沒有專項財源，於是不得不想方設法去獲得一些私房收入，這才是所謂「萬曆貪財」的實質所在。
最後說氣，這指的是萬曆皇帝脾氣大，那麼萬曆皇帝脾氣有多大呢？萬曆二十四年（1596年），張養蒙在奏折中給萬曆扣上了好逸、好疑、好勝、好貨四大罪名，結果萬曆一笑了之，壓根兒沒理他。田大益在奏折裡把萬曆同夏桀、商紂王、周幽王、周厲王、漢桓帝、漢靈帝、宋徽宗等昏君並列在一起，難道把日本打趴下，三百多年才緩過勁來的君主就成了這個樣子？顯然，田大益是血口噴人，萬曆皇帝依然沒理他。吏部尚書趙煥指責萬曆不上朝，上奏說：「等到有一天薊門遭到蹂躪，鐵蹄兵臨京郊，陛下您還能高坐在深宮中，以生病為理由推辭不上朝嗎？」2
蔡明倫在《論明萬曆中後期言官對神宗的批判》說：「這完全是毫無忌憚、汪洋恣肆，把神宗罵得體無完膚」，這是「士風日下，部分言官出於沽名釣譽的私心而故意聳人聽聞」，「隨著明朝中後期士風之日下，士大夫變得趨炎附勢，追逐名利，好名之風頗盛」，「既然進言能帶來這些好處，一旦冒險成功，陞官會比正常情況快，所以一些言官在進言時惟恐不能激怒皇帝，甚至聳人聽聞，故作激切，以遂其私」。
面對這些言官的污蔑，萬曆皇帝在萬曆十八年說：
汝等於常時每每歸過於上，市恩取譽。輒屢借風聞之語，訕上要直，鬻貨欺君，嗜利不軌，汝等何獨無言，好生可惡，且汝等不聞「宮中府中事皆一體」之語乎？何每每搜揚君過，沽名速遷為？
大臣也有許多同情萬曆皇帝的，比如於慎行就說：「當今聖上在位日久，熟知人情，每次看見言官罵自己的奏折，就說：『這就是那老一套（此套子也）。』對於直言激切，直接罵得很厲害的，有時萬曆皇帝全不動怒，說：『這不過是沽名釣譽，如果重重處罰他，反倒成就了他的名聲。』」（《谷山筆塵》）
雒於仁說萬曆皇帝酒色財氣，酒沒什麼，色沒有確鑿證據，財有特殊原因，氣根本就不對，於是萬曆皇帝這次真動氣了，說要收拾雒於仁，首輔大學士申時行說陛下如果要處置雒於仁，無疑是承認雒於仁的批評是確有其事，外面的臣民會信以為真。最後，萬曆將雒於仁革職為民。在處理這件事的過程中，萬曆對申時行等人說：「他說朕好酒，誰人不飲酒？又說朕好色，偏寵貴妃鄭氏。朕只因鄭氏勤勞，朕每至一宮，她必相隨。朝夕間她獨小心侍奉，委的勤勞……朕為天子，富有四海之內，普天之下，莫非王土，天下之財皆朕之財……人孰無氣，且如先生每也有僮僕家人，難道更不責治？」
說完了酒色財氣，現在說萬曆皇帝二十年不上朝的問題，有清史大家說萬曆皇帝不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講。所謂不郊就是不親自祭祀天地，不廟就是不親自祭祀宗廟，不朝就是不上朝，不見就是不接見大臣，不批就是不對大臣的上疏做批示，不講就是不參加經筵講席。
這六項當中除了不朝、不見、不批以外，其他三項都只是形式禮儀上的套路，對處理國家政事而言，並沒有實際意義，將之上綱上線，作為怠政的表現，是小題大做。
萬曆之所以不做這三項，是因為他的身體很差，行動不便。楊仕和《南渡北歸》的作者岳南在詳細記載發掘萬曆陵墓過程的《風雪定陵》一書中說：
萬曆一生多病，經常服藥一事，文獻都有記載。但隨著國本之爭愈演愈烈……臣僚們便把他的病源歸罪於酒色過度……即使今天的明史研究者，尚有一些人與三百年前的臣僚持同一觀點。其實，面對定陵出土的實證，應該打破這種近似偏見的結論。因為無論是棺內萬曆右腿蜷曲的痛苦形狀，還是屍骨復原後，右腿明顯地比左腿短的情形，都足以說明這位皇帝生前確實患有嚴重的足疾。有了這樣的實物作證，而再以陳腐的觀念，把萬曆的「足心疼痛、步履艱難」，一味地歸結於貪戀酒色所致，這就難免有失歷史公允了。（第十四章《打開皇帝棺槨》）
至於不朝、不見嘛，的確如此，但不批則絕對不對，萬曆皇帝是二十年不上朝，但不代表二十年不辦事兒，要不然腦袋早搬家了。
黃仁宇說：「萬曆大部分情況下僅僅是對那些遞補職位空缺，以及沽名買直，搬弄是非，動輒抗議漫罵的上疏不加批示，除了不理上述性質的文件以外，他照常批閱其他奏疏。」
樊樹志在《晚明史》中說：「神宗在此後的二十多年中，處理朝政的主要方式是透過批閱奏疏，發佈諭旨來進行。他始終牢牢地掌握著朝廷的大政方針，這從萬曆三大征的全過程可以看得很清楚。」
綜上，萬曆皇帝雖然二十年不上朝，但這二十年他一直在處理政務，也就是說，雖然萬曆皇帝二十年不上朝，也並沒有對國家政治的運行造成什麼實質意義的影響。
萬曆皇帝是個追求真實的人，不喜歡祥瑞之類的造假，《明神宗實錄》記載，有一天文華殿角門的石礎，忽然顯現「天下太平」的字樣，大臣都以為是祥瑞，萬曆很不高興地說：「這是造假！」皇宮中一旦有這一現象，素來都當作吉兆，然而萬曆卻當場戳穿，可見他是個毫不虛偽的君主。
這點比起後世稱作一代英主的雍正皇帝強多了，雍正喜歡聽人報告祥瑞，例如有人報告一顆玉米長四個穗子，稻田禾苗長數尺高，皇陵出現五色祥雲，等等，雍正都對報告者加官晉爵。
人無完人，萬曆的確有值得抨擊之處，那就是萬曆後期對於太監的橫行不管不問。
萬曆剛即位時，他對於太監的不法也是想管的。一次萬曆跟大太監馮保去內市，發現宮裡有什麼，內市裡就有什麼，萬曆問：「這究竟是怎麼回事？」
馮保：「這些東西都是宮裡出來的，先皇也知道這種情況，於是就用銀子在這裡買，贖回去。」
萬曆：「朕不讓這些東西流出不就行了？而且這些東西大到鏡架，小到珠寶，是怎麼從宮中出來的？每次宮裡人出來，不是都有搜檢（安檢）嗎？」
馮保：「陛下，從宮裡出來的，只有一樣是不用搜檢的，那就是糞車，這些從宮裡偷東西的都是通過糞車運出來，總不至於糞車出宮的時候也檢查吧？」
萬曆一聽，明白了，但他不甘心，他先後想了七個辦法來治偷東西的，第一個辦法是查宮中太監的祖宗三代，看是不是根正苗紅，但這條沒用，越是根正苗紅的，家裡越窮，越窮就越偷。
於是萬曆想了第二個辦法，清點宮中財物。他下令把宮中物品一樣樣登記造冊，但也沒用，宮裡的東西，先用糞車從外運進來一個假的，放在那登記造冊，然後再把真東西運走，結果導致宮裡的東西假貨越來越多。
萬曆一看不行，就想了第三個辦法，加稅。萬曆下令在內市徵收高額賦稅，但是也沒用，你加稅，內市加價，嘉靖年間賣十兩的珠寶，此時賣兩百兩，照樣有人買。
之後萬曆想了第四個辦法，下令對從宮中偷東西的嚴加懲罰，可是也沒用，太監的命根都剁沒了，還怕死？死就死了，不死就賺了，接著干。
之後萬曆想了第五個辦法，對太監們進行教育，說這些宮裡的財物都是大明朝的，要愛惜，但也沒用，太監們覺悟沒萬曆爺那麼高。
而後萬曆想了第六個辦法，減少內市的開張時間，本來內市在每月二日、十二日、二十二日開張，萬曆下令改為每月只在十二日這一天開張。可還是沒用，內市雖然只開一天，但變成了日市加夜市，一天一夜連軸轉，照樣不耽誤。
最後萬曆怒了，想取消內市，馮保說：「陛下取消了內市，東西就不通過內市往外賣了，今後宮裡的東西被偷出去連回都回不來了。」萬曆一聽，徹底無語，從此對內市不管了，對太監也不管了。這樣就有了萬曆後期太監的胡作非為。
萬歷時，太監高寀奉旨去福建徵稅，爪牙魏天爵、林宗文兩人千方百計向他獻媚，有一次提供一個秘方，說活取一千個小兒的腦髓作為藥引子，可以使睪丸重新長出來，而且能御女生子。高寀非常高興，就派親信購買幼童，敲開頭顱骨，取出腦漿。貧困的百姓不知高寀的「妙用」，有的就把親生骨肉賣給他；市井無賴還用蒙汗藥誘捕民間的兒童，獻給高寀，換得重賞。高寀害死了許多人，以至於稅監府院裡的水池中，白骨纍纍。但是，他的性功能並沒有半點兒的恢復。吳承恩得知此事後將其寫進了《西遊記》，詳見比丘國那段。
而在萬曆後期，有個小太監把假陽具插入宮女的下體，沒想到拔不出來了，那女子竟活活脹死。（《萬曆野獲編》卷六）
萬曆四十八年（1620年）七月二十一日，長期被病痛折磨的萬曆皇帝去世，年五十八歲，謚號「范天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝」，史稱明神宗。
三百三十八年後，1958年9月19日，安葬萬曆的定陵在當時的北京政府主持被挖開，參加挖掘的考古工作隊隊長趙其昌在日記中十分詳盡地這樣描述了進入萬曆地宮的情景：
我顯然是置身於這陰間世界中了。彷彿覺得前方就有陰間的人影，他們的腳步在走動，他們的鼻息在輕輕地呼吸。他們靜靜地望著外邊，望著我們的一舉一動。
此時，我感到這是一個沒有星星也沒有月亮的夜晚，天空正飄落著毛毛細雨，我獨自走到一塊荒無人煙的墓地，野草叢生、碑石林立，貓頭鷹依石而臥，黑暗裡瞪著圓圓的、綠綠的眼睛衝我發著燦燦光芒，刺進我的心臟、我的肺管、我的血液，使我越發慌亂和沉悶，四顧茫然而不知所措。
我想快速離開這陰森可怕的墓地，想盡量不發出一絲響動，免得引起死神的注意和追趕，但腿卻在荒草泥濘中不能自拔，陰風淒淒、霧雨迷濛，似有亡魂用手輕輕擋住我的眼睛，又好像死神在背後用力拽扯我破碎的褲管，我感到死屍的魂靈就在眼前，他那粗獷的鼻息熱烘烘地在我臉上噴射，既像人，又像是渾身長毛的怪物，輕輕地、無聲無息地引我前行。我知道這是幻覺，盡量保持頭腦清醒。我在心中默念著，這雖是在幽黑的暗夜裡穿行，但我仍置身於風塵飄搖的陰間世界。我是生活在陽間的人類來到陰間探索死神的秘密。但這種默念效果，似乎起不了多少作用。因為塵世間的煩惱憂愁、悲歡離合、恩恩怨怨、情情愛愛，統統都在心中消失。
我記不起我來自哪裡，要向哪裡去。沒有太陽也沒有月亮，路也沒有盡頭，前方一片蒼茫，似是秋後的茅草地，又似一片乾裂的沙灘。我甚至都忘記了自己父母的容顏，並連自己的生存也不再記起，整個身心進入一個虛幻縹緲的世界。似入仙境，又似魔窟，天地一片混沌，陰陽融為一體，萬事萬物都成為似有似無，似明似暗神秘莫測、變幻無窮的東西。這種東西組成了一個誘人的世界，讓人去尋覓，又讓人望而卻步……（《風雪定陵》）
直接參與定陵發掘的人員，都未能善終：力主發掘的明史專家吳晗獄中自殺，死前頭髮被拔光；擔負發掘指揮工作的鄭振鐸在出訪阿富汗和阿拉伯聯合共和國的途中，飛機失事遇難；開棺時的攝影師劉德安上吊了；考古專家白萬玉神志不清，腦溢血去世……而關於萬曆皇帝的真相，酒色財氣的指責大多靠不住，二十年不上朝對國家並沒造成什麼影響，一場抗倭援朝戰爭足以讓他名垂青史。
那萬曆皇帝執政的主要過失究竟是什麼呢？我們該如何評價他呢？談遷《國榷》中收錄的民族英雄夏完淳的父親夏允彝對萬曆皇帝的評價，是我覺得最客觀的：
「萬曆皇帝幼年繼位，聰明睿智，一開始用張居正為內閣首輔，依法治國，朝令夕行，雖然有些過於苛察，但是人們守法嚴謹。萬曆注重邊防，用大帥戚繼光在薊鎮，以譚綸為督撫，一切唯戚繼光之言是從。戚繼光修建寨堡，又把自己在浙江練的昔日打倭寇的軍隊調到北方來與北邊的軍隊一起訓練，於是蒙古人二十年不敢犯邊。萬曆皇帝用李成梁大帥在遼東，李成梁敢戰深入，把東北各族殺得畏服。」
「張居正驕悍，妄自尊大，最終他去世後全家倒霉了。接替張居正的人則遠遠沒有張居正的才能，於是萬曆皇帝大權在握。萬曆為政寬大，人皆樂之，府庫充實，士大夫都珍視氣節，雖然沒有姚崇宋璟那樣的宰相，但與開元盛世不相上下。但自從鄭貴妃得寵後，萬曆皇帝就逐漸怠政了，滿朝文武紛紛上奏，萬曆皇帝更加厭惡，於是把這些大臣一個個罷免。但剩下的大臣一個個上奏勸皇帝勤政的呼聲更高了。萬曆一看，乾脆不如不理，從此不上朝。此後吏治廢弛，風俗大壞。遼東一出事兒，將駑兵驕，練兵就要花錢，只能加稅，賦稅越來越高，老百姓越來越窮，於是流寇揭竿而起，朝廷土崩瓦解。胡虜和賊寇進攻越急，朝廷朋黨內鬥越甚，雖然持論者各有短長，但可以定論的是朝廷裡的小人都是真正的小人，君子未必是真正的君子。老百姓越窮，當官的越貪污，風俗日壞，將士不知殺敵，只知害民，百官不知做事，只知聚斂，最終崇禎以一天上朝兩次的勤政，也於事無補，只能任由明朝土崩瓦解。」