明朝遼東局勢可以力挽狂瀾者：
熊廷弼，被魏忠賢陷害斬首後傳首九邊；
毛文龍，被袁崇煥殺了；
孫承宗，由於過於勞累，身體越來越差，經常便血，不能騎馬，難以大用了。
除此三人外，最可用的就是袁崇煥了，結果被崇禎一千五百刀剁了。
遼東局勢已經糜爛。就在己巳之變的前一年，陝西發生大饑荒，最終導致明王朝的終結者李自成、張獻忠造反，如果說同時面對兩線作戰，本已虛弱的明王朝很捉襟見肘的話，那麼貴州的奢安之亂更是讓明朝三線作戰了。還好，一位美女軍事家橫空出世，她在平定奢安之亂中立下大功，最終使得明朝由三線作戰變為兩線作戰，她就是前面己巳之變中進京勤王的中國最美女軍事家秦良玉。
秦良玉，字貞素，1574年出生，四川忠州（今重慶忠縣）人。她文武雙全，善騎射，通詩文，且長得很漂亮（儀度嫻雅）。根據重慶官方對秦良玉所遺留下來的藍緞平金繡蟒袍測定，其身高186cm左右。
秦良玉有兩個哥哥、一個弟弟，她是家中唯一的女孩，父親尤其愛她，認為雖是女孩子，也應學習武藝，天下未亂蜀先亂，天下已平蜀難平，四川一帶經常戰亂，如果不會武藝，就只能「徒為寇魚肉」。
1599年播州（貴州遵義）宣慰使楊應龍發動叛亂，史稱播州之亂，這是秦良玉軍事生涯的開始，在平叛戰爭中，秦良玉初露鋒芒，「連破金築七塞，取桑木關，為南川路戰功第一」。1613年秦良玉的丈夫馬千乘被太監邱乘雲誣陷，冤死獄中，對於秦良玉這樣的世襲土司，朝廷的規定是如果父親死了，兒子繼任，如果兒子年幼，就讓妻子來繼任。少數民族不像漢族那樣只能父死子繼或兄終弟及，不能讓女人擔任政治職務。
1621年沈遼之戰，努爾哈赤攻陷瀋陽、遼陽後，四川土司永寧（治所在今四川省敘永西南、轄境相當今敘永、筠連、古藺等縣地）宣撫使奢崇明和兒子奢寅上奏，自請調馬步兵兩萬援遼，明熹宗一看，正愁東北沒有精兵呢，少數民族驍勇善戰，能為朕分憂再好不過。但明熹宗沒想到的是，奢崇明的軍隊不是平亂的，而是造反的。奢崇明派遣部下樊龍、張彤在從自己的地盤出來後，並不是沿途跟當地交涉行軍，而是直接走到哪殺到哪，九月十七日他派兵進攻重慶，很快佔據重慶，攻合江，破瀘州，陷遵義，建國號「大梁」。連戰連勝後，奢崇明、奢寅父子率軍數萬分道向成都進發，先後攻陷富順、內江、資陽、簡州（四川簡陽）、新都、龍泉（四川成都東南附近），十月十八日，包圍成都。
此時成都守軍只有兩千人，布政使朱燮元指揮成都保衛戰。奢崇明父子的叛軍用皮革作掩護蒙在戰車上向前推進，朱燮元下令開炮，戰車被明軍火炮擊毀。於是叛軍手拿乾柴填滿護城河，建起土壘，形狀類似竹屋，叛軍躲在土壘下，一方面躲避城上的滾木礌石，一方面在此用弓弩向城上射箭。朱燮元在城上用竹子做成簾子的形狀，以抵擋叛軍箭鏃，到了夜晚，朱燮元派勇士縋城而出，火燒用乾柴做成的土壘，將土壘下的叛軍全部燒死。
第二天，叛軍四面架起望樓，與城牆一邊高，通過望樓攻城，朱燮元依然是火攻，派人出城放火，將望樓燒燬。就這樣，叛軍佔不到絲毫便宜，相持數日後，又來了幾千叛軍援兵，他們推著一個狀如大船的東西，高一丈多，長約五百尺，裡面有好幾層，最上面站著一個人，這個人披頭散髮，手拿寶劍。這種武器載數百人，士兵拿著弓弩和有毒的箭鏃，前面用牛牽引，後面有人推著。
城上守軍見狀，大為恐慌，朱燮元說：「大家別怕，這是呂公車，我有辦法破它。」
之所以這種武器叫呂公車，是因為其最早原型是由呂尚，也就是姜子牙所造。周文王討伐商紂王死黨崇侯虎的時候，周文王姬昌初戰不利，大臣畢公高說：「我看這城外樹木很多，不如砍下建造高車，把整根的粗大木頭放在車上，等到半夜時候，悄悄地把車推到城邊，每車用二十名壯士推動木頭，去撞擊城牆，不管它多麼堅固，也一定會撞倒。」周公姬旦說：「如果敵軍在城上把矢石拋下，我車上壯士不是要受傷麼？我有一個辦法，索性把車造得極高，高到超過他的城牆，可以臨城俯視他們。車上壯士，各執戈矛弓箭，到了城邊，併力和城上守軍交戰。他們保衛自己還來不及，怎麼有工夫去拋矢石？」姜子牙說：「車上還可以再設兩個搭鉤，等到車到城邊，便用搭鉤鉤住城堞，車上壯士就可以跳上城去。」於是周文王把這三個人的建議綜合一下，建造了這種新式攻城武器，由於這三個人裡姜子牙（呂尚）最有名，所以這類武器被後世稱作呂公車。
朱燮元一眼識破叛軍這種武器屬於呂公車的範疇，在戰場上，對於一種大家沒見過的新式武器，如果沒有人能站出來貌似很懂地說出關於這種武器的情況，那麼士兵很容易被嚇得不知所措，而只要主帥一下子把這種大家沒見過的武器講出門道，頓時就會穩定軍心。士兵們跟著朱燮元這樣靠譜的統帥自然會備感踏實，有這樣一種安全感，再大的敵人也能戰勝。
面對呂公車，朱燮元下令運來一批大木頭，長木為桿，短木為軸，軸上套巨索，轉索就能運動桿，通過這種類似拋石器的武器，發射千斤巨石，打出兩個巨石後，呂公車就被砸壞了，而後朱燮元下令用巨石砸前面牽引呂公車的牛，牛被砸得疼痛不已，掉頭就要跑。朱燮元一聲令下，明軍從城中殺出，最終大破城外叛軍。
可是，畢竟城內守軍只有兩千，越戰越少，而城外叛軍有兩萬，朱燮元派兵突圍，請求美女軍事家秦良玉和貴州巡撫發兵。此時奢崇明與朱燮元都在爭取秦良玉，足見秦良玉的作用。
秦良玉對奢崇明派來的人說：「你沒聽說過我們秦家世代忠良嗎？我的哥哥秦邦屏、秦邦翰都在剿滅奴賊（努爾哈赤）的戰鬥中殉國了，只有我弟弟秦民屏從遼東歸來，現在他的戰創已經痊癒，我們姐弟當效死報國！」說罷拔劍砍死了奢崇明派來的人。
秦良玉派兵四千進駐南坪關（今四川南川西南），扼重慶叛軍歸路，又分兵守忠州（今重慶忠縣），秦良玉自統精兵六千自重慶沿江西上。貴州巡撫李標也派兵救援朱燮元。十月至十二月，秦良玉和李標共消滅叛軍一萬餘，先後收復遵義等地。
吳熾昌《客窗閒話》中記載了秦良玉與叛軍作戰的這樣一個故事：一次敵人來了，秦良玉率軍千人，每人拿一張可一發十矢的弩，她率這些弩兵射退了敵軍，隨後乘勝進軍，接連收復三百里土地。她在此建立大寨居中，派親兵在周圍建立小寨，拱衛大寨。她將人民中強壯的挑出來進行軍事訓練，在達到人和後，她在地利上下功夫，在寨外挖掘壕溝，壕溝裡放有毒的蒺藜，上面鋪上不結實的板子來隱蔽。在壕溝周圍設置機關，一旦敵人踩上，機關就發射有毒的箭鏃。在寨邊的屋子裡，她把老花鏡和近視鏡摞在一起，裝在筒中，這可能是中國最早的望遠鏡，本來寨就在高處，再如此設置，兩眼5.2的能看清百里外的人馬，這就是觀察哨。然後為了讓情報傳遞快，她用長繩把寨邊的觀察哨裡懸掛的鈴鐺與寨內連接，在觀察哨的士兵把觀察到的情況寫下來後，一搖鈴就有人聽見聲音，從而過來取情報，這個觀察哨被秦良玉稱作「天觀」。
怎麼樣，這個女人不尋常吧？——更絕的還在後頭！秦良玉懂物理，根據固體傳聲最快的原理，她在地上放陶器，讓人用耳朵伏在上面聽，這樣的話幾十里外的人喊馬嘶都能聽見。聽見後報信的方法與觀察哨一樣，這個東西被秦良玉稱作「地聽」。除此之外她還派大量間諜打入奢崇明內部，以獲取情報。
防禦做得差不多了，該準備進攻了，秦良玉苦練精兵，她發明了一種先進的陣法——連翔陣。這種陣法是每名士兵拿一個噴筒，把用毒藥煮過的細沙晾乾後放入筒中。每支拿噴筒的隊伍都有弓弩手護衛。交戰時先把噴筒中的有毒的沙子往敵人眼睛裡灑，敵人眼睛疼得睜不開後弩兵用箭射死敵人。此外秦良玉還對營寨做了其他設計，做的什麼設計呢？一會兒仗一打起來您就明白了。
秦良玉在軍隊、地利、情報、陣法都準備得差不多了時，敵人才來進攻。不知奢崇明是怎麼搞的，也許他是一直害怕秦良玉吧，居然在秦良玉萬事俱備的情況下派兵發起進攻。
奢崇明估計秦良玉在這一帶設了機關，於是讓叛軍驅趕著牛羊駝馬在前，土車在中，叛軍在最後。走到壕溝時，動物們踩在板子上後掉進壕溝被蒺藜扎死，有的動物踩上了機關，於是中箭而死。叛軍將動物的屍體和土車用來填平壕溝，隨後踩著被填平的壕溝衝入寨內。此時秦良玉率軍撤退，並留下大量糧食，叛軍爭搶糧食。不久營寨地震，頃刻間寨塌了，糧食中的火箭、火球射出來，叛軍死了幾千，爭著往外衝，此時秦良玉在寨外的兵將叛軍堵截後全殲。這是十月至十二月期間秦良玉最大的一場勝利。
在中國古代，女人受著三從四德的約束，在外面獨當一面的人很少，像秦良玉這樣的傳奇女軍事家就唯此一人了。
張懷渭《題秦太保良玉傳》：紅妝玉貌秦將軍，團花袍蹙金麒麟；橫戈革檄東南征，三十萬眾箭飛蚊。奢酋播州昆岡楚，白桿所到山嶽分；燕山十月雪風顛，披裘徒念征夫寒。速寄冬衣千五百，天家不費司農錢；九重詩到字龍虎，平台拜贈天顏歡。歸來萬馬求蠶叢，奪得汝才大纛舞；歸巫之山賊所營，下瞰我軍如建瓴。本兵不恤全蜀傾，巡撫巡按安足雲；將軍掃境怒目嗔，帳下女兒皆鐵甲；縱橫風雨矗三峽，扼十三隘誰力爭；一腔血灑蚊龍匣，鼎湖弓劍散人間。回首恩波四十年，金甌破碎石柱存；江天北望空涕漣，當時杖劍皆如此；那有麼不可止；嗚呼，巾幗中有奇男子。
秋瑾：其一：古今爭傳女狀頭，誰說紅顏不封侯。馬家婦共沈家女，曾有威名振九州。其二：執掌乾坤女土司，將軍才調絕塵姿。花刀帕首桃花馬，不愧名稱娘子師。其三：莫重男兒薄女兒，平台詩句賜娥媚。吾驕得此添生色，始信英雄曾有此。
用美國作家米勒的話來形容秦良玉的事跡再恰當不過，「女人看似柔弱、沉默，其實她們比男人更加堅韌，道德和良知更加堅定，能夠面對人生巨大的變遷和伴侶的興衰浮沉，並能在關鍵時刻比男人更果決、更富有遠見。」
秦良玉的事就說到這。
另一邊，朱燮元在秦良玉連戰連勝之時，也繼續著此前的勝利。他誘使包圍成都的叛軍頭目羅干象反正，天啟二年（1622年）正月二十九日，朱燮元以羅干象為內應，又遣部將設伏詐降，誘奢崇明至城下，再敗其軍，成都解圍。歷時將近四個月的成都保衛戰勝利結束。朱燮元乘勝出城追擊，先後收復資陽、內江、簡州、瀘州等四十餘州縣，明熹宗升朱燮元為四川巡撫。
就在成都剛剛解圍的時候，貴州水西（轄鴨池河以西地區）宣慰土同知安邦彥發動叛亂，自稱羅甸大王，很快率軍殺到貴陽城下，叛軍包圍貴陽，相持數日，貴陽城中糧絕，於是吃糠麩，糠麩吃完了，吃草，草吃完了，吃戰死的將士的肉，死人吃完了，就殺活人，甚至吃親生骨肉，連貴陽知縣周思稷都自殺了，以自己的肉來作為軍糧。貴陽總兵張彥芳公開組織殺人，人肉四斤值銀一兩。貴陽被圍一年後，新任貴陽巡撫王三善才為貴陽城解圍。一年下來，貴陽四十萬百姓僅剩兩萬多人。
之所以貴陽一直沒有被解圍，是因為秦良玉率軍去收復重慶了，朱燮元率軍去收復四川的失地了，自然沒人管貴州了。天啟二年五月二十八日，秦良玉所部收復重慶。至1623年叛亂被平定，奢崇明父子俱受傷而逃，投奔安邦彥。明熹宗令廢奢崇明父子原先管轄的永寧宣撫司，設道府治理其地。
在奢崇明父子被平定之後，還來不及對此二賊首斬草除根，朱燮元就要投入對安邦彥的圍剿戰爭。由於戰爭涉及四川、貴州多支軍隊，指揮不靈，叛軍屢戰屢勝，解了貴陽之圍的王三善被叛軍斬殺，安邦彥所部發展到十萬人。1628年新繼位的崇禎任命在平叛中一直表現突出的朱燮元為兵部尚書，總督雲南、貴州、四川、廣西軍務，並任貴州巡撫，一切大權交給他。1629年朱燮元在永寧之戰殲滅叛軍主力，安邦彥、奢崇明被殺（此前1626年奢寅已經被部下殺死）。至此奢安之亂（奢崇明、安邦彥之亂）被徹底平定。
奢安之亂叛軍共被斬首兩萬八千人，被俘一萬兩千六百人，明軍陣亡兩千六百八十八人。奢安之亂是壓垮明朝的第一根稻草，奢安之亂時的明朝還要與後金作戰，兩線作戰力不從心，剛平定奢安之亂，就發生了全國性的饑荒，李自成、張獻忠相繼崛起，最終敲響了大明王朝的喪鐘。