獻帝初平元年（190）春天，剛剛把持了朝政的董卓還沒有來得及享受權力的快感，迅即遭到了關東聯軍的集體聲討。
按照董卓的脾氣，應該立即放涼州軍出關，把袁紹、袁術、曹操這些人全部解決了，論實力他有這個把握，但他卻不能這麼做，因為在他的背後有日益壯大的白波軍，以及駐紮在關中地區的一支由名將皇甫嵩率領的中央軍。董卓考慮再三，認為當前不能對關東聯軍強攻而只能智取，要設法激化他們內部的矛盾，讓他們產生分裂。同時也得做出另一手打算，如果不能消滅關東聯軍，乾脆遷都長安。
董卓想到這個方案的時候一定很高興。他召集朝臣們開會，宣佈了這個計劃。原本以為經歷了廢立事件已經沒有人再會反對他，但這一次他錯了。司徒楊彪、太尉黃琬、司空荀爽等重臣齊聲反對，董卓看見反對的人份量很足，不敢輕易動粗，而是拿出了一本《石包讖》的神秘預言書，上面說後漢經歷十一世皇帝以後應該遷都。
但董卓又錯了，因為玩這個顯然更不是他的強項，楊彪直接斥責《石包讖》為妖書：「遷都是天下大事，盤庚遷都亳邑，百姓無不怨恨。過去關中遭王莽破壞，所以光武帝才遷都洛陽，經過這麼多年，百姓安樂。現在無故放棄宗廟、園陵，必然使百姓驚動，勢必如用滾開的水去煮稀粥一樣，造成全盤混亂。《石包讖》是妖邪之書，豈可相信！」
楊彪的父親楊賜當過漢靈帝的老師，向來以敢說真話著稱，在這方面楊彪一點兒不輸於他爹。董卓耐著性子聽楊彪說完，然後說：「關中肥沃富饒，所以秦得而併吞六國。隴右出產木材，杜陵有武帝留下來的陶器作坊，都可以利用。至於百姓議論，那算什麼？如果敢反抗，我以大兵驅之，把他們都趕到大海裡餵魚蝦！」楊彪仍然反對：「天下大事發動容易，收拾殘局很難，請慎重考慮！」董卓有些不耐煩了：「你打算破壞我制定的國策嗎？」楊彪還沒說話，太尉黃琬站出來支持楊彪：「楊公所說有道理，值得參考。」
董卓黑著臉，不吱聲。荀爽一看楊彪可能有危險，趕緊出來打圓場：「相國哪裡喜歡遷都，只是關東兵起，不是一天兩天可以解決，所以才遷都以應對，這正是效仿秦、漢，借山川之勢來控制天下啊！」
聽荀爽這麼一說，董卓的氣才消下去一些。但是董卓當場免除了楊彪、黃琬等人的職務，提拔王允當司徒，趙謙當太尉。董卓還明確，王允作為自己的助手負責具體落實遷都事宜。
董卓一直想找個人當助手，尤其決定遷都後得長安、洛陽兩頭跑，自己一個人實在忙不過來，在選擇王允之前他看好的人是朱俊，朱俊是當年討伐黃巾軍的3位主將之一，在軍中素有威望，還擔任過全國武裝部隊副總司令（右車騎將軍），如能為己所用，那再好不過。
朱俊此時的職務是河南尹，董卓派使者向朱俊宣讀委任詔書，任命他為太僕，並且明確是相國的副手，但朱俊不願意接受，對董卓的使者說：「朝廷要西遷，必然讓天下人失望，正好助長了關東聯軍的聲勢，我不知道這行不行。」使者對朱俊說：「任命你你拒絕接受，沒問你西遷的事你卻說這麼多，為什麼？」朱俊至少也是朝廷的部長，一個下級官吏口氣不誠不敬，讓朱俊很惱火：「副相國不是我所能稱職的，遷都是錯誤的，這件事很緊急。辭去不堪之任，陳述當下之急，沒什麼不妥吧？」朱俊再三推辭，董卓只好作罷，讓時任尚書令的王允當太僕。
在用人方面董卓最近總是吃虧上當，上過伍瓊、周毖的當，又上過鄭泰的當，眼前這個王允也是一名黨人，曾與前大將軍何進以及袁紹等人一起奮不顧身地同宦官做鬥爭，對於這段淵源董卓竟然不夠瞭解，與剛剛被殺的伍瓊等人相比，王允才真正深不可測。
董卓現在特別欣賞王允，這是因為王允特別能裝，對於董卓做出的決定王允從不當面反對，派給他什麼活，他都積極去落實。董卓對王允很滿意，讓他負責具體的遷都事宜，好讓自己全力以赴部署與關東聯軍作戰的事。
要遷都長安，必須先解決在關中手握重兵的左將軍皇甫嵩，董卓想了一個辦法，他以天子的名義征皇甫嵩為洛陽城城門校尉。
長安要成為新首都，長安所在的京兆尹就相當於河南尹了，也十分重要。目前擔任京兆尹的是蓋勳，就是洛陽大閱兵時跟靈帝在閱兵台上對過話的那個人，董卓以天子的名義征他為議郎。誰都能看出來，這是要解除二人的兵權。
詔書送達關中，皇甫嵩的長史梁衍建議：「董卓霸佔京師，擅自廢立，現在又征將軍您，您如果去了，大則有生命之危，小則受困遇辱。趁現在董卓還在洛陽，天子即將西來，將軍可以率眾迎接至尊，奉令討逆，袁紹等人在東，將軍您在西，董卓可擒！」但皇甫嵩不敢接受這一類的建議，而是到洛陽就任。皇甫嵩一走，蓋勳即使有想法也孤掌難鳴，只好隨後去了洛陽。看到皇甫嵩自動送上門來，董卓大為高興。
去年朝廷改任董卓為并州牧，詔令他把手下的人馬交給皇甫嵩，董卓堅決不答應，為此跟朝廷一度陷入僵持，皇甫嵩曾上書朝廷，朝廷下詔責讓董卓，董卓與皇甫嵩進一步結怨。現在皇甫嵩到了洛陽，董卓決定對他進行報復，馬上授意有關官員上奏朝廷找了個借口誣陷皇甫嵩，董卓令人把皇甫嵩抓了起來，想把他殺了。
皇甫嵩的兒子皇甫堅壽跟董卓有一定交情，目前也在洛陽。董卓擺設酒宴大會賓朋，皇甫堅壽在席間突然搶到董卓面前和他辯理，責以大義，又叩頭落淚，為父親申冤求情。在座賓客深受感動，也紛紛替皇甫嵩求情，董卓這才離席而起，拉起皇甫堅壽和自己同座，並派人釋放了皇甫嵩，任命他為議郎。
初平元年（190）2月17日，朝廷正式開始遷都。
遷都前，董卓派兵到洛陽周邊四處搶掠。涼州軍本來軍紀就很差，對付老百姓以手段殘忍而著稱，接到董卓的命令，大家搶得更歡了，一時間洛陽周圍地區成為人間地獄。董卓下令把洛陽一帶所有富豪集中起來，胡亂安個罪名集體處死，財產全部沒收。普通百姓強迫遷往長安，不願意走的全都處死。
董卓下令在洛陽周圍200里範圍內大行燒光、搶光、殺光，還命令士兵開棺掘墓，盜取珍寶，邙山一帶密集地排列著本朝多位先帝的皇陵和許多貴族的墓地，大都無法倖免。洛陽東邊有個陽城，鄉民正在舉行祭神儀式，涼州軍開到，立即大開殺戒，所有男人全部被殺，載著搶來的婦女，一路敲敲打打，宣稱在前線打了勝仗。前線被抓住的俘虜情況更慘，涼州兵用布塗上油裹在他們身上，活活燒死，圍觀的人看著取樂。
經過半個多月的長途跋涉，獻帝等一行於3月5日到達長安。長安城原有未央宮，是蕭何主持下在秦章台基礎上擴建的，規模宏大壯麗，但王莽失敗後，漢軍、赤眉軍兩次攻入長安，未央宮遭到焚燬。獻帝倉促西遷，後宮及朝廷各署衙紛紛湧來，只好因陋就簡，未央宮還無法居住，獻帝只能在京兆尹府臨時下榻。
董卓還在洛陽，司徒王允全面負責長安事務，他協調內外，盡量保證各項遷都事宜有序進行。未央宮在加緊整修下勉強可以入住，獻帝不久搬入未央宮。
送走了獻帝，董卓覺得有一件事該辦了。3月18日，董卓命令司隸校尉宣璠斬太傅袁隗、太僕袁基。袁紹的生父袁逢、繼父袁成都死了，袁隗、袁基是袁紹的叔父。董卓本想再留袁家人一陣，作為和袁紹、袁術談判的籌碼，現在既決定西遷長安，留著也沒用了。袁家在洛陽的親屬有五十多口，全部被殺，連嬰兒也不放過。袁氏遭滅門後，先被集中埋在洛陽城青城門以外、東都門以內的一個地方，上面做了標記。董卓後來擔心有人來盜取，把他們又都挖出來，送到關中的郿塢。消息傳到河內郡和魯陽縣，袁紹、袁術痛哭，誓報此仇。袁氏滅門之禍，董卓是兇手，但袁紹、袁術也無法脫去責任，他們決定興兵討伐董卓的時候就應該料到有這樣的結局。
但這為袁紹爭取到同情，感其家禍，很多人都來投奔他們，有些人雖然沒有來到袁紹帳下，也打著袁紹的旗號起事。