酸棗那邊散伙了，討董聯軍從此進入各自為戰的狀態。
但是，董卓的壓力依然沒減，因為南面這一路實在太生猛，打得涼州軍節節敗退，到了初平二年（191）春天，圍繞洛陽的爭奪呈現膠著之勢。
涼州軍打退了孫堅的進攻，但孫堅很快重新殺了回來，前鋒已到了洛陽的南郊。一向兇猛的涼州軍之所以打不過孫堅，一方面孫堅確實是一員悍將，他久居涼州，知道涼州軍的作戰特點，所以有備而來。
另一方面，涼州軍將士都知道馬上要撤退了，連朝廷都遷走了，所以這段時間他們每個人的主要精力都放在了搶東西上，都在想著如何把這些東西運回去，最差勁的也要把自己活著弄回去，所以一打起來就往後跑，董卓約束部下很嚴厲，可這時也失去了效果。
董卓只好下令主力撤出洛陽向東運動，為了保證撤退的順利，必須有人負責斷後，這個光榮的任務落在了并州軍身上。董卓命令呂布、張遼率并州軍守住洛陽，為大部隊撤退做掩護，他率涼州軍主力向西，暫駐於澠池一帶，隨時可以回師長安。洛陽其實已經成為一座空城，朝廷不在了，百官要麼去了長安，要麼逃到了外地，呂布、張遼守著這座空城，等待孫堅的進攻。
孫堅率部向洛陽發起了進攻，呂布、張遼稍作抵抗後也撤出了，孫堅由洛陽南門之一的宣陽門攻入城中。
此時的洛陽基本上成了一片廢墟，南宮和北宮一帶一向是重地，附近是朝廷的重要官署和重臣們的宅邸，此時也都荒無人煙，看到此情此景，孫堅悵然流淚。孫堅命令士兵打掃皇宮和太廟的衛生，又到太牢進行了祭祀，整理邙山一帶被破壞的漢室諸陵。
城南有一口甄官井，有人發現一個奇怪的現象，大白天井口不時發出異樣的光亮，大家都覺得奇怪，不敢到這口井裡打水。孫堅命人下到井中，在下面發現了一枚玉製印章，四寸見方，印上有一個由五條龍盤著的印紐。
這枚印章缺了一個角，印文是八個字：“受命於天，既壽永昌。”孫堅大喜過望，因為這就是傳國玉璽。相傳這枚玉璽取材於著名的和氏璧，上面的八個字由秦朝首任丞相李斯所書，象徵受命於天，是國之重器。漢朝建立後一直由漢帝擁有，到靈帝駕崩後這個玉璽神秘地消失了，連董卓都沒找到。
原來，張讓、段珪等人劫持少帝倉皇出宮，當時一片大亂，負責保管玉璽的人（掌璽者）情急之下，把它投到了這口井中。這枚玉璽應歸獻帝所有，但他去了長安，孫堅得到這枚玉璽，暫時由自己保管起來。
關東聯軍雖然各自為戰了，但攻克洛陽仍然算是他們取得的一場最大勝利，只是這場勝利沒有激發起大家的熱情，後來讓大家的思想更迷惘了。
關東聯軍各路人馬的革命意志本來就很恍惚，討伐董卓的道理大家比較明白，但討伐完董卓之後怎麼做，大家的想法就比較多，董卓這一走，大家失去了一個共同的目標，無疑進一步勾動起每個人內心裡的“活思想”。
孫堅想乘勝追擊，袁術卻命令他趕緊回軍，因為後方出了問題。袁術表奏孫堅為豫州刺史後，孫堅在豫州也有了相當大的發展，豫州刺史部的一部分地區成了他的勢力範圍。當時的豫州刺史部基本控制在他和朝廷任命的豫州刺史孔胄手中，孔胄年齡比較大，身體也不好，沒有多少野心，未來豫州刺史部就是孫堅的了。
誰知道袁紹這時來個了橫柴入灶，派了個叫周喁的人當豫州刺史，公然來搶地盤。周喁、周昕、周昂是揚州刺史部會稽郡周氏三兄弟，周昕當過丹陽郡太守，周昂當過九江郡太守，他們跟袁紹、曹操等人早年在洛陽相識，關係一直不錯。
作為關東聯軍的總負責人，袁紹竟然帶頭把筷子伸進別人的碗裡，孫堅聽到消息後很氣憤，慨然歎道：“大家一同舉義兵，救社稷，董卓剛剛被打敗就幹出了這樣的事，我還能跟誰同心協力呢！”說著說著，孫堅又流出了淚。孫堅是一員地道的猛將，一直以硬漢形象示人，但他似乎很容易動感情，動不動就流淚。
孫堅從洛陽撤出，回擊周喁，周喁敗走。大概就在這個前後，孔胄因病去世，孫堅趁機把自己的勢力進一步向豫州刺史部伸入，想以此為基地徐圖發展。
如果一切順利，以孫堅的個人能力，在逐鹿中原的競賽中他將發展得最快，超過袁紹、曹操，脫離袁術也是遲早的事。
董卓率主力西撤後，留守在洛陽一帶的除了呂布還有朱俊，他也是董卓留下來對付關東聯軍的，但他的政治立場卻是反董卓的。
董卓任命朱俊為河南尹，讓他帶領少量人馬在洛陽一帶活動，阻止敵人的進攻。但朱俊一脫離董卓的控制，馬上就和關東聯軍建立了聯繫，他想趁機策應聯軍從東面進攻洛陽，但他勢力單薄，酸棗方向的幾路聯軍那時估計都在做著散伙的打算，所以響應得也不夠有力。
朱俊最終失敗，被迫逃往荊州避難。董卓隨後又任命了一個名叫楊懿的人為河南尹，接替朱俊在洛陽周圍打游擊，哪知朱俊又殺了回來，打跑了楊懿，屯兵在洛陽以東的中牟縣。一直在政治上態度曖昧的徐州刺史陶謙看到董卓大勢已去，突然表態支持朱俊，表奏他代理全國武裝部隊副總司令（行車騎將軍），並派出3000名精兵支援朱俊。
老謀深算的陶謙怎麼突然來了這一手呢？這一手與其說是針對董卓的，不如說針對的是袁紹等關東聯軍。陶謙肯定不會不知道袁紹早已自稱車騎將軍，現在又抬出來一個朱俊，分明是想和袁紹分庭抗禮，主導“後董卓時代”的領導權。
但朱俊沒有成功，董卓派涼州軍主力數萬人突然回擊，大敗朱俊。
在呂布撤出洛陽的時候，在袁紹督促下河內郡太守王匡率部靠近了黃河北岸，把主力集結在黃河上的重要渡口河陽津附近，隨時準備渡河作戰。
董卓命令剛剛從洛陽撤出的呂布等人在黃河以南佈防，防備王匡突然出擊，給他的撤退計劃造成威脅。涼州軍的主力擊敗朱俊後，仍然撤至洛陽至長安一線，董卓親率董越部駐紮在澠池，段煨部駐紮在華陰，牛輔部駐紮在安邑，其他將領分駐在各個戰略要地。
從上述部署中可以看出，并州軍和涼州軍的待遇很不一樣，涼州軍是董卓的嫡系，并州軍是董卓眼中的雜牌軍，說是掩護撤退，其實就是給自己墊背，如果關東聯軍一舉把并州軍消滅了，也沒有多大關係。
但并州軍也有很強的戰鬥力，他們沒被消滅，呂布負責駐防的這一段黃河上至少有三個重要渡口，河陽津居中，西邊有一個平陰津，東邊有一個小平津關，等了幾天不見動靜，呂布決定主動發起攻擊。
呂布把并州軍分成兩部，一部從東邊的小平津關渡河，做出向河陽津發起攻擊的陣式；另一部悄悄移動到西邊的平陰津，在王匡全力迎擊前一部分并州軍時突然由此渡過黃河，從王匡背後發起攻擊。這一招之前牛輔用過，對付的也是王匡。兩面夾擊之下，王匡所部再次大敗，死傷殆盡，王匡僅率少數人馬逃走，之後呂布從容撤退，與董卓的大部隊會合。
初平二年（191）四月，帶著從洛陽搜刮來的巨額財富，率領仍然十分精銳的涼州軍主力，董卓來到了長安。
司徒王允率三公、九卿等百官到郊外迎接，董卓所乘的車輛到達，眾人一齊參拜在車前。雖然是被敵人趕到關中的，但董卓的霸氣一點兒不減，他睥睨著拜伏在腳下的人們，心裡很滿意。
董卓來到長安後，關中百姓從此生活在水深火熱之中。董卓任命了一個叫劉囂的人擔任司隸校尉，負責長安一帶的治安和行政管理，這個人名氣不大，巴結奉承卻有一套，對老百姓也比較狠。
在董卓授意下，劉囂規定無論官民，有為子不孝、為臣不忠、為吏不清、為弟不順的，一律誅殺，財產全部沒收。忠不忠、孝不孝，這都是不太好說的事，解釋權在劉囂的掌握中，他說誰不孝誰就不孝，他想收拾誰就說誰不忠，往往先看中人家的財產，再羅織罪名。
劉囂還鼓勵大家互相揭發，結果造成了大量冤假錯案，冤死的數以千計。長安立刻成了一個恐怖之城，大家平時在路上見了面只能互相看一眼，話都不敢說一句。誰要讓董卓覺著不順眼，那一定得倒霉，不管你是誰，資格有多老，威望有多高，概無例外。
董卓也一改之前重用士人的做法，大肆封拜親屬，他的弟弟董旻被任命為左將軍，封鄠侯，他哥哥的兒子董璜為侍中，兼任中軍校尉，掌握兵權，還有不少董家的人當了大官，一上朝，董家人能站成一排。
連董氏家族抱在懷裡的嬰兒也都封了侯，頒發金印紫綬，小孩不懂那是什麼，拿著當成了玩具耍。董卓被封為郿侯，郿縣在長安以西260里，即今陝西省眉縣，此地離後來著名的戰場五丈原非常近。董卓在郿縣築起高壇，邊長二丈多，高五六尺，壇成，讓他一個外孫女乘著軒金華青蓋車來到這裡登壇，在郿縣的文武官員，包括都尉、中郎將、刺史等高級官員都到車前，引導著這個小女孩兒上到壇上，董卓讓侄子董璜為使者親自頒發印綬。
董卓還在郿縣修築了一座城堡，號稱郿塢，城高與長安城相等，裡面儲藏著夠30年吃的糧食，董卓對外宣稱：“大功如可成，就稱雄天下；如果不成，就守著它安度晚年！”
董卓還喜歡玩一些新花樣，他親自設計了一種奇特的車子，這種車用青色的傘蓋，爪畫兩藩（
），大家給這輛專車起了個名字叫“竿摩車”。董卓覺得很得意，也很威風，出門便坐著。只有擔任侍中的蔡邕平時還敢在董卓面前說幾句，蔡邕認為天子和大臣乘坐的車子都有規定和講究，董卓這麼胡來很不妥，但又不知道該怎麼勸。正巧，長安這時發生了一次小規模地震，董卓有點緊張，問蔡邕是什麼原因，蔡邕趁機對董卓說：“這說明地下陰氣太盛，是大臣逾制所造成的。您乘坐的青蓋車不符合制度，大家都認為有點不恰當。”董卓還真虛心接受了蔡邕的批評，改乘皂色傘蓋的車子。
董卓很快被劉囂這樣的小人所包圍，大家一致認為，董太師的豐功偉績無人能比，當太師有點委屈了，於是參照周朝開國宰相姜子牙的先例，要給董卓再上一個尊稱，叫“尚父”。
人家姜子牙不僅是宰相，還是武王的岳父，才稱尚父，董卓是什麼東西，也敢把自己抬得這麼高。但心裡想歸想，沒人敢說。董卓吃不準，怕弄出個歷史笑話來，就此向蔡邕詢問，蔡邕趁機勸道：“姜太公輔佐周室，受命討伐殷商，所以才加上這個尊號。今明公的威德沒有問題，不過我以為現在還不是時候，應該等平定了關東，車駕返回舊京，然後再做。”董卓聽了，覺得有理，採納了蔡邕的建議。
在大家眼裡，蔡邕是極少數被董卓尊敬的士人之一，董卓對他的話不僅相當重視，而且平時也非常尊重他。而蔡邕似乎也甘為董卓所用，每次宴會，董卓經常讓蔡邕彈琴助興，蔡邕也很用心。然而，蔡邕內心卻十分痛苦，他曾經對從弟蔡谷說：“董卓這個人性情殘暴，終究會失敗，我想回兗州，但道路太遠了，也不知道那裡的人如何看我，真不知道該怎麼辦。”
蔡谷勸他說：“你長得跟普通人不一樣，走在外面容易招致大家圍觀，你想秘密潛逃，那也太難了。”蔡邕究竟長成什麼樣史書沒有明確記載，聽蔡谷的意思他長得應該不是一般的特別，屬於那種見一面就忘不掉的人。
蔡邕聽了從弟的話，這才打消逃跑的念頭。