再把視線轉向朝廷西遷後的關中。
關中歷來是兵家要地，東有潼關、函谷關，又有黃河天險，南面是秦嶺，西面和北面都是邊塞。董卓到了長安，開始憧憬起自己幸福的晚年生活，可是有一些人不想看到惡貫滿盈的董卓也有一個幸福的晚年，他們無時無刻不想把這個禍國殃民的匹夫除掉，他們就是從洛陽被裹挾至此的士人們。
在這些士人中，反董意志最堅決的是當初何進引進的那批人，他們和袁紹等人都有著割捨不斷的聯繫，在伍瓊、周毖被殺後他們繼續忍辱負重，一面迎合著董卓，一面繼續在董卓身邊當臥底。他們認為現在的亂局都是董卓一個人造成的，如果把他殺了，然後奪取兵權，就可以趁著涼州軍群龍無首，佔據函谷關，以獻帝的名義統領全國，所以他們開始了謀劃除掉董卓的行動。
初平三年（192）春天，一連下了60多天的雨，在春季的關中地區，這比較反常。這一天，王允主持一個祈禱雨停的儀式，完事之後跟幾個同僚在一起走，之中有尚書僕射士孫瑞、護羌校尉楊瓚。他們幾個人之前秘密討論過剷除董卓的事，看到現在天氣這麼異常，士孫瑞說：“自從去年底到現在，太陽不照，霖雨不停，星宿運行紊亂，晝陰夜陽，霧氣交侵，這種混亂的日子應該有個盡頭，如果不把握天機，先發制人，恐怕後患無窮啊！”
士孫瑞勸王允早下決心，王允答應了。
為此，王允去找鄭泰商量。鄭泰是個老官僚，又最善於忽悠，尤其在忽悠董卓方面比較有經驗，他出了個主意，由王允出面向董卓建議，任命楊瓚為左將軍，士孫瑞為南陽郡太守，讓他們二人領兵由武關道出兵攻擊袁術，這個主意的要點是盡可能抓兵權，一旦手裡有了兵權，就有了突然向董卓發難的條件，武關道是關中通往南陽郡的捷徑，控制了這條戰略要道，進退都行。鄭泰的這個建議說是征袁術，關鍵時刻把袁術從武關道放進來才是真。
然而這條建議被董卓否決了，並非董卓識破了鄭泰等人的密謀，而是他現在腦子裡只想閉關自守，對主動出擊沒有興趣。
董卓這個人看來相當狡猾，行動一籌莫展，百官焦急萬分。
有個人等不及了，乾脆直接對董卓展開了刺殺行動，這個人名叫伍孚，豫州刺史部汝南郡人，跟袁紹是老鄉，擔任過何進大將軍府裡的人事處副處長（東曹屬），和袁紹、袁術、曹操這些人應該都挺熟。董卓掌權後他也潛伏了下來，一直不露聲色地尋找機會。
由於偽裝工作做得好，董卓沒有識破他的身份，職務反而不斷陞遷，先後擔任了侍中、河南尹等重要職務，目前的職務是北軍五營之一的越騎校尉。北軍曾是中央軍的主力，駐紮在京師附近，但此時的北軍基本上是個擺設，所有的軍權都在董卓手裡掌握著，長安城內外防守歸涼州軍，伍孚要刺殺董卓，只能憑一己之力。
這天，伍孚在朝服內暗穿小鎧，又身藏一柄短刀，藉故向董卓匯報事情。董卓對伍孚十分客氣，說完事還把他送到院中，邊走邊說，還親熱地拍了拍伍孚的後背。離得這麼近，正是下手的好機會，伍孚見四下無人，拔刀便刺！
雖然是越騎校尉，但畢竟是個文人，這一刀滿懷著仇恨而出，力氣卻明顯不夠。董卓是個武人，人高馬大反應敏捷，力氣還大得驚人。伍孚沒有刺中，反被董卓一把扭住，聞訊趕來的人把伍孚拿下。董卓咆哮道：“你小子要造反嗎？”伍孚雖然被擒，仍很英勇，他大聲喊道：“你非我君，我非你臣，何反之有？”伍孚只求速死，為此他繼續激怒董卓：“你亂國篡主，罪盈惡大，今天是你死之日，所以來誅奸賊，恨不車裂你於市朝以謝天下！”
董卓怒不可遏，當場殺了伍孚。
事後董卓應該感到後悔，董卓應該把伍孚抓起來好好審審，看看他還有哪些同夥。一般來說，像這樣的刺殺行動絕不會孤軍作戰，伍孚的後面還有人。
果然，伍孚倒下後，更多的伍孚站了出來，領頭的人是何顒，他跟袁紹關係密切，曾是袁紹的智囊，袁紹逃走後，不知為何董卓聘他當了自己相國府的長史，何顒秘密聯絡了很多反董的人，準備尋找時機對董卓下手。何顒聯絡的人裡有荀爽、王允，還有鄭泰、種輯、荀攸、華歆等人。王允、鄭泰不用說，一直想下手但苦於沒機會，荀爽當時擔任司空，荀攸是荀爽的侄孫，擔任黃門侍郎，華歆的職務是尚書郎，都屬於秘書一類的中層幹部，種輯的地位比荀攸和華歆高一些，擔任侍中，屬於部長一級的高官。
他們這些人在一起密謀的時候，荀攸曾說過：“董卓無道，天下人都怨恨他，雖然他聚集了不少精兵，但實際上不過是一個勇夫而已。我們應該刺殺他以謝百姓，然後借皇帝的詔令來號令天下，事情如果成功，這將是像齊桓公、晉文公那樣的霸王之舉！”
眼看這一回要大幹一場，但就在這時，荀爽去世了，接下來他們的密謀也暴露了，對於如何暴露的這個重要情節史書均無交代。一般來說，如果沒有人告密，董卓不可能知道得那麼及時和準確，但誰告的密呢？無法猜測。董卓隨即展開了大搜捕，鄭泰、華歆動作快，連夜逃出了長安，輾轉由武關道投奔南陽郡的袁術去了，荀攸、何顒沒那麼幸運，他們被董卓抓了起來。
董卓這一回學聰明了，沒有馬上殺了他們，而是展開了審訊。何顒不招，董卓給他用上了刑，何顒不堪酷刑，在獄中自殺。荀攸大概也被用了刑，但他比較經打，沒招供也沒自殺，在獄中活得倒泰然自若，該吃就吃，該喝就喝。荀攸一直坐牢到董卓被殺後，他出獄時看到了勝利的那一刻。
而王允和種輯卻僥倖沒有暴露，繼續潛伏了下去。
士人們的密謀一次又一次失敗了。
惡人難除，自己的同道反而死的死、逃的逃、抓的抓，僥倖漏網的王允、種輯感到非常著急。王允雖然獲得了董卓的信任，但他這時已經55歲了，作為政治家是一個成熟的年齡，但是搞暗殺卻總有些力不從心。但從此收手的話又很不甘心，這樣做既對不起伍孚、何顒這些烈士，也辜負了漢室重臣的責任。每當看到惡人董卓繼續逍遙地活著，繼續危害國家社稷，王允的心裡都充滿了仇恨，心緒難平。
要接著干就得有人，王允看了看身邊能幫上忙的，除種輯以及在尚書檯供職的士孫瑞外，也就是楊彪、黃琬這幾個人了，但他們年齡也普遍偏大，黃琬、楊彪比自己小幾歲，但也超過了50歲，搞暗殺也都沒有經驗。
這時一個人進入王允的視線，這個人是他的同鄉李肅。李肅跟王允一樣都是并州人，出身於丁原的并州軍，現在像他們一樣在長安的并州人還有不少，當年丁原手下人多勢眾，在呂布的帶領下都歸順了董卓，並且一同來到了長安。
但是來了以後卻感到很失落，與涼州軍相比，并州軍得不到重視，以李肅為例，不僅在并州軍倒戈事件中立有大功，而且協助涼州軍與關東聯軍作戰，在抗拒孫堅的戰鬥中再立戰功。但是，他的職務升得很慢，勉強當了個騎都尉，不僅與董家的弟兄子侄不能比，與涼州軍的牛輔、李傕、郭汜、樊稠、張濟等人也差得遠。李肅如此，并州軍的領頭人呂布也好不到哪裡去，他曾殺了丁原，為董卓立下的功勞更大，但職務也僅比李肅高一點兒，是個師長（中郎將），并州軍其他人的情況便可想而知。
因為同鄉的關係，李肅和王允有了一定交往，言談間常流露出不滿和牢騷，這讓王允重新看到了希望，覺得可以爭取李肅，繼而爭取到呂布和并州軍。王允於是不露聲色加緊了與李肅的往來，並通過李肅聯絡上了呂布。大家既然都是并州老鄉，搞個同鄉會什麼的，一塊吃吃飯、郊遊郊遊，總還不至過於引起太多的注意。
一來二去，他們越說越投機，越說越能說到一塊。
他們在一起談話的中心議題是董卓太不夠意思，太對不起并州軍的弟兄們了，大家捨生忘死、背井離鄉跟隨董卓到長安來，頭上頂著忘恩負義、賣主求榮的罵名，為董卓的事業出生入死、玩命打拼，到頭來得到的卻是如此不公。
說心裡話王允對呂布的為人倒也未必能看得上，僅是“賣主求榮”這一條王允就能鄙視他一輩子。但現在為了反董大業，王允也跟呂布套上了近乎，說到對董卓的不滿時，王允隨聲附和，添油加醋，有時還會編一些不利於董卓和呂布團結的小道消息，讓呂布越想越恨，越想越覺得跟董卓這一步棋錯了。
這時又發生了兩件事，堅定了呂布反董的決心。
第一件事情是，董卓曾經為小事和呂布翻臉，並差點兒把呂布殺了。董卓這個人性格急躁，衝動起來做事不計後果，有一次因為一件小事對呂布不滿意，拔出手戟就朝呂布扔了過去。手戟是一種防身的短兵器，類似匕首，可以隨身攜帶，或刺殺或投擲，都可以立即要人命。
幸好呂布號稱飛將，身手也不是一般人能比的，躲過了。事後呂布主動承認錯誤，董卓的氣也消了些。對董卓來說這事可能就過去了，對於呂布，心有餘悸之下增添了新的許多不滿。
第二件事情是，呂布勾引了董卓身邊的侍女，心裡很不安。
董卓讓呂布負責自己的安全保衛工作，這樣呂布就可以經常出入董卓的內室（中
）。從這個安排看，董卓其實還是信任呂布的，這與呂布自己的內心感受有差別。
董卓曾明確呂布是自己的養子，他從來沒有否認過這件事，只有最信任的人才能放在最關鍵的崗位上，這就是疑人不用，董卓做到了。問題是董卓的領導藝術過於粗放，如果信任呂布，就應該讓呂布感到安心，既要疑人不用，更得用人不疑，對手下的人既要嚴厲，又要關心和愛護，隨時掌握他們的心理變化。
董卓哪懂得這些？董卓一方面重用呂布，另一方面表現得很嚴厲，說打就打，說罵就罵。呂布利用工作方便，一來二去跟董卓的一個侍婢好上了，呂布很擔心這件事最終會被董卓發現，所以很緊張。
在王允的努力下，呂布、李肅被成功策反，呂布開始還有些猶豫，對王允說：“我也想殺董卓，怎奈我們還有父子這層關係！”王允覺得他的話可笑，勸他說：“你姓呂，不是董卓的骨肉。現在大家都愁著怎麼讓他死，還說什麼父子呢？”
呂布最終答應參與王允的刺殺行動，除掉董卓。
當時為防備關外武裝，董卓把涼州軍的主力都佈防在了陝縣、潼關一線，長安的勢力相對薄弱，這為王允、呂布下手提供了機會。
初平三年（192）4月23日，董卓進宮參加朝會，呂布安排李肅以及秦誼等10多名勇士穿上衛士的衣服守在董卓必經的宮門附近，待董卓在此經過時將其刺殺。消息傳出，長安城裡壓抑已久的人們終於揚眉吐氣，大家載歌載舞，舉行了盛大的狂歡。有人賣掉了珠寶首飾和漂亮衣服，換來酒肉進行慶賀，長安城大小街道上都是歡樂的人們。
王允隨即下令釋放監獄裡的荀攸等人，把董卓的弟弟董旻、侄子董璜等董氏家族成員全部誅殺，把董卓的屍體拖到長安城裡最熱鬧的集市上示眾。又派人去郿塢，把那裡的董氏族人就地處死。