自17世紀中葉起，在中國大地發生了一起由耶穌會內部的爭論，後發展為修會（天主教的修士、修女組織，一般須經羅馬教皇批准後成立）之間的爭端，進而演變成清帝和羅馬教廷之間的爭執，歷時100年（1643-1742年），史稱「禮儀之爭」。
明末清初，自利瑪竇之後，西方的傳教士們都遵從「利瑪竇規矩」——以學術作為在中國立足的方法，用西方的科學技術、新奇的工藝製品和美術作品引起清朝知識分子直至皇帝等統治階層人物的好感，尊重並適應中國的風俗習慣，在天主教教義和中國傳統的儒家學說之間尋找共同點，以「合儒」和「補儒」的策略，達到西方教會在中國傳教的目的。這種方式在明末清初得到了中國封建統治者的默認，天主教在華的教區也慢慢擴大起來。利瑪竇死後，他的繼承人龍華民（Nicolas Longobardi）就對他的傳教方式提出了質疑。西方教會在中國教區的擴大，使具有不同國家背景的、不同派別的教會紛紛來華，而這些教會為了擴大各自在華的勢力，相互之間展開了激烈的鬥爭。羅馬教皇也對中國天主教傳教區加強了控制，教廷也越來越多地插手這一大教區的教務。此時的歐洲，宗教改革正在進行，所以對中國的禮儀與基督教教規不相容的地方比較敏感。後來修會為了加強自己在華的勢力，取得教廷的支持，乘機對利瑪竇開創的耶穌會所奉行的「利瑪竇規矩」進行了全方位的攻擊；這其中既有教義教規理解上的偏差，也有各修會間相互爭鬥的因素。
要不要祭祀祖先和祭祀孔子，這是「禮儀之爭」的第一個方面。在中國，祭祖和祭孔是很普遍並且也是很隆重的活動，但在歐洲的一些傳教士看來，這無異於是另一種宗教信仰。「禮儀之爭」的第二個方面是「GOD」的翻譯問題，「GOD」翻譯成新詞「天主」還是翻譯成中國固有的概念「天」或「上帝」，不同的教士、不同的教派也有不同的看法。爭論的第三個方面是神父如何給中國的女信徒洗禮。在中國封建社會，「男女授受不親」，如何給中國的女教徒洗禮在實踐中是十分困難的事情，必須有所變通才能順利進行，但在不同的教派看來，這樣做是不是天主教的禮儀是值得商榷的。
「禮儀之爭」始於利瑪竇的繼承者龍華民，後來又有不同的教派也加入進來，並且使問題不斷地複雜化，爭論也不斷升溫，最後不得不訴諸教會的最高機構——羅馬教廷。順治十三年（1656年），教皇亞歷山大七世做出裁決，准許耶穌會士按照他們的意見傳教，對中國的祭孔、祭祖的禮節及喪葬儀式等，教徒在不妨害根本信仰的前提下，均可自由參加。雖然教皇如此裁決，但是反對派並沒有放棄，而是固執己見。兩派的矛盾愈演愈烈。
康熙三十二年（1693年），巴黎外方傳教會派駐福州的主教顏鐺（Charles Maigrot）忽然下令：在福建的教徒嚴格禁止舉行祭孔、祭祖的儀式。這個命令把這場爭論推向了高潮。奉行「利瑪竇規矩」的耶穌會深知此事事關重大，就一面向教廷申訴自己的理由，一面請求康熙皇帝聲明祭孔、祭祖的意義。這樣，羅馬教廷和康熙皇帝都捲進了爭論的漩渦之中。
康熙三十九年（1700年），康熙皇帝正式發佈上諭解釋說：敬孔、敬祖僅僅是中國人表示愛敬先人和先師禮節，和宗教沒有關係。他還派遣傳教士百晉等到羅馬謁見教皇，打算謀求一項折中的解決方案。
但是，羅馬教廷和新上任的教皇克萊門十一世在審視了這些爭論之後做出了禁止中國教徒祭孔和祭祖的決定，並派紅衣主教鐸羅（Charles-Thomasde Tournon）到中國傳達此禁令。康熙皇帝心存和解的希望，熱情而隆重地接待了鐸羅。但當康熙皇帝得知鐸羅此行的目的之後，非常失望和生氣。康熙四十五年（1706年）十二月，康熙皇帝頒旨，在華的傳教士必須領取「印票」。而得到「印票」和在中國居住的條件是傳教士必須發誓遵循「利瑪竇規矩」。
1707年，鐸羅到南京後，對康熙皇帝的御旨做出了針鋒相對的回應：宣佈了教皇關於禁止中國的天主教徒祭孔、祭祖的教旨。這引起了康熙皇帝的憤怒，下令將鐸羅遣送到澳門，他在那裡被葡萄牙人投入了監獄，直至1710年病死。
儘管如此，康熙皇帝仍然信賴和支持奉行「利瑪竇規矩」的傳教士，並繼續遣使和羅馬教廷溝通，希望能夠妥善處理這場爭論。但是，羅馬教皇克萊門十一世卻一意孤行，於1715年3月19日，頒發了著名的《在登基之日》的教諭，主要內容是：
只准用「天主」一詞，作為中文標準的統一用詞，不得再用「天」和「上帝」的字眼（後來，在傳教士的中文著作版本中，「天」和「上帝」都被換成「天主」，即使在引證中國典籍時也不能例外）；
入教之人不得參加祭孔儀式，不得進入孔廟；
入教之人不准進祠堂行禮，家中不得擺設祖宗牌位；
入教之人無論在家中或墳地都不得行磕頭跪拜禮；
停止中國的禮儀之爭。
同時，羅馬教廷還指使一些教會派別公然對抗中國法令，排擠遵循「利瑪竇規矩」的耶穌會士，加大在中國南方的傳教活動，其所引發的矛盾越來越尖銳，引起了中國地方官員的反教情緒。
1720年，又一位教皇特臣嘉樂（Carolus Mezzabarba）帶著執行禮儀禁令的任務抵達北京，聲稱要清洗耶穌會的「異端邪說」，使原本已激化的形勢火上澆油，被更加激怒的康熙皇帝在這份公文上批道：「覽此條約，只可說得西洋人等小人，如何言得中國之大理。況西洋人等無一人通漢書者，說言議論，令人可笑者多。今見來臣條約，竟是和尚道士異端小教相同，彼此亂言者，莫過於此。以後不必西洋人在中國行教，禁止可也，免得多事。」
1742年7月12日，教皇本篤十四世宣佈《自登基之日》必須嚴格遵守。直到1939年12月8日，教皇庇護十二世才發佈命令，取消了禁令。
現代學者對這場「禮儀之爭」曾評論說：「康熙皇帝在位共61年，1720年是第59個年頭，他從教皇的來信中看到羅馬教廷不尊重中國的習俗，干涉中國的內政，才決心禁教，這是他對天主教政策的大改變。在此情勢下，康熙皇帝的禁教政策趨於嚴厲。大批教士被驅逐出境，教堂教產被剝奪，一些教士棄教從商或潛伏內地。即使領有『印票』的耶穌會士，也不像從前那樣受到器重。中國人的信教也受到阻止。」
「『禮儀之爭』由教會內部的爭論演化成教皇與康熙皇帝的衝突，由禮儀習俗之爭發展到傳教與外交之爭，可以說絕非雙方意料所及，其中頗多偶然性的因素，推使事態步步激化難以轉圜，導致了天主教在中國發展的頓挫。」
（巴文澤）