劉裕的崛起，是因為孫恩之亂。
這樣的內亂在東晉並非第一次，也不是最後一次，之前已有王敦之亂（322）、蘇峻之亂（327），之後則有桓玄之亂（402）、盧循之亂（410）。亂世出英雄。北府的先驅郗鑒軍團，西府的前身陶侃部隊，就是在平定蘇峻之亂時脫穎而出，使自己成為影響歷史之力量的。
現在輪到劉裕。
公元399年，也就是北魏國王拓跋珪遷都平城並且稱帝的第二年，孫恩之亂起。孫恩號稱道教徒，其實是邪教組織和恐怖組織頭目。在他的蠱惑和挾持下，數萬民眾傾家破產拋妻別子，甚至殺死被認為是累贅的嬰兒，跟著他攻城略地殺人放火，一時間竟風起雲湧。[9]
東晉政權的腐朽，世家子弟的無能，則在這場動亂中暴露無遺。孫恩起事時，會稽郡長官王凝之（王羲之次子）既不出兵也不防備，天天在密室裡祈禱，還宣稱請到了鬼兵數萬把守要津。結果如何呢？城破被殺。[10]
難怪他的妻子謝道韞，死都看不起他。[11]
受命於危難之際的是北府，扭轉戰局的則是劉裕。儘管當時他只是北府小小的參軍，卻讓貌似強大的孫恩一再潰敗終至滅亡。這說明孫恩的邪教組織不過烏合之眾，更說明東晉政權已病入膏肓。他們能躲過一劫，靠的竟是這位出身寒門的下級軍官，堪稱命懸一線。
然而東晉的無可救藥卻一再顯示出來。實際上，孫恩之亂斷斷續續地拖延了兩年多時間，並未居安的執政者卻竟然毫不思危，反倒一如既往地驕奢淫逸。這些傢伙除了勾心鬥角，便是紙醉金迷，簡直就是自取滅亡。
結果，孫恩還沒死，桓玄就來了。
桓玄是桓溫的小兒子，而桓溫原本是要篡晉的，只是由於謝安等人的阻撓未能得逞，這一遺願便只好由桓玄來完成（請參看本中華史第十一卷《魏晉風度》）。桓玄名為西府督帥，坐鎮荊州，卻其實佔有了晉的三分之二。他與朝廷翻臉，皇室能夠指望的就只有北府。
北府卻倒向了桓玄。
倒戈是有原因的。之前，北府的督帥歷來都由門閥士族擔任，這時卻已經換成行伍出身的劉牢之。劉牢之一生戎馬為國馳驅，功勳顯赫卻並無政治頭腦。當時，劉裕等人都極力反對勾結桓玄，劉牢之卻大發脾氣說：消滅桓玄易如反掌，但之後朝廷那幫傢伙還容得下我嗎？
原來，他更害怕功高震主。
這就是糊塗了。實際上當時的情況，是桓玄來勢洶洶卻沒有名分，晉室正當防衛又力量不足，因此雙方都要借重北府軍，拉攏劉牢之。劉牢之如果有政治遠見，歷史就會是另一個樣子。可惜他沒有。[12]
看來，士族固然腐朽，武夫也未必中用。
收降了北府的桓玄卻如虎添翼。他順順當當地接管了東晉朝廷，消滅政敵之後又要解除劉牢之的兵權。始料未及的劉牢之驚慌失措，決定前往廣陵（今江蘇揚州）起兵討伐桓玄，問劉裕願不願意一起去。
劉裕斷然拒絕。
已經在戰亂中成長起來的劉裕直言相告：將軍以勁旅數萬望風而降，桓玄以新得之志威震天下，人心都已離開將軍到桓玄那裡去了，請問將軍還到得了廣陵嗎？劉裕無法再追隨將軍，只能回京口（今江蘇鎮江）去。[13]
京口是北府的大本營。
當然，只有一江之隔的廣陵也是北府的根據地，可惜卻是老根據地。當年北府從那裡移鎮京口，就因為京口與建康並無大江阻隔，又能與廣陵隔岸呼應。也就是說，劉裕要回的京口比牢之要去的廣陵離桓玄更近，他們一個是迎難而上，另一個卻其實是逃之夭夭。[14]
兩種選擇，高下立判。
劉牢之卻不死心，又召集手下將領開會，沒想到將領們一哄而散。眾叛親離的劉牢之只好北上，但剛剛離開建康就嚇得自縊身亡，後來還被桓玄開棺戮屍。他的兒子則連哭喪都來不及，北上投降了鮮卑人的南燕。[15]
追隨劉裕的是何無忌。
何無忌是劉牢之的外甥，也是劉裕的老朋友。牢之與劉裕分道揚鑣，無忌左右為難。劉裕則態度明朗地對他說：跟我一起去京口吧！桓玄如果是忠臣，你我就共同輔佐他；不然，就幹掉他！[16]
結果，桓玄果然被幹掉。
跟孫恩一樣，桓玄的興起和滅亡都很迅速。從進入建康到兵敗被殺，他一共只折騰了二十六個月，重要原因之一則是他冒天下之大不韙悍然稱帝。元興二年（403）十二月，桓玄逼晉安帝禪讓，改國號為楚。於是，早就想消滅他的劉裕，便有了正當理由和強硬口實。[17]
三個月後，劉裕起兵。[18]
很難說劉裕的初衷是為了興復東晉王室，還是實現個人野心，或者是為劉牢之報仇，但雙方力量對比之懸殊卻毋庸置疑。當時，北府將領大多被害，北府軍也實際上不復存在，劉裕率領的聯軍其實只有一千七百人。靠這麼一點兵力就去進攻桓玄，簡直無異於以卵擊石。[19]
然而雙方的鬥志也不可同日而語。手持長刀的劉裕身先士卒衝在最前面，敵營兩員大將都死在他的刀下。與之相反，桓玄卻聞風喪膽不戰而走。當時一個部下拉住他的馬籠頭，請求與劉裕一戰。桓玄只是用鞭指了指天，便急不擇路地狼狽逃竄，他的結局其實已無懸念。[20]
次年（404）五月，桓玄被殺。
此後的歷史就由劉裕來書寫了，選擇的路線則與當年的桓溫神似，那就是先建功立業，再篡位稱帝。於是短短十幾年間，他先後滅南燕（410），滅西蜀（413），滅後秦（417），將東晉的王旗重新插到了長安城頭。
這時就連北方的胡人，也知道劉裕下一步要幹什麼會幹什麼。匈奴胡夏國王興奮地說：我看劉裕一定得勝，之後一定回朝，關中就是我的了。崔浩則對北魏皇帝說：王猛是苻堅的管仲，劉裕是晉室的曹操。滅秦之後他一定會回去篡位，秦國的地盤遲早是我們大魏的。[21]
劉裕之心，一如當年的司馬昭。
套路也是一樣的：先是封宋公，後是封宋王。這時距離成為宋帝，已只有一步之遙，劉裕卻說不出口。他只好在壽陽（今安徽壽縣）王宮裝模作樣宴請百官，宣稱自己應該功成身退，準備交還爵位，養老京師了。
眾人沒聽出言外之意，一片歌功頌德，只有一個名叫傅亮的高級官員出門以後才恍然大悟。他立即回過身去敲門求見，劉裕的宮門也應聲而開。
傅亮進門就說：臣最好先回建康。
劉裕也不多說，只問：需要多少人送你？
傅亮說：幾十個足夠。
回到京城的傅亮很快就做了安排，甚至起草了禪位詔書讓晉恭帝照抄，恭帝竟也欣然命筆。他對身邊人說：桓玄之後，我晉朝就已經亡了，只是靠著宋王才又延續了近二十年。今日之事，朕心甘情願。
公元420年六月，劉裕即皇帝位，國號宋。[22]
南朝開始了。
[9]見《晉書·孫恩傳》、《資治通鑒》卷一百一十一。當時，孫恩軍中婦女溺殺嬰兒時會說：祝賀你早登仙堂，我隨後就來找你。可見孫恩軍實為邪教組織和恐怖組織。
[10]見《晉書·王凝之傳》、《資治通鑒》卷一百一十一。
[11]見《晉書·列女傳》、《世說新語·賢媛》。
[12]以上事見《宋書·武帝紀》，《晉書》之《桓玄傳》、《劉牢之傳》，《資治通鑒》卷一百一十二，觀點請參看田餘慶《秦漢魏晉史探微·北府兵始末》。
[13]見《宋書·武帝紀》、《晉書·劉牢之傳》、《資治通鑒》卷一百一十二。
[14]關於京口的戰略地位以及北府從廣陵移鎮京口的意義，請參看田餘慶《秦漢魏晉史探微·北府兵始末》。
[15]見《晉書》之《劉牢之傳》、《劉敬宣傳》。
[16]見《宋書·武帝紀》、《晉書·何無忌傳》、《資治通鑒》卷一百一十二。
[17]據《晉書·安帝紀》，桓玄進入建康，殺執政司馬元顯等人，是在元興元年（402）三月；兵敗被殺，在元興三年（404）五月。
[18]據《晉書·安帝紀》，桓玄稱帝，是在元興二年（403）十二月二十九（壬辰）；劉裕起兵，則在次年二月二十三（乙卯）。
[19]見《資治通鑒》卷一百一十三。
[20]以上見《宋書·武帝紀》，《晉書》之《桓玄傳》、《劉牢之傳》、《劉毅傳》、《何無忌傳》，《資治通鑒》卷一百一十三。
[21]見《晉書·赫連勃勃載記》、《魏書·崔浩傳》、《資治通鑒》卷一百一十八。
[22]見《宋書·傅亮傳》、《晉書·恭帝紀》、《資治通鑒》卷一百一十九。